经常问的问题
我只是跑一个IP,并有一些乐队我想确定。现在我该怎么做?
1.请阅读FAQ的其余部分。
2.呼叫霍克博士713-834-6096设立预约详细讨论,包括行政和试验问题的项目。
有什么特殊的运行我的凝胶时,我应该怎么办?
是。首先,运行缓冲区应该由新的这个实验。大多数实验室使用商用预制凝胶,他们通常都OK,只要他们没有经过他们的到期日期。如需更多提示,请阅读下面的项目或联系我们的实验室。
多少样本,我需要得到很好的识别?
一个良好的原则进行的拇指是有使用考马斯或银染色可见的条带,或至少10-100飞摩尔蛋白质。在某些情况下,我们通常的蛋白酶(胰蛋白酶)将不适合你的蛋白质;这是更可能的小蛋白质。在这种情况下多种蛋白质或也许不同的酶是必需的。
我的样品被西方给了一个很好的单波段。它可以进行测序?
如果你不能用一个典型的凝胶染色看到,有可能是没有足够的蛋白质有识别,并确保你正在削减正确的波段。此外,世行只看到你感兴趣的蛋白质,因此机会是有很多干扰的蛋白质表现为好;你根本就没有通过WB看到它们。此外,如果您在凝胶跑全细胞裂解液,涂抹,然后跑了西方,很少有机会,我们将能够从印迹发现了什么有趣的,即使你使用非蛋白阻断剂。唯一现实的机会是做一个IP。
我的样品似乎所有的角蛋白。我能做什么?
角蛋白通常来自人类污染,可以在处理过程中的几乎任何时候被引入。建筑物内的灰尘通常是人体皮肤脱落造成的,所以小心避免灰尘会有所帮助。保持样本被覆盖,仔细清洁所有接触样本的玻璃和塑料器皿,戴无粉手套,不徒手接触样本(或样本溶液),避免使用社区试剂,使用专用设备,这些都有助于减少角蛋白污染。
什么步骤工厂是否拿地控制角蛋白?
我们非常密切地监测正在进行的样本分析中的角蛋白水平,如果我们怀疑有问题,就会立即中断样本队列。我们使用的试剂是批量制备的,加引号,冷冻,并仔细测试性能和污染。我们的大部分操作都是在标准的2级罩内进行的,以减少污染。在我们自己准备和加工的样本中,我们通常仍能检测到低水平的角蛋白,但要将角蛋白含量降至零是非常困难的。
我的样品含有β-乳球蛋白等乳蛋白。我能做什么?
实验室大概做了很多使用非脂乳蛋白印迹的,这么多的玻璃和塑料制品都可能污染牛奶的蛋白质。虽然这可能会帮助你与你的转债,这使得它很难做质谱因为质谱仪会“看到”所有这些蛋白质的肽。这是很难得的玻璃器皿不够干净后,该公司已经与蛋白质被大量饱和,一个简单的办法是获取装备的少数关键件,并保留他们的这一目的,而不要暴露他们的牛奶蛋白。
我的样品已经从免疫太多抗体。我怎样才能摆脱它?
有两种可能的策略来减少IP洗脱中的抗体数量。一种是尽可能使用竞争性洗脱,例如使用抗原肽(FLAG, Myc,都是例子)。另一种方法是使用共价结合抗体。如果你使用的是带有his标签的结构,最后一步可能是用金属柱代替抗体。
如何优化我的IP,以获得更好的鉴定结果?
您可以进行试IP和世行监控。一个目标是拉下尽可能多的靶蛋白的就可以了,这样就可以通过对上清液进行WB评估。然后,洗脱就像你可以从珠,再由世行所确定,从珠多个洗脱可使用热SDS-PAGE加载缓冲最后一个执行。最后扩大和尝试银或胶体考马斯染色的凝胶。希望你也有一个代表性的控制比较来检测特定的粘合剂(假设你正在研究一个复杂的)。这种凝胶应该给你的目标量的一些想法,以及“其他”需要的还是不需要的蛋白质。
有多少细胞,我需要成长/收获得到足够的蛋白质用于质谱?
这真的取决于你感兴趣的蛋白质有多丰富。一般来说,质谱中需要用到的裂解液要比蛋白质印迹法中多得多。一个合理的起点可能是至少10倍于你将使用西方的量,但可能需要进一步扩大,以看到有趣的蛋白质。
如果我看到我的凝胶一个不错的乐队我可以期望看到从ID只是一种蛋白质,对不对?
不。在IP实验中,我们几乎总是能够在从凝胶中切出的每个条带中识别出几种蛋白质。
什么样的“输出”我可以期望从蛋白质组学设施得到?
蛋白质识别通常会以我们常规搜索引擎吉祥物生成的HTML文档输出。我们很高兴在您有机会审阅这些结果之后与您详细讨论这些结果。网上也可以找到吉祥物的帮助Matrix Science公司网站。
如果我在列表中看到一个有趣的蛋白质,这意味着它确实存在我的样品中,对不对?
不。实际上这意味着蛋白质可能会出现,在列表上“较高”的蛋白质更有可能出现,而较低的蛋白质不太可能出现,这主要取决于总分和匹配的肽的分数。得分在200分以上的蛋白质几乎可以肯定是“真实”的,但随着分数下降,假阳性的可能性增加。我们通常审查你感兴趣的较弱的击中试着分层假阳性的风险。弱匹配可能会弱,因为几乎没有蛋白质,或者可能是假阳性。如有要求,我们将给出我们对这种匹配的最佳估计。然而,是否继续进行弱赛取决于调查人员。