科技园下一代测序核心 - 史密斯维尔
监军（J-J）的沉，博士
导向器
得克萨斯大学MD安德森癌症中心科技园下一代测序大学（NGS）基金成立于2012年，由$ 6M核心设施支持奖CPRIT支持。该设备支持被再次竞争在2016年有一个额外的$ 500万CPRIT核心设施支持奖。我们的工厂是在得克萨斯州中部地区NGS资源支持创新和高影响力的癌症研究需要广泛的NGS DNA-或RNA测序能力。188bet体育网址我们的NGS设备是围绕用户群超过40癌症研究人员从MD安德森科技园和休斯顿校区，德克萨斯大学奥斯汀分校，UT医学院休斯敦贝勒医学188bet体育网址院的建立，卫理公会医院研究所，莱斯大学，德州A＆M，和得克萨斯州州立大学 - 圣马科斯。其他合格的研究人员在德克萨斯州中188bet体育网址部地区可以访问NGS设施，主题服务的可用时间上的音序器。我们已经建立了多个测序方案，包括低投入的样品及其相关的生物信息学管道的协议。我们将继续增加基于我们的用户群的研究需要的新功能。188bet体育网址
这个核心的使用需要在出版物中CPRIT核心设施支持赠款（＃RP120348＆＃RP170002）的确认不管资金来源。
服务和仪器
我们的服务包括：
RNA-seq的
- 总RNA
- 基因
- 超低输入
- 的miRNA
- FFPE（总访问）
DNA-SEQ
- 人/小鼠基因组测序
- 芯片起
- 精简表示硫酸氢盐测序（RRBS）*
- 全基因组硫酸氢盐测序（WGBS）*
*与DNA甲基化分析芯在结合
我们的仪器包括：
测序
- Illumina的HiSeq 3000 - 初级NGS平台
- Illumina公司NextSeq 500 - 主要NGS平台
- Illumina的MiSeq - 小规模的NGS平台
- Illumina公司CBOT - 创建从单分子DNA模板克隆簇
品质管制
- 安捷伦2100个生物分析仪 - 微流体核酸QC基于平台
- Agilient 2200 TapeStation - 用于核酸QC琼脂糖凝胶基于平台
- ABI QuantStudio 6的Flex - 图书馆定量
文库制备
- Covaris S200 - 精密超声仪
- BIOMEK NX p - 高通量自动化的液体处理系统
- 蓝皮平 - 制备电泳
主任和工作人员
导向器
李建军教授（J-J），沉博士
jianshen@mdanderson.org
512-237-9558
188bet体育网址研究实验室经理
路易斯Coletta，M.S.
ldcoletta@mdanderson.org
512-237-6446（办公室）512-237-9526（实验室）
高级研究科学家188bet体育网址
梅丽莎痴笑，博士
msimper@mdanderson.org
512-237-9484
188bet体育网址研究调查
乐平陈，M.S.
yuechen@mdanderson.org
512-237-9555
生物统计学和生物信息学
副岳麓教授，博导
ylu4@mdanderson.org
512-237-9527
关联刘斌教授，博导
bliu1@mdanderson.org
512-237-9437
UNIX系统管理员
萨拉（莎莉）加迪斯，学士学位
salgaddis@mdanderson.org
512-237-6577
188bet体育网址研究助理II
马修布兰布尔
mdbramble@mdanderson.org
512-237-6617
188bet体育网址研究技术员III
卡罗尔Mikulec
cmikulec@mdanderson.org
512-237-9483
联系我们
弗吉尼亚哈里斯科克雷尔癌症研究中心188bet体育网址
在德克萨斯大学MD安德森癌症中心，科技园
表观遗传学和分子癌变系
邮寄地址：邮政信箱盒389，史密斯维尔，德克萨斯州78957
物理地址：1808公园路1C，史密斯维尔，德克萨斯州78957
监军（J-J）的沉，博士
主任，科技园区NGS设施
教授，表观遗传学和分子致癌
512-237-9558
jianshen@mdanderson.org