常见问题解答（FAQ）
Illumina NextSeq系列下一代测序
NextSeq 500系统提供了高吞吐量排序的能力与简单的桌面排序器。其快速、集成、从样本到结果的工作流程使快速测序全基因组、外显子体、目标面板和转录组在一次运行中得以实现，并可根据需要灵活地切换到低通量测序。该系统可以无缝地融入研究实验室，不需要专门的设备。188bet体育网址Illumina公司的科学家们可以随时得到支持和指导，使研究人员能够集中精力进行下一个突破性的发现188bet体育网址
NextSeq 500用于基因组应用的关键特性是什么?
该NextSeq 500提供了任何项目的规模和测序通量，为用户提供最佳的运营效率右序。它能够在一次运行中测序的高覆盖率（30×）整个人类基因组的唯一桌面测序系统。该NextSeq 500还提供了众多流行的测序应用了为期一天的周转。有了这些工具，研究人员可以序列广泛每次运行样本：188bet体育网址
- 外显子组1-16
- 1转录组
- 6 - 96目标板
- 12-40个基因表达分析样本
NextSeq 500易于配置，为研究人员提供可扩展性，以处理从低到高吞吐量的项目规模，以获得188bet体育网址最大的操作效率。基于样本容量、复杂性和覆盖需求，研究人员可以在两种流池配置(高输出和中输出)之间进行选择，轻松地从低吞吐量转换188bet体育网址为高吞吐量。
在基因组应用中，NextSeq 500™系统与微阵列相比有什么优势?
芯片收集的数据是基于已知序列的寡核苷酸探针的荧光信号强度(模拟数据)。由于技术上的限制，微阵列数据在特异性、鉴别性和敏感性方面存在问题。然而，NextSeq series™NGS在单核苷酸分辨率上以“数字数据”的形式生成全基因组序列数据，不存在特异性、鉴别性和敏感性问题。序列数据可以很容易地用于识别单核苷酸的缺失、插入、多态性和易位，并在DNA水平上复制许多变化。全转录组分析中RNA产生的序列数据可以很容易地通过RNA编辑来识别样本间转录本拷贝数的变化、剪接变异、单核苷酸的变化，发现所有转录的非编码RNA全转录组。
为了使用NextSeq 500™System NGS技术188bet体育网址，我需要为我的研究项目做什么?
请设计和计划好你的实验，以科学地解决你的问题。下一步是按计划收集高质量的DNA或RNA材料。你可在网上提出iLab申请(https://mdanderson.ilabsolutions.com/sc/3659/mdacc-sequencing-and-ncrna-program/）的非编码RNA的计划并提交您的样品序列数据产生。
我应该期望什么时候收到序列原始数据和分析数据?
该NextSeq 500个支持多种数据分析选项。综合仪表计算机上执行碱基调用和质量评分作为原始数据。测序运行数据可以通过宽范围的开源或Illumina的数据.fastq文件开发的，或立即传送，商业分析管道中运行，并且在BaseSpace®（云或现场）安全地存储，Illumina的基因组学的计算环境。BaseSpace下游数据分析包括对准和变体检测，注释，可视化和解释。BaseSpace还包括外显子组，转录组，全基因组，和躯体变形呼叫Illumina的数据分析应用程序。由于行业标准的数据格式，第三方开发商创造了商业和开源工具的丰富生态系统进行更广泛的下游数据分析。
数据分析将完全由月球探测器基因组生物信息学小组支持，该小组由博士领导。Jianhua张（713-792-6807）有偿服务的形式。鼓励有关各方提供关于研究和分析预计要做的团队进行沟通。
生命技术-离子质子测序
Ion Proton™系统是第一个台式非成像半导体测序系统，能够在数小时内完成人类靶向基因组、外显子组或转录组测序，dna到变体的测序只需一天时间。离子扩增化学可以对FFPE样品进行靶向癌相关基因面板测序，进行DNA突变和拷贝数变异(CNV)检测和基因mRNA表达谱分析。
该系统结合了半导体测序技术与自然生物化学直接转化的化学信息转换成数字数据。By leveraging the exponential improvements in the semiconductor industry (known as Moore’s Law), the Ion Proton™ Sequencing System provides an unprecedented level of scalability and flexibility to support a broad range of high throughput sequencing applications, ranging from human-scale genome to exome to transcriptome sequencing. The system’s use of the simplest natural sequencing chemistry eliminates the need for expensive optics and complex sequencing chemistries, resulting in a highly affordable sequencing system to own and operate. Real-time, direct, electrical detection of sequencing, combined with the enormous amount of computing power in both the Ion Proton™ Sequencer and Ion Proton™ Torrent Server, enables generation of high quality sequencing results from DNA library to variants in a single day.
离子质子™系统的特点：
- 最快的高通量新一代测序工作流程在Ion PI™芯片上最快的测序运行时间为2-4小时
- 每周完成测序次数最多，用简单的和自动化的工作流（与离子的OneTouch™2系统使用时）
- 简单的半导体测序工作流程与强大和简单的硬件这是可以依赖的——没有相机，没有光学设备，没有激光
- 可扩展的，高通量测序能力支持200碱基单读和灵活的文库选择(例如，片段gDNA，靶向/外显子组，RNA)
- 小的台式空间和安装能力（带有可选机架）（两个离子质子™每个机架系统），为客户提供唯一的台式基因组中心
- 低成本平台和有吸引力的价格的半导体芯片和试剂的范围内的应用
- 经验证的离子半导体测序不需要复杂的光学器件和使用天然核苷酸递送高度精确的变体检测，覆盖的均匀性，以及灵敏度以检测低频变体
- 一系列快速和简单的库解决方案和工具包具有用于各种应用，如基因组测序，基因组测序，测序基因集合，和RNA测序低输入要求
- 完整的端至端解决方案从基本通话到与腾™Torrent服务器和激流Suite软件V3.0变种
- 简单集成的工具用于与离子记者™软件叔数据分析跨越单个DNA变异分析，配对，或三人样品
微阵列
mRNA和microRNA表达谱分析所需的总RNA有什么不同?
一般来说，在mRNA谱分析中，微阵列需要高质量完整的总RNA作为目标制备的起始材料。对于mRNA表达谱，我们建议在TRIzol®分离RNA后，使用RNEasy柱纯化技术去除小RNA和被污染的蛋白。然而，对于microRNA表达谱，我们需要全总RNA没有任何柱纯化因为柱纯化后，19~22nt的成熟microRNA和60~110nt的前体会丢失。
哪些类型的oligo微阵列可从ncRNA项目获得?
在ncRNA项目中使用的微阵列是基于低聚的Affymetrix和内部定制阵列。ncRNA项目为所有商用的Affymetrix产品提供表达谱分析和SNP基因分型。此外，我们还构建了用于ncRNA表达谱分析的内部寡核苷酸微阵列，如microRNA和tsRNA、ultraconserved和Pyknon等ncRNA表达谱分析。
我需要做什么提供？
该研究调188bet体育网址查仅提供高质量的总RNA。如果需要，非编码RNA的计划目标需要准备，杂交芯片后的杂交信号的检测，芯片扫描，芯片束腰，数据运算，初步数据分析和数据解释其余的工作。
什么表达谱技术是由非编码RNA的计划提供的？
一种绘制表达图谱的技术是在两个Affymetrix公司和定制阵列的单色系统。寡核苷酸探针可用于原位合成（Affymetrix公司25聚体）或斑点（自定义的ncRNA阵列40聚）和固定在芯片上。生物测试样本期间体外转录（IVT），以产生单链的反义RNA（aRNA的）作为用于芯片杂交的靶通过线性扩增和生物素标记进一步处理。标记的aRNA是在后杂交过程用于杂交和信号检测单芯片通过链霉亲和phycocerithrine上。从对照和试验样品中值归一化的数据进行比较，以在对差异表达基因进一步鉴定倍数变化彼此。
如何设计我的微阵列实验？
由于从批次和个体收集的样本在技术和生物学上的自然变化，最经济的做法是制备多个生物样本，而不是为同一mRNA样本要求多个芯片。记住，与20K~45K斑点，有些斑点可能不会杂交在你的控制和处理芯片上，因为技术原因(小缺陷，光纤等)。出于这个原因，你必须在最初的实验中重复你的实验。然后你可以把你的初始分析集中在两个实验中改变的mrna上。如果您发现这个初始实验提供了有希望的数据，那么您很可能希望执行第三个实验来促进统计研究。
重要的是，解决它是没有效率的执行只有一个控制和处理芯片没有重复，因为你可能花费大量时间分析数据是人工的。典型地，ncRNA程序从对照样本中接收比较测试样本。在成千上万的样品中，我们注意到大多数实验室采取的两种策略:
- 第一种策略是只重复一次实验，然后使用在RT-PCR和整座实验中常见的结果，并真的没有计划最初发表他们的芯片结果。这些组织证实了他们大多数的成功，并有论文在进行中。请记住，这种方法肯定会失败，因为重复实验的数量太少了。
- 第二个策略是做了三至4次，随后的统计分析，在调查自己的机构或通过与生物信息学协作组进行任。这种方法可以让你更详细的生物分析之前，确定统计显著命中的完整列表。
虽然我们认识到，许多人的资源有限，无法促使他们选择第一种策略，但我们强烈推荐第二种策略，尽管其初始成本较高。
如果您对实验设计有关生物信息学分析问题，以了解更多信息，请联系长庚刘博士。，然后再进行实验。
如何分离RNA用于mRNA和microRNA微阵列实验?
主要目的是产生高质量和足够浓缩的RNA用于微阵列实验。许多研究者188bet体育网址发现，TRIzol试剂分离的RNA可以为这些实验提供质量和数量都很好的RNA。然而，每种起始材料可能产生不同质量的RNA，没有一种技术可能适用于所有样本。您的数据质量取决于您提供的总RNA质量。
如何评估微阵列表达谱RNA的质量？
用安吉伦生物分析仪2100测定RNA质量，RNA指数(RIN)， Nanodrop 1000定量，计算A260/一个280比率。
分光光度比也会显示RNA的纯度和完整性，应该尽可能接近2.0。一般情况下，比率低于1.7表明RNA可能被其他物质污染，应该重新纯化，也许可以通过一个柱。
提交到ncRNA程序的总RNA样本的浓度应该是多少?
在无rnase的H内，检测RNA的浓度应在100-500ng/ menul最小范围内2O. ncRNA程序要求每个检测样品的总RNA量为2-3 g。
我之前送检的样品的ncRNA的计划采取什么措施？
请确保：
- RNA的质量已被正确评价，并提供一种琼脂糖凝胶图像与所述RNA样品或者您可以请求的ncRNA方案提供关于安捷伦生物2100质量检查
- 请进行在线iLab服务请求:https://mdanderson.ilabsolutions.com/sc/3659/mdacc-sequencing-and-ncrna-program/
我应该如何寻址和发送RNA?
外部用户应通过一个通宵运营商发送干冰的RNA，以我们的联系人页面上列出的地址。全RNA将在该设施被存储在-80℃冰箱中直至处理。
什么是与微阵列实验的相关费用？
我们是一个收费服务项目，并提供相同的价格社区的MD安德森网络包括UT系统机构贝勒医学院，卫理公会，休斯敦大学和墨西哥湾海岸联盟。网络外的外部机构将收取60%的间接费用。如果您有更多的问题，请联系长庚刘博士。的详细定价。
实验结束后，什么样的信息和数据可我希望收到？
你会得到所有的原始数据文件如* CEL文件，*数据文件，* TIF文件和* GPR文件。此外，已经嘎吱嘎吱并且从图像数据，并用列差异表达的基因的倍数变化分析初步数据导出的原始数据将在Excel电子表格中提供。
如何检索数据?
数据可以通过几种方式检索。最常见的情况是，在癌症中心服务器的计算机上建立一个ftp站点(受用户名和密码保护)，并为您的数据建立一个私人帐户。您的数据将被发送到相关计算机的IP地址，您可以在线访问网站，将数据下载到您自己的计算机上。
实验的周转时间是多少?
在ncRNA的工作计划完成先来先服务的基础上。一般来说，微阵列实验可以收到一个小样本的一周内完成。但是，对于大型项目的周转时间将根据样品的数量和在实验室中的队列。