测序和非编码RNA程序
该测序和非编码RNA计划（ncRNA的核心）是的一个集中的共享资源中心靶向治疗在MD安德森癌症中心。我们的任务是提供MD安德森社区和它的网络的研究人员的最全面的数据有效地通过尖端188bet体育网址技术和用于DNA基因分型和RNA转录谱功能基因组学领域技术人员的专业知识，如在表达，LncRNA和小非编码RNA新颖转录物以及该发现的利用（ncRNA的）作为基础和平移癌症研究的生物标志物。188bet体育网址我们的目标为研究人员提供全套服务的实验188bet体育网址室，包括样品准备和数据生产，快速周转时间，高质量的数据，负担得起的成本和灵活性，以满足您的研究需求
主要服务
Illumina NextSEQ 500下一代测序: ncRNA核心提供Illumina高通量测序NextSeq 500定序器，其能够产生高达4亿单的读取和800百万配对末端每次完全运行读取，与输出数据〜19 - 运行时间内120个千兆碱基序列的范围从19-29小时。有两种类型的高或中间输出测序试剂盒支持（见表）。所述NextSeq 500是非常可伸缩的允许其支持多种DNA和RNA的应用，包括，小基因组测序，靶向基因组的测序，如芯片起，RIPseq，CLIPseq和全基因组测序;链mRNA和全转录组和小RNA测序，测序表观遗传学来分析DNA CpG岛甲基化修饰也是如此。您将能够决定被复用的基础上所需要的最大的数据覆盖询问样品的复杂应用程序的样本数量。核心提供全方位服务的文库制备和样品QC。包括在测序的成本是通过Illumina的BaseSpace（SNP / InDel标记打电话，转录丰）基本生物信息学分析。
NextSeq 500测序性能
NextSeq 500高输出和中输出套件
Illumina NextSeq 500 NGS数据分析和生物信息支持
测序原始数据处理和下游分析可通过基因组医学部生物信息学小组使用标准管道提供的收费服务获得MD安德森登月计划项目和内部/外部项目。后续部分将提供详细信息。
PacBio续作SMRT测序
该PacBio续集测序是一个成熟的第三代单分子实时(SMRT)技术提供超长的测序读数（8-12Kb）具有高精确度的共识（99.9999％），均匀覆盖，且同时后生特征在单分子分辨率。续集SMRT测序直接测量单个分子，使用长读取充分表征的遗传复杂性，包括稀有SNP，插入缺失，结构变体，单倍型和定相。单分子分辨率允许异构样品和变化不可见的多分子测序技术鉴定的全面特性。所述PacBio续集SMRT测序系统提供用于解新颖组件，其简化和改进的基因组不参考超长阅读长度。异SEQ RNA测序，其提供长的读全长转录物和同种型交叉聚（A）尾的5'端，而不需要的组件，是理想的改善注释参考基因组，表征基因同种型，可变剪接和基因融合事件。所述PacBio续集SMRT测序实时检测单核苷酸修饰，在测序过程直接测量基加法的动力学性质。这些动力学测量响应于各种基修饰，例如5-甲基胞嘧啶，5-羟甲基，6-甲基腺嘌呤，8-羟基鸟嘌呤和多个呈现特征模式。续集SMRT测序预计，研究人员将利用这一功能在单碱基分辨率，研究范围广泛188bet体育网址的碱基修饰的。
Pacbio续作服务:“测序和ncRNA核心计划”提供1)续作SMRT bell DNA和RNA文库准备和SMRT测序服务。SMRT bell文库的制备可以从用于全基因组组装的高分子量基因组DNA和用于靶向基因组测序的多路PCR扩增子开始。或cDNA SMRT bell文库转换的高质量完整的总RNA全转录组测序(Iso-Seq方法)。点击PacBio续作SMRT测序样品要求或访问我们的定价页。
生命离子质子系统新一代测序：
我们提供的应用生物化学直接转化的化学信息转换成数字数据离子质子半导体测序技术。基于芯片的半导体测序可以帮助您将运行扩展到您的研究需求。188bet体育网址离子PI™芯片提供了80-100米距离读取，让您序列1-3人的外显子组或每运行1-8人的RNA转录整体。对于离子质子的应用是理想的外显子测序，测序芯片和离子Ampliseq™针对性的DNA面板和Ampliseq™快速结果的人转录RNA面板，成本低，便于简化数据分析。所有预先设计的DNA和RNA Ampliseq™面板可以发现https://www.ampliseq.com/。核心提供样品QC、样品库、测序模板制备和测序数据制作。离子质子测序的特点如下https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/4476610
Affymetrix基因表达分析和基因分型：
Affymetrix公司有数百个基因芯片的芯片speciese的交叉MOT，如果不是全部。我们为RNA转录组表达谱分析和SNP基因分型提供所有Affmetrix基因芯片产品的全程服务。全服务包括执行样品QC，样品处理和目标标记，阵列杂交，杂交后的洗涤/染色，阵列扫描和数据运算。使用免费下载的Affymetrix TAC软件简单的数据分析还提供了为好。周转时间大约为3-5个工作日。
Affymetrix公司TAC软件URL下载：
自定义阵列系统-小型ncRNA和miRNA分析:
进行了内部芯片平台和具有剖析每周最多约48样本的能力。该节目的导演，昌公刘，博士他开发了首个ncRNA/miRNA微阵列平台。该核心有能力构建定制的小型ncRNA阵列，如miRNA和tsRNA阵列，这些阵列的数据已在出版物中得到证实。
HTG EdgeSeq-RNA无提取靶向RNA测序
HTG分子诊断HTG Edgeseq是使用S1核酸酶保护测定的数字定量系统直接从FFPE，血清/血浆，的PAXgene，培养细胞，新鲜或冷冻的组织中最困难的样品谱基因的靶向面板，无RNA提取。HTG在市场上的一些商业产品。请访问网站HTG的产品及其应用作为上市https://www.htgmolecular.com
实时PCR数据验证：所有高通量微阵列和下一个基因测序数据需要一个独立的技术来验证它。为了支持基因表达定量和snp的检测，我们提供应用生物系统公司7900HT快速实时PCR系统到您的数据验证，大约需要两到三个小时的周转时间。
RNA / DNA样品的质量和数量检查（QC）
高质量的数据是由高质量完整的RNA或DNA作为起始材料产生的。我们使用安吉伦生物分析仪2100和Thermofisher Scientific Nanodrop™1000光谱仪对每一个收到的RNA和DNA样本进行QC，并在处理前一小时内将QC结果反馈给提交者。