代谢组学工具
菲尔·罗伦兹博士
设备主管
的代谢组学设施MD安德森提供最先进的质谱分析代谢物为基础和临床癌症研究。188bet体育网址我们为双方提供服务MD安德森和外部的调查人员。
什么是代谢组学?
- 代谢组学是小分子的研究的生物样品中,包括相对和绝对定量(由分子量小于1500个道尔顿通常定义以下)。
- “靶向代谢物组学”是指所定义的分子的子集的分析,而“非靶向代谢物组学”是指所有可检测的小分子的分析。
- 除了测量总代谢物水平,第二个工作流程涉及同位素示踪分析(靶向或非靶向模式),其中稳定的同位素标记代谢物可用于跟踪代谢中的原子流动。
- 我们测量代谢物最常见的生物基质是:细胞、培养基、血浆、全血、红细胞、尿液和组织。但甚至更复杂的基质(如骨)也可以被分析。
我们的服务
我们提供一般和专门基于质谱的代谢组学技术和服务。
如何确认代谢核心设施
为了在一个充满挑战的环境中继续获得核心支持,我们的用户在所有出版物中认可下列赠款是至关重要的(见下文)。谢谢你!
“这项工作部分得到了德克萨斯州癌症预防研究所(CPRIT)拨款编号RP130397和NIH拨款S10OD01188bet体育网址2304-01、U01CA235510和P30CA016672的支持。”
经常问的问题
我应该进行靶向还是非靶向代谢组学实验?
如果你知道你想/需要测量的代谢物,目标实验是理想的选择,因为它可以提供绝对的定量,在一个强大的方式。
如果你不确定你想要测量什么,一个非目标实验可以提供有价值的见解,任何有趣的结果可以通过后续的目标实验来验证。
- 对于非针对性的实验,定量通常是相对的,不是绝对的。实事求是地讲,与一些思考和讨论,大多数用户(甚至那些谁认为他们需要做的非靶向实验)通常可以拿出代谢物或途径,他们希望在他们的实验中看到改变了一把。
我应该进行标准代谢组学实验还是稳定同位素示踪分析?
代谢物浓度单独经常不告诉整个故事;两个不同的上下文(例如,非处理对药物治疗的)可以产生特定代谢物的相同的总浓度,但底层的生化反应也可以在两个上下文差异向代谢物的测量水平。这种现象可以通过稳定同位素示踪分析可以看出端倪。例如,细胞可以用13C标记的代谢物进行处理,而图13C的标签从初始代谢物转移到下游代谢物可在靶向的或非靶向的方式被跟踪。通常使用的其他同位素标记包括15N和18O。
- 注:稳定同位素不应与放射性同位素相混淆;稳定同位素不具有放射性。
我选择现场与Core执行我的实验;我应该怎么做?
如果您的实验涉及的细胞系,请提交最近支原体检查,确认该行是支原体阴性的结果。优选的已测试与MD安德森完成表征的细胞系核心(CCLC)。
请联系菲尔·罗伦兹(PLLorenzi@mdanderson.org)安排实验。我们的员工具有丰富经验的代谢组学样品制备;现场实验,确保最高质量的结果。
通常是在星期五把细胞扔下,然后在下周进行实验。脱落细胞时,请:
1.在运输细胞时,将细胞放入有通气盖的烧瓶中,以确保无菌性。(如果你的实验室不使用烧瓶,我们可以提供给你)通常建议用新鲜的培养基喂养细胞,或在运输到我们的设备后将它们分离。
2.将足够的介质,PBS,胰蛋白酶,药物,和/或任何其他治疗实验,并在实验前将细胞传代的。
如果您需要向我们运送细胞、药物和/或其他材料,收货地址为:
菲尔·罗伦兹
7435范宁街
房间2 scr3.3207
休斯顿,德克萨斯州77054
713-563-4634