常见问题
1.周转时间是多少？
整个RPPA过程需要大约8-10周才能完成（此时间框架用于样本累积和样本处理时间）。一旦我们从客户累计1,000个样本以容纳全套，RPPA处理时间约为4周。服务是在“先到先得，第一送”的基础上提供的。我们鼓励您尽快提交您的在线表格和样本。
*注意:在iLab的要求得到完全批准，并与核心人员确定交付或发运样品的日期和时间之前，您不能提交样品
2.我应该如何准备样本？你有特殊协议吗？
是的，我们有蛋白质提取方案贴在其中抗体信息与协议页。您还可以通过ILAB从核心购买裂解缓冲区和SDS样本缓冲区。收费为1.50美元/ ml（+适用的开销）。请联系核心人员以安排缓冲区的拾取或发货。如果我们将送货缓冲区，将需要有效的联邦快递号码。
3.完成后，我可以期望从核心收到什么信息和数据?
您的数据集将排列在Excel文件中。它包括LOG2中的原始数据，线性值中的标准化数据。您将能够使用归一化线性值生成条形图或其他格式化的图形。我们还提供了以中心为中心的LOG2值的简短热带。这些热量表表示您参考的可视化图。请咨询您的生物信息学集团进行进一步详细分析。
4.如何对数据集进行规范化?
我们通过蛋白质负载来规范每个数据集。与B-Actin或GAPDH不同的蛋白质印迹不同，我们使用整个抗体面板来标准化蛋白质负载。规范化过程是：
- 将原始数据从log2值转换为线性值。
- 确定样本中每个抗体的中位数。
- 将每个原始线性值除以每种抗体内的中值以获得中心的中值比率。
- 在整个抗体面板上的每个样品计算中位数的中位数（从步骤3）计算中位数。该中位数作为蛋白质加载调整的校正因子（CF.1），每个样品具有其自身的校正因子。如果校正系数高于2.5或低于0.25，我们会考虑样品一个异常值。
- 通过校正因子（从步骤4）的校正因子（从步骤4）以线性值（步骤3）分割每个中值的比率以获得归一化的线性值。
我们计算校正因子，并提供归一化线性值。我们还在Excel文件中列出了校正因子(cf1)(归一化线性值页面的最后一列)，供您参考，以确定样本的离群值。
5.我们如何量化蛋白质表达和修饰？
我们使用MD Anderson Cancer Cents的生物信息学和计算生物学系开发的“超级凝固拟合”方法来定量蛋白质表达和改性。简而言之，“标准曲线”由每个载玻片上的5808个斑点构成（一个抗体探测的一个载玻片）。这些斑点包括每个样品的5个系列稀释液，以及不同浓度的标准裂解物的528 QC斑点。每个样品的蛋白质表达和修饰的相对水平通过将每个稀释曲线插入到载玻片（抗体）的“标准曲线”（抗体）的“标准曲线”的内插来确定。
6.如果我在不同的RPPA测定中在不同时间执行了几种RPPA数据集，我可以将所有数据组合在一起进行进一步分析吗？
与任何其他生物分析一样，每个RPPA分析之间有批次差异。此时，不可能将生料或蛋白质装载量归一化值结合起来。我们正在与计算科学和生物信息学部门合作，开发一种数据合并的方法。然而，在任何情况下，您都应该设计恒定的内部控制，将包括在每个实验中，用于未来的RPPA分析的数据合并。
我准备好样品，但它们在缓冲区中为我的西方印迹做好了准备。我可以提交这些样本是否为RPPA？
我们鼓励您使用我们的食谱使用裂解缓冲区。然而，我们接受通过蛋白质印迹的方法编制的样品。我们的经验表明，RIPA缓冲器中制备的样品将适用于RPPA。然而，由尿素缓冲液制备的样品将使扩散斑点干扰量化。
8.RPPA样品的最佳蛋白浓度是多少?如果我的样品浓度低于1 ug/ul，你能检测这个样品的RPPA吗?
SDS变性后的最佳蛋白浓度为1 ug/uL。我们接受最低浓度为0.50 ug/uL(来自细胞系)和0.75 ug/uL(来自组织)的样品。如果你的样品集中有少量低蛋白浓度的样品，我们建议你不要将蛋白浓度调整到最低。否则，你会失去大部分的信号。
9. RPPA您需要每个样本的数量多少？
我们现在要求每个样品至少80 uL，以适应整个扩展抗体列表。
10.是否需要为RPPA准备复制样本？
复制有两种：生物复制和技术复制。请根据您的研究设计复制。我们将充电作为单独的样品重复。我们使用在不同位置的幻灯片上使用标准裂解物进行多种技术复制。这些重复将用作RPPA中每种抗体的质量控制。我们从这些抗体释放出质量控制的抗体，但如果您选择提交的复制，虽然我们鼓励生物复制，但对于技术复制，因此可以酌情酌情酌情，但对于技术复制而没有真正的利益。
11.我需要选择RPPA抗体吗?
不，我们有一个标准的抗体面板，我们为每组使用。请参考抗体信息与协议页面。您不需要从标准小组中选择抗体，我们将执行此列表中的整个抗体小组，并公布通过我们质量控制的抗体的结果。
12.如果您的名单中对我兴趣的蛋白质的抗体不存在，我可以为您提供抗体吗？
是的，您可以提供自己的感兴趣的抗体。当您提交样本时，您需要提供50uL抗体以及Western印迹结果（如果适用）。请联系核心以讨论您的抗体，并确定我们以前是否已经运行过。如果我们以前没有运行抗体，我们需要在使用它之前验证。我们将为您提供验证报告，在完成后详细说明其验证状态。因为我们没有您的抗体经验，并且没有优化其对我们的RPPA应用的用途，我们无法保证结果。
费用适用于这些服务。请参考提交、服务和定价页面有关详细信息。
13.如果我想让你们验证我的抗体，你们提供这样的服务吗?
是的。请联系核心以讨论您的抗体。当您提交样本时，您需要在每个频段上提供50ul抗体以及在每个频段上的抗密度测量。我们将为您提供验证报告，在完成后详细说明其验证状态。验证状态将在以下标准上判断：（a）蛋白质印迹的单带，（b）通过化学或基因组方法操纵的特定蛋白质上的可接受的动态范围，（c）Western Blot与Western Blot之间的良好相关性RPPA（R> 0.7），（D）RPPA上可接受的信号/噪声比。我们还将用验证的抗体探测样品。根据我们的标准验证标准，我们只会使用具有“有效”或“有效”或“有效”或“使用”的验证状态的抗体。
费用适用于这些服务。请参考提交、服务和定价页面有关详细信息。
14.我有一组待提交用于RPPA分析的组织样本。每个样本需要多少组织？您是否有方案从组织中提取蛋白质？
是的，我们的经验表明，每个样品都需要大约15-20mg的冷冻组织（大约一粒水稻的尺寸），以用于整个抗体面板的RPPA。我们更喜欢在我们的裂解缓冲液中制备组织样品。
15.您是否提供从组织或细胞颗粒中提取蛋白质的服务？
是的。我们提供从新鲜冷冻组织和干燥冷冻细胞颗粒中提取的蛋白质。我们现在不接受FFPE样品。我们需要大约15-20毫克的组织(大约一粒大米大小)，或者500万个细胞(最少100万个)。
我有一组临床样本。我可以提交它们是否进行RPPA分析？
是的。您必须在提交之前删除患者敏感信息，例如医疗记录号，名称等。我们不会接受具有患者敏感信息的样本。
17.我正在提交授予申请和/或手稿，涉及RPPA分析。您是否有任何信息我可以在我的授权申请中引用？
是的。请参考教育和引用页面。
18.我是MD安德森癌188bet体育网址症中心以外的研究调查员。我应该如何支付RPPA服务？
您需要通过iLab Solutions完成在线提交过程，包括有效的购买订单号或完成信用卡授权表格。收到发票后30天内付款。
19.我需要验证RPPA的结果吗?
是的。RPPA以一种“屏幕”模式为您提供细胞信号网络的结果。您需要通过其他技术方法验证和确认您的结果。