反相蛋白质阵列(RPPA)核心设施
概观
反相蛋白质阵列(RPPA)核心研究者提供了强大的,高通量的,定量的,高性价比的技术,功能蛋白质组学研究。此外,我们还提供集中式,标准化和质量控制,服务不仅遍及MD安德森,但在世界各地,还有几个国家财团的调查,包括TCGA,CCLE和ICBP。
重要的通知
该RPPA核心将于本周在有限的日程安排接受6月22日的样本。
您必须联系核心人才(ccsgrppa@mdanderson.org)确认的样品提交时间表,确保正确的收据。
谢谢您的理解!
RPPA和蛋白质组学的优点
RPPA
核心已经定义了一套标准裂解液用于每个阵列的数据生成和分析的质量控制(QC)。开发了一套算法和自定义软件应用程序,以提高量化和质量控制。
- 成本有效的:可以通过在信号同时滑动接近测试和定量超过1000个样品A高。
- 敏感:适用于非常小的样品尺寸(纳克蛋白裂解物,检测非特异性蛋白的渺摩尔),小于10个细胞当量。它可以检测并量化在表达水平数百种不同的蛋白质和修改状态在40微克细胞裂解物的。
- 定量:重组蛋白/磷酸使蛋白质表达和修饰水平的绝对定量。
- 简单:不需要裂解物样品的直接标记。
功能蛋白质组学
有复杂的疾病如癌症的研究表明,遗传改变不占所有疾病的原因。在蛋白水平和结构的变化也已显示出在肿瘤发生和发展的关键作用,这是不是遗传的变化反映出来。在癌症中,一些遗传和表观遗传变化往往需要对疾病的发展。研究大型表观遗传改变例如蛋白质磷酸化或切割将理解的原因,并且确定有效的治疗癌症和其他复杂疾病极大地帮助。
我们独特的平台
MD安德森的RPPA核心是科学界的宝贵资源,由于其RPPA管道的各个方面,包括低于其独特的和持续的验证和质量控制:
- 每个样品的系列稀释捕捉要准确的数据分析的线性抗体/抗原反应
- 一个正在进行的和高度严格的抗体验证过程,以选择和维持最高质量的抗体用于RPPA分析
- 充当对照培养复制基于正规化用于进行数据生成和分析和RPPA数据跨越不同的幻灯片合并的质量控制的印刷在每一个滑块48独特的细胞裂解物的“锚”
- 制定,实施,和我们RPPA数据分析而优化的一系列严格的质量控制过程,以提供可靠的数据到客户:空间校正,探测抗体的质量控制,蛋白质加载修正,基于复制-归一化,和抗体的质量的算法批次
- 对于RPPA管道的自动程序处理来实现的,以减少人工劳动,人为错误,和客户的周转
- 一组算法和定制软件应用开发,以提高量化和质量控制
方法
RPPA表示用于两个肿瘤组织和培养的细胞的基于抗体的功能性蛋白质组分析。RPPA表征基础蛋白表达和修饰水平,生长因子或配体诱导的效应,和时间分辨的响应适当系统生物学分析。它提供的信息在癌症基因畸变的结果整合,以验证治疗靶点,来证明在线和毒品脱靶活性,并评价药物的药效。
核心格兰特引文
该RPPA核心是由NCI格兰特#CA16672与夷陵路博士的NIH R50格兰特#R50CA221675支持:在癌症反相蛋白质阵列功能蛋白质组学。如果您的出版物使用由RPPA核心产生的数据引用请在确认部分这些补助。出版承认这些补助的两个副本也应在1058单位提交给RPPA核心谢谢!