微阵列服务

ATGC的微阵列服务提供了一整套综合的综合基因表达，基因分型和甲基化服务，便于研究人，小鼠，大鼠和其他物种中基因的基因组改变和转录调控的作用。

ATGC提供完整的微阵列服务，包括：

• RNA和DNA样品质量检查
• 目标准备
• 杂交服务
• 影像服务
• 信号量化

支持的应用程序：

• 基因表达分析
• 微分析
• 单核苷酸多态性(SNP)基因分型、拷贝数变异(CNV)和杂合性缺失(LOH)

我们支持的应用程序可以用于检测和绘制染色体畸变和snp，分析基因表达模式，识别两个DNA或RNA群体之间的差异(即肿瘤和正常细胞群体)，确定治疗药物对基因组的影响及其对基因表达的影响，并确定基因改变对基因表达模式的影响。

微阵列服务定价

该微阵列服务提供Affymetrix平台用于基因表达和SNP/基因分型分析，Illumina平台用于SNP/基因分型和甲基化分析。根据服务类型，初始样品质量控制(QC)和微阵列可能包括在样品处理成本中。完整的服务包括目标制备、杂交、成像和信号量化。研究人员可以要求完整的微阵列处理或选择由设备进行部分服务。

微阵列服务的价格可在服务定价时间表。

生物信息学辅助

来自生物信息学共享资源的统计分析师每周提供一次，以帮助新用户进行实验设计。研讨会在FCT5.5049举行，下午1-3次举行。

开始

ATGC通过在线ILAB系统提供微阵列服务。用户帐户，项目提交和服务请求通过ilab进行管理MD安德森癌症中心用户。Non-MD安德森用户需要填写一个请求表格，并通过电子邮件向其发送所需的PO号和授权签名。详情请联系微阵列服务。

访问数据

微阵列服务生成的所有数据都通过机构服务器(gcgserv)存储和访问。188bet体育网址研究信息系统为每个首席研究员创建一个微阵列数据文件夹，并为首席研究员和授权的实验室成员创建一个访问数据的用户名和密码。ATGC将微阵列数据上传至首席研究员的微阵列数据文件夹。当数据准备好下载时，将通过电子邮件通知调查人员。微阵列数据会被复制到DVD上non-MD安德森用户。

请联系Marisela Mendoza以获取与MicroArray服务和通过ILAB系统提交相关的问题MD安德森以及用户提交的请求和样本non-MD安德森用户。

ATGC使用Affymetrix平台进行基因表达微阵列服务。

Affymetrix基因表达服务提供三种类型的样品处理测定：

• Whole Transcript Plus(优质总RNA，≥33 ng/ul)
• 整个转录物微克（降级或FFPE总RNA，≤33ng / ul）
• 3 ' ivt(总RNA 3 '偏置试验)

基因表达式微阵列服务的定价可以找到服务定价时间表。

人类，小鼠，大鼠和其他真核生物可以使用这些结合高密度微阵列分析。

Affymetrix的全转录本分析方法使研究人员不仅可以检测表达水平，还可以精确地检测表达的内容，包括替代的亚188bet体育网址型或基因组缺失。这开启了一扇新的洞见之门，其分辨率是传统的3’基微阵列所不可能达到的。

• AffymetrixEXON 1.0 St.全转录物（WT）阵列能够实现两个互补水平的分析基因表达和替代剪接。每个外显子的多个探针使“外显子水平”分析能够区分基因的不同同种型。第二级是“基因级”表达分析，其中对不同外显子的多种探针总结成来自同一基因的所有转录物的表达值。
• Affymetrix基因1.0和2.0 st全转录阵列包括测量信使(mRNA)和长基因间非编码RNA转录本(lincRNA)的探针。这些全转录阵列设计提供了一个完整的mRNA表达谱，以及影响mRNA表达谱的中间lincRNA转录本。
• 人体转录组阵列（HTA）2.0提供通过提供通过组合多个数据源准确检测由基因产生的所有已知的转录同种型所需的覆盖和准确性来超越基因级表达分析的能力。
• Clariom D数组提供转录组的高度详细的视图，并提供最快的途径，以采取行动的结果。Clariom D Assays允许翻译研究科学家快速、轻松地生成高保真的188bet体育网址生物标记。基于业界领先的微阵列技术，这些检测的新设计提供了最复杂的转录组范围内的基因和外显子水平的表达谱，包括能够检测编码和长链非编码(lnc)RNA的替代剪接事件，在一个为期三天的实验中。
• Clariom S阵列设计提供了广泛的覆盖所有已知的良好注释基因，与临床样本类型的兼容性，可扩展的格式，灵活的数据分析软件。Clariom S assay是寻找已知功能的表达性生物标志物的首选工具。
• 这Affymetrix溶3 'Plus套件用于可视化3'偏见的真核表达。该平台利用寡核苷酸引物产生cDNA，然后在体外转录中产生生物素标记的CRNA，其在阵列上杂交至3'靶向探针。
• miRNA 3.0和4.0高密度阵列提供了最敏感、准确和完整的测量涉及基因调控的小的非编码RNA转录本。该阵列被设计用于质问miRBase 20中所有成熟的miRNA序列，使用相同的阵列格式分析来自所有物种的miRNA, 3770个探针集独特的人类、小鼠和大鼠的pre-miRNA发夹序列和1996人的snoRNA和。scaRNA。

ATGC执行SNP基因分型微阵列使用Affymetrix和Illumina平台的服务。

可在SNP分析微阵列服务的定价服务定价时间表。

Affymetrix

全基因组人类SNP序列含有超过180万个遗传变异标记。大约一半的标记包括单核苷酸多态性（SNP）检测探针，而另一半检测到拷贝数变异（CNV）。SNP阵列6.0允许研究人员使用大样本尺寸进行关联188bet体育网址研究。这些标记在染色体X和Y，线粒体SNPS上具有更好的SNP，在完成GeneChip人映射500K阵列组后添加到DBSNP数据库中的重组热点和新SNP中的SNP。

Cytoscan HD阵列为检测染色体畸变提供最广泛的覆盖范围和最高的性能，灵敏度大于99%。通过单核苷酸多态性(SNP)等位基因确证，可以可靠地检测整个基因组25-50kb拷贝数的变化，具有高特异性。拥有超过260万个拷贝数标记，包括所有OMIM™和RefSeq基因。支持低水平镶嵌现象可视化、杂合度缺失(AOH)和获得性UPD (aUPD)检测、拷贝数变化确认、三倍体检测、等位基因失衡模式可视化、基因组污染鉴定、三位点一致性检查和亲本来源分析。

oncoscan阵列从最具挑战性的固体福尔马林固定的石蜡嵌入（FFPE）肿瘤样品，甚至可以在癌症基因组上提供完全新的透视。鞘斯科斯坎测定利用分子反转探针，其从短至40个碱基对序列中产生多重阵列杂交靶。oncoscan阵列利用SNP探针提供基因组信息，包括拷贝数变异（CNV）杂合性（LOH）和癌症相关的体细胞突变。

illumina

Illumina的基因分型Infinium BeadChips为研究人员提供了灵活的基因分型样188bet体育网址本的数十万到数百万标记，提供全基因组覆盖的最新内容。

Illumina Omni家族的基因分型微阵列能够检测每个样本多达500万个标记，并提供定制的阵列内容。这些阵列是根据国际项目(如1000基因组计划)的下一代测序数据设计的。

Omni微阵列提供了无与伦比的基因组覆盖，使用智能选择的标签SNPs，最大限度地发现一个特定表型的真正关联的可能性。标签SNP方法的力量源于形成单倍型块的标记之间的内在相关性，允许一个高度相关的标记作为基因组中其他许多标记的代理。这种方法允许最大信息量的标记进行最广泛的选择，从而获得常见和罕见变异的最佳全基因组覆盖。

Illumina还具有修饰的方案，用于处理来自包括FFPE组织的存档组织部分降解的样品。Illumina的GenomeStudio®软件能够联合分析SNP和CNV探针的下游分析，包括与基因分型和CNV分析的许多第三方插件的链接。

人类CytoSNP-12:每芯片12（12）个样本。整个基因组的单核苷酸多态性（SNP）覆盖。珠芯片可与FFPE样品一起使用。含量包括约300,000个靶向区域对细胞遗传学分析很重要。生成的数据可用于表征常见的先天性障碍和简档报告的拷贝数变化（CNV）区域，同时为新颖的CNVS发现提供密集的覆盖范围。

人类OmniExpress-24:每芯片二十四（24）个样本。优化SNP内容从所有3个HAPMAP阶段（710,000个标记）战略性地选择，以捕获最大的常见SNP变异，并驱动与特征和疾病的新型关联的发现。珠芯片可与FFPE样品一起使用，可以使用30,000种额外的珠粒类型定制。

人类Omni 5-4：每个芯片四个(4)样品。它在世界超级群体中提供了全面的SNP覆盖(430万标记)。该高密度阵列涵盖了常见的、中间的和罕见的SNPs，并利用从国际HapMap项目和1000项目中选择的SNPs标签，为全基因组基因分型和拷贝数变异(CNV)、种系变异、插入-删除(indels)和SNPs结构变异提供了优化内容。

人类Omni 2.5 8:每芯片八（8）个样本。Beadchip提供了一套全面的普通和罕见的SNP，来自1000个基因组项目（230万个标记），为拷贝数变体（CNV），种系变体，插入缺失（Indels）和SNPS结构变体产生高质量数据。珠芯片可与FFPE样品一起使用，可用200,000个额外标记进行定制。

人类omniexpress-Exome-8:每片8个样品。从所有3个HapMap阶段(96万个标记)中战略性地选择优化的SNP内容，以捕获最大数量的常见SNP变异，并推动与性状和疾病的新关联的发现。该阵列包括27.4万个功能性外显子标记，覆盖了12,000个单独的外显子组和全基因组序列所选择的假定外显子变异。珠芯片可与FFPE样品一起使用，可以使用30,000种额外的珠粒类型定制。

DNA甲基化在基因表达调控中起着重要作用，并与包括癌症在内的许多人类疾病有关。DNA甲基化微阵列分析可以分析异常甲基化(高甲基化或低甲基化)的影响，用于各种应用。

可以在甲基化阵列服务上找到定价服务定价时间表。

ATGC通过Illumina平台提供DNA甲基化微阵列服务。

illumina已经开发出一种稳健的珠珠甲基化平台，其在一次性甲基甲基化甲基化平台提供定量甲基化测量，用于一次检测单百万基因的单次数点水平的表观遗传变化。阵列能够平行分析8个样品，同时最小化每个样本的成本，使其成为筛选基因组关联研究（GWAS）群体的理想选择。

Infinium甲基化物：每芯片八（8）个样本。珠芯芯片提供CPG岛，Refseq基因，编码开放染色质，编码转录因子结合位点和Fantom5增强剂的特殊覆盖率（以每种样品为单位核苷酸分辨率）。它含有约90％的原始infinium甲基化450珠芯片含量，提供甲基族的广泛综合视图。使用Infinium甲基化珠芯片协议的改性版本，使FFPE样品的甲基化研究能够。