2019年11月11日
在肿瘤邻近组织的突变可以揭示最早的事件导致恶性肿瘤
由Jill罗素博士
MD安德森研究人员已经确188bet体育网址定早期基因事件，可能导致恶变。他们发现相邻的肿瘤组织，似乎是病理正常可能含有细胞的突变可能导致癌症。
“这些研究结果提供了导致恶性肿瘤，并可能与早期发现癌症，甚至有助于预防最早变化的重要见解，说：”保罗Scheet系，博士，教授和椅子流行病学在得克萨斯大学MD安德森癌症中心的大学
嵌合体是指用体细胞突变的细胞亚群这些。突变的一种类型是体细胞拷贝数变化（的SCNA），其中一个小区仅具有一个基因的副本（母本或父本等位基因已被删除）或基因的三个副本（该母本或父本等位基因被复制）。
“这些大的染色体改变，其中涉及许多基因，不符合正常发展，并有可能赋予增殖优势这些克隆，代表产生癌变的最早的基因组改变兼容，” Scheet说。
Scheet是一篇文章的资深作者最近发表在自然生物技术相邻于从癌症基因组图谱（TCGA），一个国家癌症研究所资源已经分子表征超过33种不同类型的癌症的20,000个样本的肿瘤和肿瘤组织的匹配样本中的SCNA调查。
体细胞拷贝数改变的致癌模式
Because normal tissue has a lower proportion of cells with mutations compared with tumor tissue, the research team used a haplotype-based approach (looking at a group of genes inherited together from a single parent) in the hapLOH algorithm, previously developed by Scheet’s research team, to identify sCNAs present at cell fractions of less than 10%. The hapLOH algorithm identifies statistically significant allelic imbalances (more copies of a chromosome from one parent instead of the expected 1:1 ratio).
所述的SCNA被归类为一个增益，损失，杂合性的副本中性损失（即，所述细胞具有从一个亲本的基因和没有来自其他父拷贝的一分式两份），或未确定。这使得球队的个别病人体内研究在不同类型的癌症，并从不同的样品SCNA模式。
研究小组发现，癌旁组织样本具有比血液样本显著更多的SCNA。对于癌症部位具有10个或更多的肿瘤附近组织样品，组织邻近头部和颈部鳞状细胞癌（HNSC; 25％）和膀胱尿路上皮癌（18％）有的SCNA率最高。
团队确定在肿瘤和肿瘤邻近组织的染色体改变的类似致癌图案。例如，血液和肿瘤邻近组织样品具有在染色体8和12，其是横跨癌症公共增益。已经在上皮肿瘤已经显示1Q，的增益，也见于邻近组织乳腺浸润性癌和肺腺癌。共发生8Q，13Q，和20号染色体的收益已经报道了食管癌，直肠腺癌，和胃腺癌;相邻站点组织样品具有这些增益中的至少一种（有时所有三个）。HNSC相邻的组织样品中的SCNA用在建立HNSC促进基因的突变相关。
在这同肿瘤组织重叠的SCNA癌旁组织样本，研究小组发现独立突变的情况。188bet体育网址具有重叠的SCNA，21肿瘤相邻的组织样品的血液样品的％（70分之19）和9％（247分之23）样品的母体显示与匹配的肿瘤组织的镜像等位基因失衡（例如，一个节目的增益等位基因，而其他节目的父本等位基因的增益）。
“这一发现表明，这些突变在同一机关独立起源而这些基因是细胞群体尤为重要，” Yasminka Jakubek，博士，讲师流行病学在MD安德森部和第一作者的文章说，。
在这些肿瘤相邻的组织样品，独立的突变包括建立致癌基因的增益：H3F3A在肺腺癌;CARD11，EGFR和JAK2在HNSC;和FLT3胃腺癌。与肺鳞状细胞癌患者的一个显示两个独立的损失APC，其已与结直肠癌。
未来的癌症遗传学研究188bet体育网址
这项研究结果将影响到癌症研究如何互译TCGA数据中，大量利用的资源。188bet体育网址谁使用与匹配的肿瘤的相邻188bet体育网址组织样本，其被假定为正常的患者的肿瘤组织样品中TCGA对比基因表达的变化最癌症研究人员。
然而，随着Scheet指出，“有度内。我们的研究表明，这种病态的“正常”组织实际上可能有致癌的表型，这将最终导致恶变“。
这一发现还可能影响样品采集的标准。“为客户提供组织样本是在连续的较正常的一面，研究人员可以考虑获得匹配的组织样本不相邻的肿瘤，但距离较远或其他组织，” Jakubek说。188bet体育网址
该小组的下一步包括识别其他方案与癌旁组织样本，以不断探索的SCNA的速度及其预后价值。