新的TCGA项目发现了不同类型的肿瘤共有的致癌变化
MD Anderson新闻发布，2013年9月26日
泛癌症倡议着眼于器官部位研究领域，从基因组角度对疾病进行分类188bet体育网址
MD安德森新闻室09/26/13
休斯顿——癌症基因组图谱是一个大规模的合作项目，旨在追踪导致12个不同器官癌症的基因组异常，目前正在指导其研究力量，以检查这些异常如何在不同类型的肿瘤中普遍发生。188bet体育网址
癌症基因组图谱(TCGA)是美国国家癌症研究所和美国国家人类基因组研究所的一个联合项目，与该项目合作的科学家描述了TCGA的泛癌症倡议，并在今天发表在《自然遗传学》杂志上的两篇论文和两篇评论中报告了首批研究发现。188bet体育网址
“随着TCGA在那些12种癌症类型中发现癌症的基因组驱动因素，现在泛癌项目将识别癌症的分子异常的共同模式。这将有助于我们在德克萨斯州和德克萨斯大学安德森癌症中心的计算生物学和生物信息学主席。Weinstein是一种具有自然遗传评论的共同作者，描述了泛癌分析倡议。
“这项研究的一个更令人兴奋的可能性之一是，我们可以在一种肿瘤类型中进行有效的治疗，例如HE188bet体育网址R2蛋白抑制剂，用于HER2阳性乳腺癌，并检查他们现在所知道的其他癌症类型的效果也有这种突变或者过表达那种蛋白质，“Weinstein说。已发现含有胶质母细胞瘤，子宫内膜，胃，膀胱和肺癌的患者具有HER2异常。
泛癌分析还可以帮助研究人员确定受特定基因组异常影响的小组患者，这些患188bet体育网址者可能错过单癌研究，但出现在更大的跨癌症研究中。“这一切都放在一起，而不是仅仅依赖于这种或这种癌症类型的零碎研究，”我们斯坦说。
穿越筒仓
作者指出，直到最近，癌症治疗和研究都被肿瘤类型所限制，这是有道理的，“但分子分析的结果现在对这种观点提出了188bet体育网址质疑。”不同器官的癌症有许多共同特征，而相反地，来自同一器官的癌症往往截然不同。
同一器官肿瘤中癌细胞的基因组多样性促进了对治疗和癌症进展的抵抗力。
为了解决这个问题，TCGA于2012年10月推出了泛癌分析项目。与各个TCGA项目组装了总共5,074种肿瘤样本的数据集5,074种不同类型基因组和表观组织研究平台的数据。188bet体育网址
主要癌症包括胶质母细胞瘤多形形，急性髓性白血病，头部和颈部和肺鳞状细胞癌;和乳腺，肺，肾，卵巢，膀胱结肠，直肠颈椎和子宫内膜腺癌 - 癌症中的癌症，其在上皮组织中形成线或覆盖器官。腺癌占所有实体肿瘤的80-加百分比。
论文发现了新的基因拷贝改变，肿瘤的30个亚类
这两篇由其他机构的科学家发表在《自然-遗传学》杂188bet体育网址志上的研究论文，研究了来自泛癌症数据集的4934个肿瘤的基因拷贝缺失或扩增模式，以及3299个肿瘤的基因组和表观遗传特征。
第一种纸张鉴定了具有复制拷贝数改变的140个基因组区域，其中102个没有已知的癌基因或肿瘤抑制基因靶标，其中50个具有显着突变的基因。
第二纸分层肿瘤通过它们的基因组和表观元素特征，发现两种主要的肿瘤，一个由突变驱动的肿瘤，另一个主要通过基因复制改变。他们还发现癌症促进基因签名鉴定了30个肿瘤亚类，与原产地组织无关。
虽然不同的癌症类型共享基因组改变，但已知蛋白质活性和聚类受组织类型的影响。通过分析12种癌症，研究人员预计各个组织效应会辍学188bet体育网址，暴露无关的活动。
更多来
在代表数百名科学家的癌症基因组图谱研究网络(the Cancer Genome Atlas Research Network)列为第一作者后，温斯坦成为该评论的第一位个人作者。188bet体育网址Gordon Mills, m.d.， Ph.D.，系统生物学主席，Kenna Shaw, Ph.D.， Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan Institute for Personalized Cancer Therapy (IPCT)执行主任，是MD Anderson的另一位合著者。
米尔斯已经参与了10个TCGA项目中的11个，用于解决个体肿瘤类型。他还领导或共同领导了许多孤立的研究项目，包括在子宫内膜，乳腺癌和卵巢癌的PI3K途径和MD Anders188bet体育网址on Moon疫苗中寻求三重阴性乳腺癌和高阴性乳腺癌的癌症梦队等级浆液卵巢癌。他是IPCT的联合主任。
肖于2013年来到MD安德森，此前他曾担任TCGA项目办公室主任。
第二种自然遗传学评论包括MD安德森共同作者元元，研究生，韩良，博士，助理教授，既是计算生物学和生物信息学。他们的论文描述了用于对12种肿瘤类型进行整合分析的软件平台。
温斯坦说，TCGA的研究人员还在撰写大约80篇关于泛癌症的论文。188bet体育网址而对个别癌症类型的研究仍在继续——温斯坦是即将出版的膀胱癌分析的资深作者。
评注列出了额外的泛癌分析可寻址的十几个问题。必要的随访将包括功能研究，以确定如何确定癌症的基因组异常如何。乔希斯图尔特，加利福尼亚大学的生物分子工程系，圣克鲁斯的生物分子工程系是评论的相应作者。
“韦恩斯坦说：”还有很多来的来源。“我们现在可以从这些结果中撰写一定数量的信息和知识。实际价值将随着时间的推移作为关于癌症的特定癌症类型的信息和专家，以产生重要假设 - 以及癌症患者及其家庭的益处的重要结论。“