数据和计算科学的合作宣布下一轮项目，以提高癌症的突破

MD Anderson新闻稿，2021年11月11日

奥登计算工程与科学研究所（奥登学院），德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心（MD Anderson）和德克萨斯州高级计算中心（TACC）宣布了第二轮项目将通过其2021 - 2022年的合作研究和教育计划在肿瘤学数据和计算科学方面提供资金。188bet体育网址

这三个机构之间的战略计划旨在将数学建模和高级计算方法与MD Anderson的肿瘤学专业知识保持一致，以生成可以改善未满足需求患者的结果的新方法。

由奥登学院主任卡伦·威尔科克斯（Karen Willcox）领导David Jaffray博士，MD Anderson的首席技术和数字官以及TACC执行董事Dan Stanzione博士，合作努力继续获得动力，并在第一轮项目和第二次年度务虚会的最初成功中取得了成功。这些机构共同利用其专业知识来加快针对患者的创新，数据驱动的解决方案的开发，并为可以进一步的癌症研究突破提供坚实的基础。188bet体育网址

该计划建立在奥登学院计算肿瘤学中心之间的持续合作，由汤姆·扬基洛夫（Tom Yankeelov），博士和医学博士安德森（MD Anderson）领导成像物理系， 由...领着约翰·哈兹（John Hazle）博士

Hazle说：“我们很高兴推出下一阶段的项目，并继续我们的多学科方法来开发针对复杂癌症问题的创新解决方案。”“借助我们的集体资源和专业知识，我们可以以有意义的方式将定量数据和最先进的疾病计算模型一起加速我们的患者。”

最新项目包括识别，表征和治疗前列腺癌，与血液相关的癌症，肝癌和皮肤癌的新方法，突出了日益增长的机会，将计算方法带入癌症研究和护理中。188bet体育网址

扬基洛夫说：“这是奥登学院，医学博士安德森和TACC之间在肿瘤学数据和计算科学上进行的强有力合作的开始，我们期待着我们在促进数字化努力以结束癌症方面的持续合作。”

除了50,000美元的项目奖励资金外，每个合作团队还可以在TACC访问12,500个核心计算时间。ODEN研究所计算肿瘤学和TACC的研究助188bet体育网址理Ernesto Lima，将协助所有小组在UT Austin提供的高性能计算平台上实施该项目的计算方面。

继续阅读以了解有关下一轮项目的更多信息。

特定于患者的计算模型以预测前列腺癌的生长

前列腺癌是美国癌症死亡的第五个主要原因，每七名男性中的一名。原因本质上是未知的。

这项研究将使用ODEN研究所开发的计算医学的确定性模型，并根据从MD Anderson获得的广泛临床数据进行了信息。Venkatesan说：“我们正在集成对计算建模框架中高级多参数磁共振成像或MRI（MPMRI）（MPMRI）的分析。”“ MPMRI的使用已成为对前列腺癌患者的诊断和监测不可或缺的一部分，无论是评估肿瘤状况还是指导临床决策。”

该研究将使医学研究更接近以患者为中心的护理。188bet体育网址“它将为癌性肿瘤生长提供预测个别患者，而不是统计准则。

建立一个单细胞空间多矩参考地图集，用于研究人类造血恶性肿瘤

  • 肯·陈（Ken Chen）博士，MD Anderson的生物信息学和计算生物学教授
  • 歌曲（Stephen）Yi，Ph.D.，Oden Institute生物医学工程和肿瘤学助理教授

每三分钟，美国一个人被诊断出患有血液癌。包括白血病，淋巴瘤和骨髓瘤在内的这种疾病的性质很复杂，因为每种疾病都倾向于携带其自身的独特变量集，这些变量在确定治疗时必须考虑。寻找更多可靠的方法来分析单细胞级别的恶性肿瘤将极大地帮助推进个性化的医疗保健。在这项合作中，研究小组的目标是在单细胞分辨率中绘制出造188bet体育网址血恶性肿瘤的分子状态（影响人体生产血细​​胞的过程的肿瘤的存在）。

“Advanced technologies have made it possible to achieve even higher resolution images of cellular differences, thereby providing a better understanding of the function of an individual cell in the context of its microenvironment, in this case the body’s system for manufacturing blood cells,” Yi said.

Chen和他的团队将研究一种新型的生物医学方法，即在分析过程中合并了一种新型的生物医学方法，其中不同的OMIC群体（基因组，蛋白质组，转录组，表观基因组，微生物组等）的数据集可以提供更多的分析，以提供更多研究造血恶性肿瘤分子状态的综合指南。

Chen说：“我们有一种新颖的计算方法，使我们能够将不同的单细胞模式共同集成在一起，以揭示新的细胞群体和相关的分子特征。”“这尤其令人兴奋，因为如果不使用拟议的方法论和验证策略，这些功能尚不可能是不可能的，要么是非常昂贵的。”

通过计算建模的热栓塞细胞损伤的表征

肝癌仍然是一种无法治愈的疾病，在大多数病例中都是致命的，其中有40,000多例新病例在2021年在美国被诊断出。

该试点项目将侧重于MD Anderson的数学建模，化学和介入放射学方面的跨学科专业知识，以研究指导治疗提供的机械框架。

“热栓塞为治疗原发性肝肿瘤提供了一种新型的概念血管内方法。我们采用的方法是独一无二的，因为它使靶肿瘤同时在单个过程中同时进行高温，缺血和化学变性。”

Rylander说：“我的团队将使用我们在UT Austin在这里开发的独特体外平台来确定热，pH和缺氧[组织中没有足够的氧气以维持身体功能的足够氧的贡献。”

开发高级机器（深）学习算法，以快速检测并准确估计边界黑素细胞病变中的蛋白质生物标志物值

这个独特的项目的目的是开发计算工具，以帮助病理学家为管理遇到边缘​​性黑素细胞病变的患者做出更准确的诊断，这些病变可能会发展为更严重的皮肤癌。

Aung说：“即使在专家皮肤病理学家中，黑色素瘤和良性Nevi之间的准确歧视有时也非常困难。”“但是，我们的目标是开发和训练先进的机器（深）学习算法，以等效地将染色的图像转换为嵌入这种区分的嵌入，从而可以快速检测和准确地估计梅拉氏素的百分比，以表达MART1和KI67在边界中占据边界。使用带有肿瘤特异性标记的多重组织化学研究，肿瘤细胞的黑素细胞病变以及肿瘤细胞中的PD-L1进行了潜在的治疗。”