陈一文
基础科学部生物信息学与计算生物学系
当前职务和从属关系
主要任命
休斯敦德克萨斯大学安德森癌症中心定量生物科学系生物信息学与计算生物学系助理教授
德克萨斯大学生物科学与计算生物学系,休斯敦医学博士,安德森癌症中心
188bet体育网址研究兴趣
通过利用综合性计算和多环境(基因组,表观胶质,转录组和蛋白质组学)方法,我的群体的长期目标是破译癌症中RNA介导的发病机制的机制,重点是基于RNA的基因调控
在肿瘤细胞(如癌症干细胞)和免疫细胞中。在翻译研究方面,我的小组的目标是鉴定可能起作用的rna188bet体育网址
作为靶向治疗和免疫治疗的预测性生物标志物
基于RNA的靶向和免疫疗法治疗难以治疗的癌症类型
如多形性胶质母细胞瘤(GBM)、非小细胞肺癌(NSCLC)和三阴性乳腺癌(TNBC)。
教育与培训
学位授予教育
2007年 | 北卡罗来纳大学教堂山分校,查珀尔希尔,NC,美国,博士,物理/生物物理学 |
2000年 | 复旦大学,上海,CHN,BS,物理 |
研究生培训
2009-2015. | 188bet体育网址研究团契,哈佛大学公共卫生,波士顿哈佛大学癌症研究所 |
2007-2009 | 188bet体育网址哈佛医学院研究奖学金,马萨诸塞州波士顿 |
体验与服务
其他约会/职责
德克萨斯州德克萨斯州德克萨斯州哈斯顿大学安德森癌症中心,德克萨斯州德克萨斯州德克萨斯大学康涅狄格州康涅狄格州康涅狄格州康涅狄格州康涅狄格州康涅狄格州康涅狄格州普通议员
荣誉与奖励
2013年 | NIH(NCI)K99 / R00通往独立奖,NIH(NCI) |
2006年 | 加州大学理论生物物理学中心(CTBP)旅游奖 |
2005年 | 国家先进计算基础设施合作组织(NPACI)授予圣地亚哥超级计算机中心(SDSC)10000小时的计算时间 |
选定的出版物
同行评议文章
- 张p,他,徐y,侯j,潘bf,王义,刘t,戴维斯厘米,ehli ea,tan l,周f,胡j,yu y,chen x,nguyen tm,rosen jm,hawke dh,ji z,陈Y.。基因组 - 翻译启动的范围鉴定与差异分析。NAT Commun 8(1):1749,2017。E-PUB 2017. PMID:29170441。
- 费特*,陈啊*(合著第一作者),肖T,李W,Cato L,张P,Cotter MB,Bowden M,Lis RT,Zhao SG,Wu Q,Feng FY,Loda M,He HH,Liu XS,Brown M。基因组-宽CRISPR筛网将HNRNPL识别为前列腺癌依赖性调节RNA剪接。Proc Natl Acad SCI U S A 114(26):E5207-E5215,2017。E-Pub 2017. PMID:28611215。
- 新谷T、何阿尔、袁L、周X、戴C、郑S、王Q、钟Y、常Q、霍纳JW、列贝尔BD、姚Y、胡B、,陈Y.,Fuller GN,Verhaak RG,Heimberger AB,胡J. Qki缺乏通过下调内溶酶体降解来维持胶质瘤干细胞在次优环境中的稳定性。《国家遗传学》49(1),2017年。2016年电子出版物。PMID:27841882。
- 王勇,侯杰,何德,孙梅,张平,于勇,陈Y.。癌症中Cernas的新兴功能及机制。趋势Genet 32(4):211-24,2016。E-PUB 2016. PMID:26922301。
- 杜Z,Sun T,HaCisuleyman E,Fei T,Wang X,Brown M,Rinn JL,Lee Mg,陈y#(与相同作者),kantoff pw#,liu xs#. 综合分析揭示了前列腺癌中一个长的非编码RNA介导的海绵状调节网络。《国家公社》7:109822016。电子出版物2016。PMID:26975529。
- 谢长荣,费特,陈Y.,李T,高Y,王X,孙T,斯威尼CJ,李GS,陈S,巴尔克SP,刘XS,布朗M,康托夫PW. 增强子rna参与雄激素受体驱动的环,选择性地增强基因激活。《美国国家科学院学报》111(20):7319-242014。电子出版物2014。PMID:24778216。
- Chen X,Iliopoulos D,Zhang Q,Tang Q,GreenBlatt MB,HatziaPostolou M,Lim E,TAM WL,Ni M,陈Y.,Mai J,Shen H,Hu DZ,Adoro S,Hu B,Song M,Tan C,Landis MD,Ferrari M,Shin SJ,Brown M,Chang JC,Liu XS,Glimcher LH. XBP1通过控制HIF1α通路促进三阴性乳腺癌。《自然》508(7494):103-72014。电子出版物2014。PMID:24670641。
- Lu T,Aron L,Zullo J,Pan Y,Kim H,陈Y.,阳th,金hm,drake d,liu xs,bennett da,colaiácovomp,yankner ba. 老年人和老年痴呆症患者的休息和抗应激能力。《自然》507(7493):448-542014。电子出版物2014。PMID:24670762。
- Du Z、Fei T、Verhaak RG、Su Z、Zhang Y、Brown M、,陈y#(合著通讯作者)刘旭#. 整合基因组分析揭示了人类癌症中与临床相关的长非编码RNA。《自然结构分子生物学》20(7):908-132013。电子出版物2013。PMID:23728290。
- 尼姆,陈Y.,费T,李D,李梅,刘XS,布朗M. c-MYC对雄激素信号的振幅调制。Genes Dev 27(7):734-482013。e-Pub 2013。PMID:23530127。
- 兰特SG、马里诺夫GK、昆达杰A、赫拉多普P、保利F、巴佐格罗S、伯恩斯坦BE、比克尔P、布朗JB、凯亭P,陈Y.,Desalvo G,Epstein C,Fisher-Aylor Ki,Euskirchen G,Gerstein M,Gertz J,Hartemink AJ,Hoffman MM,Iyer VR,Jung Yl,Karmakar S,Kellis M,Kharchenko PV,Li Q,Liu T,Liu Xs,MA L,Milosavljevic A,Myers RM,Park PJ,PJ,PJ,PJ,PJ,Raha D,Reddy Te,Rozowsky J,Shoresh N,Sidow A,Slattery M,Stamatoyannopoulos JA,Tolstorukov My,White Kp,Xi S,Farnhampj,lieb jd,wold bj,snyder m. 编码和modENCODE联合会的指南和实践。基因组研究22(9):1813-312012。PMID:22955991。
- 陈Y.,Negre n,li q,mieczkowska jo,slattery m,liu t,zhang y,金tk,he hh,zieba j,阮y,bickel pj,myers rm,wold bj,白kp,lieb jd,liu xs. 影响芯片序列保真度因素的系统评价。Nat方法9(6):609-142012。e-Pub 2012。PMID:22522655。
- 唐问,陈Y.,Meyer C,Geistlinger T,Lupien M,Wang Q,Liu T,张Y,Brown M,Liu XS。核受体癌动脉综合视图。Cancer Res 71(22):2011年6940-7。E-PUB 2011. PMID:21940749。
- 镍M*,陈啊*(联合第一作者),Lim E,Wimberly H,Bailey ST,Imai Y,Rimm DL,Liu XS,Brown M。靶向雌激素受体阴性乳腺癌中的雄激素受体。癌细胞20(1):119-31,1111。PMID:21741601。
- 陈Y.,Meyer CA,Liu T,Li W,Liu JS,Liu XS. MM芯片实现了跨平台和实验室芯片或芯片序列数据之间的集成分析。基因组生物学12(2):R112011。电子出版物2011。PMID:21284836。
- Liu T、Ortiz JA、Taing L、Meyer CA、Lee B、Zhang Y、Shin H、Wong SS、Ma J、Lei Y、Pape UJ、Poidinger M、,陈Y.,杨K,布朗M,吐尔巴斯Y,刘XS。车辆:转录调节研究的一体化平台。基因组BIOL 12(8):R83,2011。E-PUB 2011. PMID:21859476。
- Petrotchenko ev,Xiao K,Cable J,陈Y.地址:Dokholyan NV,Borchers CH. BiPS,一种用于结构蛋白质组学的光降解、同位素编码、荧光交联剂。分子细胞蛋白质组学8(2):273-862009。e-Pub 2008。PMID:18838738。
- 陈Y.,内华达州多霍利安。自然选择对酵母,飞行和蠕虫在酵母中的自相互作用和必需蛋白质的蛋白质聚集。Mol Biol Evol 25(8):1530-3,2008. E-PUB 2008. PMID:18503047。
- 陈Y.,坎贝尔SL,Dokholyan NV. 利用显式结构采样和选择从核磁共振数据中破译蛋白质动力学。Biophys J 93(7):2300-62007。电子出版物2007。PMID:17557784。
- 塞罗希约斯,陈Y.,丁F,Elston TC,Dokholyan NV. 结构模型揭示了动力蛋白的能量传递。《美国科学院学报》103(49):18540-52006。电子出版物2006。PMID:17121997。
- 陈Y.,内华达州多霍利安. 酵母蛋白质的协同进化受到功能模块化的制约。《基因趋势》22(8):416-92006。电子出版物2006。PMID:16797778。
- 迪克森路*,陈啊*(合著者),丁F,哈雷SD,普鲁兹曼KC,沙勒MD,坎贝尔SL,多霍利安内华达州。基于脂肪域折叠中间体检测的FAK信号传导与定位的新见解。结构12(12):2161-71,2004。PMID:15576030。
赠款和合同支持
职务: | 大分子非编码RNA功能网络的综合分析方法 |
资金来源: | NIH / NCI. |
角色: | 主要研究者 |