遇见约翰保罗申,M.D.
约翰保罗Y.C.沉,M.D.
胃肠治疗肿瘤医学肿瘤肿瘤科医学划分
关于John Paul Y.C博士。沉
我是一个医生 - 科学家,在内科,血液学和肿瘤学的化学生物学和临床训练中有科学背景。我目前是德克萨斯州长安德森癌症中心大学胃肠治疗肿瘤科助理教授,临床实践集中在结肠和附录癌症上。我的长期研究目标是更好地了188bet体育网址解癌症基因组,并利用这种理解更好地提供化疗。我的直接研究目标包括发现新188bet体育网址的合成致命遗传关系,作为重新批准FDA批准的药物的手段,也识别新的化学治疗药物靶标。我也积极参与几个项目来鉴定基因组生物标志物,以预测特定患者对给定疗法的反应。本研究在我188bet体育网址的化学生物学和高通量筛选,功能基因组学和遗传互动网络的创建以及临床肿瘤学中建立了现有培训。我在化学的培训开始作为麻省理工学院的本科生,并继续在广泛的研究所作为一个HHMI研究员。在DRS的方向下。James Bradner和Stuart Schreiber,我了解了小分子探头如何用于研究生物系统。在广泛的情况下,我还学习了如何设计,优化和最终分析来自高通量和高含量的化学遗传筛网的数据。 This work led to publications in Chemistry & Biology and PNAS. After completing medical school at Washington University I matched into a combined Internal Medicine residency and Hematology-Oncology fellowship program at UCSD as part of the Physician-Scientist pathway. During the research portion of my fellowship I joined the laboratory of Dr. Trey Ideker, an internationally recognized leader in the field of network and systems biology. The Ideker lab specializes in utilizing knowledge of network relationships to draw biological conclusions from large datasets as well as performing high-throughput genetic interaction experiments in both human and model organism systems.
目前标题和隶属关系
主要约会
助理教授,胃肠道肿瘤医学肿瘤科医学肿瘤科,德克萨斯州德克萨斯州和康森癌症中心大学癌症医学分部
188bet体育网址研究兴趣
(1)开发和使用系统生物学技术,以创建癌细胞的综合分子'地图';
(2)用CRISPR-CAS9映射遗传相互作用网络的高通量功能基因组筛选,并鉴定癌症模型系统中的新型合成致死相互作用;
(3)癌症生物学进展的翻译,带来临床肿瘤学的改善结果,特别是肿瘤分子数据引导精密肿瘤学;
(4)使用系统和网络技术分析现有的肿瘤分子数据;
(5)开发用于靶向化学治疗剂的小分子。
临床兴趣
结直肠癌
附录癌症
教育与培训
授予教育
2008年 | 华盛顿大学医学院,圣路易斯,莫,美国,MD,医学 |
2002年 | 马萨诸塞州理工学院,剑桥,马,美国,BS,化学 |
研究生培训
2013-2018 | 188bet体育网址研究团契,癌症基因组学,UC圣地亚哥,圣地亚哥,德克萨斯 |
2010-2013. | 临床团契,血液学肿瘤学,uc圣地亚哥,圣地亚哥,加利福尼亚州 |
2009-2010 | 临床居留,内科,UC圣地亚哥,圣地亚哥,加州 |
2008-2009 | 临床实习,内科,UC圣地亚哥,圣地亚哥,加州 |
董事会认证
2014年 | 医学肿瘤学 |
2014年 | 血液学 |
2011年 | 内科 |
荣誉与奖励
2016年 | 下一代明星,美国癌症研究协会188bet体育网址 |
2013年 | 年轻的调查员奖,美国临床肿瘤学会 |
专业会员资格
癌细胞图倡议,圣地亚哥
会员,2016年 - 至今
美国癌症研究协会188bet体育网址
会员,2013年 - 至今
美国血液学学会
会员,2010年 - 至今
美国临床肿瘤学会
会员,2010年 - 至今
选定的出版物
同行评审文章
- 王S,Ma J,张W,申吉,黄杰,彭俊,Ideker T。使用由躯体演化选择的途径键入肿瘤。NAT Commun 9(1):4159,2018。E-PUB 2018. PMID:30297789。
- Bui N,Huang Jk,Bojorquez-Gomez A,Licon K,Sanchez Ks,Tang Sn,Beckett An,Wang T,张W,申吉,Kreisberg JF,IDEKER T。头部和颈部癌症中NSD1的破坏促进了与低甲基化相关的有利化学治疗反应。Mol癌症17(7):1585-1594,2018。E-PUB 2018. PMID:29636367。
- 张W,Bojorquez-Gomez A,Velez Do,Xu G,Sanchez Ks,申吉,陈,吉隆尔k,梅尔顿c,奥尔森公里,俞mk,黄杰,卡斯特h,farley ek,snyder m,fraley si,kreisberg jf,ideker t。将非致损伤的全局转录网络连接到肿瘤基因表达的变化。NAT Genet 50(4):613-620,2018。E-Pub 2018. PMID:29610481。
- 申吉,赵d,sasik r,luebeck j,伯明翰A,Bojorquez-Gomez A,Licon K,Klepper K,Pekin D,Beckett An,Sanchez Ks,Thomas A,Kuo CC,Du D,Roguev A,Lewis Ne,Chang An,Kreisberg JF,Krogan N,Qi L,Ideker T,Mali P.。组合CRISPR-CAS9筛选遗传相互作用的探测。NAT方法14(6):2017年573-576,2017。E-PUB 2017. PMID:28319113。
- du d,Roguev A,Gordon de,Chen M,Chen Sh,Shales M,申吉,Ideker t,mali p,qi ls,krogan nj。碱性细胞使用CRISPR干扰的遗传相互作用映射。NAT方法14(6):577-580,201777。E-PUB 2017. PMID:28481362。
- srivas r,申吉,杨cc,sun sm,李j,ross,jensen j,jensen j,Licon k,Bojorquez-Gomez A,Klepper K,Huang J,Pekin D,Xu Jl,Yeerna H,Sivaganesh V,Kollenstart L,Van Attikum H,Aza-blanc p,sobol rw,ideker t。探索精密癌症疗法的保守合成致死相互作用网络。Mol Cell 63(3):514-25,2016。E-Pub 2016. PMID:27453043。
- 约翰逊TC,Chin Mr,Han T,申吉,rana t,siegel d。伊普林蛋白酶e的合成,人造造血干和祖细胞膨胀的启动子。J AM Chem SoC 138(18):6068-73,201016。E-PUB 2016. PMID:27096704。
- 申吉,Srivas R,Gross A,Li J,Jaehnig EJ,Sun Sm,Bojorquez-Gomez A,Licon K,Sivaganesh V,Xu JL,Klepper K,Yeerna H,Pekin D,Qiu Cp,Van Attikum H,Sobol RW,IDEKERT.。化学性分析将Rad17鉴定为具有检查点激酶抑制的合成致死。Oncotarget 6(34):35755-69,2015。PMID:26437225。
- Choueiri MB,申吉,am,huang JK,Ideker T,Fanta P.。ERCC1和TS表达作为转移性结肠癌中的预后和预测生物标志物。PLO一个10(6):E0126898,2010。E-PUB 2015. PMID:26083491。
- Agrawal N,Akbani R,Aksoy Ba,Ally A,Arachchi H,ASA SL,Auman JT,Balasundaram M,Balu S,Baylin SB,Behera M,Benard B,Beroukhim R,Bishop Ja,Black Ad,Bodenheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Boiceheimer T,Bootwalla MS,Bowen J,Bowlby R,Bristow Ca,布鲁恩斯R,Brooks D,Bryant R,Buda E,Butterfield Ys,Carling T,Carsen R,Carter SL,Carty SE,Chan Ta,Chen Ay,Cherniack Ad,Cheniack Ad,Chen AdD,Chin L,Cho J,Chu A,Chuah E,Cibulskis K,Ciriello G,Clarke A,Clayman GL,Cope L,Copland Ja,Covington K,Danilova L,Davidsen T,Demchok Ja,Dicara D,Dhalla N,Dhir R,Dokran SS,Dresdner G,Eldridge J,Elyg G,El-Naggar Ak,Eng S,Fagin Ja,Fennell T,Ferris RL,Fisher S,Frazer S,Frick J,Gabriel SB,Ganly I,Gao J,Garraway La,Gastier-Foster JM,Getz G,Gehlenborg N,Ghossein R,Gibbs Ra,Giordano TJ,Gomez-Hernandez K,Grimsby J,Gross B,Guin R,Hadjipanayis A,Harper Ha,Hayes Dn,Hayes DN,Herees DN,Hereis DN,Herean DiJG,Hoadley Ka,Hofree M,Holt Ra,Hoyle AP,Huang FW,Huang M,Hutter Cm,Ideker T,Iype L,Jacobsen A,JesferysSR,Jones CD,Jones SJ,Kasaian K,Keebew E,Khuri Fr,Kim J,Kramer R,Kreisberg R,Kucherlapati R,Kwiatkowski Dj,Ladanyi M,Lai Ph,Laird PW,Lander E,Lawrence Ms,Lee D,Lee E,Lee S,Lee W,Leraas Km,Leraasberg TM,LiChtenstein L,Lin P,Ling S,Liu J,Liu W,Liu Y,Livolsi VA,Lu Y,Ma Y,Mahadeshwar Hs,Marra Ma,Mayo M.,Menfadden Dg,Meng S,Meyerson M,Mieczkowski Pa,Miller M,Mills G,Moore Ra,Mose Le,Mungall Aj,Murray Ba,Nikiforov Ye,Noble Ms,Ojesina Ai,Owonikoko Tk,Ozenberger Ba,Pantazi A,Pantazi A,ParfenovM,Park PJ,Parker JS,Peull EO,Pedamallu CS,Perou厘米,Prins JF,Protopov A,Ramalingam SS,Ramirez NC,Ramirez R,Raphael Bj,Rathmell WK,Ren X,Reynolds Sm,Rheinbay E,Ringel MD, Rivera M, Roach J, Robertson AG, Rosenberg MW, Rosenthal M, Sadeghi S, Saksena G, Sander C, Santoso N, Schein JE, Schultz N, Schumacher SE, Seethala RR, Seidman J, Senbabaoglu Y, Seth S, Sharpe S, Shaw KR,申吉,沉r,sherman s,sheth m,shi y,shmulevich我,sica gl,西蒙斯。乳头状甲状腺癌的综合基因组特征。电池159(3):676-90,2014。PMID:25417114。
- 嘉科州罗斯·罗克,申吉,egloff am,carter h,hofree m,choueiri m,coffey cs,lippman sm,海斯dn,cohen ee,grandis jr,nguyen qt,ideker t。头部和颈部癌的多层基因组分析Tie TP53突变到3P损失。NAT Genet 46(9):939-43,2014。E-Pub 2014. PMID:25086664。
- hofree m,申吉,Carter H,Gross A,Ideker T。基于网络的肿瘤突变分层。NAT方法10(11):1108-15,2013。E-PUB 2013. PMID:24037242。
- Ghashghaei r,popa r,申吉。埃文斯综合征。AM J Med 126(11):E7-8,2013。PMID:24157305。
- Bradner Je,Mak R,Tanguturi Sk,Mazitschek R,Haggarty SJ,Ross K,Chang Cy,Bosco J,West N,Morse E,Lin K,申吉,kwiatkowski np,gheldof n,dekker j,deangelo dj,carr sa,schreiber sl,golub tr,ebert bl。化学遗传策略将组蛋白脱乙酰酶1(HDAC1)和HDAC2鉴定为镰状细胞疾病中的治疗靶标。Proc Natl Acad Sci U S A 107(28):12617-22,2010。E-PUB 2010. PMID:20616024。
- Bradner Je,McHerson Om,Mazitschek R,Barnes-Seeman D,申吉,Dhaliwal J,Stevenson Ke,Duffner JL,Park SB,Neuberg DS,Nghiem P,SchreiBer SL,Koehler An。一种用于筛选细胞裂解物的鲁棒的小分子微阵列平台。Chem Biol 13(5):493-504,2006。PMID:16720270。
邀请的文章
- 申吉,IDEKER T.。纠正拷贝号码的CRISPR。NAT Genet 49(12):2017年1674-1675.PMID:29186130。
摘要
- 申吉,东新赵,布伦敦蒙望汉,阿曼达伯明翰,罗马萨西克,安娜博霍尔斯兹 - 戈麦斯,凯瑟琳·莱顿,克里斯汀·克莱普特,亚历克斯·贝克特,凯尔萨利纳斯·桑切斯,普什兰·马里,特雷IDEKER。高通量组合CRISPR-CAS9基因敲除揭示了大多数遗传相互作用是上下文依赖性。癌症研究78,188bet体育网址2018。
补助金支持
标题: | 招募第一次任职 - 赛道教师会员 |
资金来源: | 德克萨斯州癌症预防研究所(Cprit)188bet体育网址 |
角色: | 主要调查员 |
标题: | 高通量功能基因组学指导胃肠道肿瘤精密肿瘤学 |
资金来源: | NIH / NCI. |
角色: | 主要调查员 |