来认识一下尼古拉斯·纳文博士。
尼古拉斯·纳文博士。
遗传学系,基础科学系
关于纳文博士
Navin博士是MD Anderson癌症中心的副教授,并被任命为生物信息系的联合教授。他是德克萨斯大学安德森癌症中心UTHealth生物医学研究生院的一名教师。他也是CPRIT单细胞基因组中心(Single Core)的主任,也是MD Anderson的Advanced Technology Genomics Core (ATGC)的联合主任。
在Michael Wigler博士的指导下,他在冷泉港实验室进行了研究生和博士后的培训。在此期间,他发明了第一个用于哺乳动物细胞基因组测序的单细胞DNA测序方法(single - nucleus - sequencing) (Navin et al. 2011, Nature.)。这项工作在建立单细胞基因组学领域中发挥了关键作用。Navin实验室继续在单一细胞癌基因组学的前沿领域,他们发现了一个间断的拷贝数模型进化三阴性乳腺癌(高et al . 2016年,自然遗传学)和阐明角色mutator phentoypes subclonal突变进化在乳腺癌(王et al . 2014,自然)。
除了创新的计算和统计方法来分析产生的大规模数据集,Navin博士的团队继续在开发新的单细胞DNA和RNA测序技术方面发挥先锋作用。这些方法被用于研究肿瘤在侵袭、转移和治疗耐药的背景下的进化。他的实验室与MD Anderson的顶尖肿瘤学家和病理学家密切合作,将这些技术应用于临床,为降低人类患者的发病率带来重大影响。
由于他的工作,纳文博士获得了许多著名的奖项,包括戴蒙- runyon创新者奖、美国科学促进会Wachtel奖、ACS研究学者奖、威尔逊斯通奖、兰德尔创新者奖和MD安德森卓越研究总裁奖。188bet体育网址
访问Navin博士实验室的网站。的完整列表纳文博士的出版物。纳文博士,谷歌学术搜索
目前职称及所属单位
主要的约会
德克萨斯大学安德森癌症中心基础科学研究部遗传学系副教授188bet体育网址
德克萨斯大学安德森癌症中心基础科学研究部遗传学系CPRIT单细胞基因组中心主任188bet体育网址
德克萨斯大学安德森癌症中心基础科学研究部,遗传学系,先进技术基因组核心,副主任188bet体育网址
双/共同/兼职的约会
德克萨斯大学安德森癌症中心生物信息学与计算生物学副教授
副教授,德克萨斯大学安德森癌症中心UTHealth生物医学科学研究生院,休斯顿,德克萨斯州
188bet体育网址研究兴趣
单细胞基因组学;癌症进化;液体活检基因组学;计算生物学
我们的研究小组是单细胞基因组测序技术的先驱,我们利用单细胞基因组测序技术来了解人类癌症的复杂生物学过程,包括肿瘤起始、侵袭、转移和治疗耐药。我们把癌症作为一个进化过程来研究,在这个过程中,克隆在面对选择压力时进行选择和扩张。我们认为肿瘤是一个复杂的生态系统,它是由肿瘤细胞和基质细胞类型之间复杂的相互作用来维持的。我们的任务是获得癌症进化的新知识,可以用来提高生活质量和降低癌症患者的发病率。在MD Anderson,我们拥有独一无二的优势,能够将我们的基因组技术应用于临床,为癌症患者的早期检测、诊断和治疗策略带来重大影响。
教育和培训
授予学位教育
2010 | 冷泉港实验室和石溪大学,冷泉港,美国纽约州,博士,分子遗传学 |
2003 | 斯基德莫尔学院,萨拉托加斯普林斯,美国纽约,理学学士,细胞生物学 |
研究生培训
2010 - 2011 | 癌症遗传学博士后研究员,冷泉港实验室,冷泉港,纽约 |
体验和服务
学术任命
2011 - 2016年,德克萨斯大学休斯顿分校安德森癌症中心定量科学系生物信息学与计算生物学助理教授
2011 - 2016年,德克萨斯大学休斯顿分校安德森癌症中心基础科学研究部遗传学系助理教授188bet体育网址
助理教授,德克萨斯大学安德森癌症中心UTHealth生物医学科学研究生院,休斯顿,德克萨斯州,2011 - 2016年
荣誉和奖励
2019 | 德克萨斯大学安德森癌症中心杰出研究校长奖188bet体育网址 |
2019 | 布拉瓦特尼克生命科学奖,全国决赛 |
2018 | 教师教育家奖,德克萨斯大学安德森癌症中心 |
2018 | 德克萨斯大学安德森癌症中心,达拉斯/沃斯堡生活传奇基础研究教师成就奖188bet体育网址 |
2017 | 杰克和贝弗利兰德尔癌症治疗杰出奖,兰德尔家族基金会 |
2017 | 前列腺癌基金会挑战奖 |
2017 | 40名40岁以下学生,斯托尼布鲁克大学 |
2016 | 德克萨斯大学安德森癌症中心主席学者奖 |
2016 | 萨宾奖学金,安德鲁萨宾家庭基金会 |
2016 | 美国癌症188bet体育网址学会(ACS)研究学者 |
2016 | 德克萨斯大学安德森癌症中心,校长对卓越教员的认可 |
2016 | 德克萨斯大学安德森癌症中心教授学者奖 |
2015 | 美国科学促进会马丁和罗斯瓦赫特奖 |
2014 | 教师教育家奖,德克萨斯大学安德森癌症中心 |
2013 | 徐t.c.奖,青年研究者奖 |
2013 | 威尔逊斯通纪念奖 |
2013 | 威尔逊斯通基金会颁发的斯通奖 |
2013 | 达蒙-鲁尼恩创新者奖,达蒙-鲁尼恩·拉赫列夫基金会 |
2010 | 青年研究者奖,基因组技术杂志 |
2009 | T32 NCI研究员,国家癌症研究所 |
2009 | 亚伯拉罕奖,石溪大学 |
2008 | 金和米勒奖学金,石溪大学 |
2006 | 科学海报奖,分子遗传学研讨会,石溪,纽约 |
2005 | 林德斯-戈德堡奖学金,冷泉港实验室 |
选定的出版物
同行评议的文章
- 戴维斯,高R, Navin N。范围:用于单细胞测序实验的样本量计算。BMC生物信息学20(1):566,2019。PMID: 31718533。
- Zafar H, Navin N, Chen K, Nakhleh L。SiCloneFit:利用单细胞基因组测序数据对肿瘤克隆的群体结构、基因型和系统发育进行贝叶斯推断。基因组Res(11): 1847 - 1859年,2019年。PMID: 31628257。
- 王峰,梁S,库马尔T,纳文N,陈凯。SCMarker:单细胞转录组分析的从头选择标记。PLoS Comput Biol 15(10):e1007445, 2019。PMID: 31658262。
- 玉米PG, Heath EI, Zurita A, Ramesh N, Xiao L, Sei E, li - in - tapia E, Tu SM, Subudhi SK, Wang J, Wang X, Efstathiou E, Thompson TC, Troncoso P, Navin N, Logothetis CJ, Aparicio AM。卡巴齐他赛联合卡铂治疗转移性抗阉割性前列腺癌:一项随机、开放标签的1-2期试验。Lancet Oncol 20(10):1432-1443, 2019。PMID: 31515154。
- 张,熊S,刘B,潘特V,西利F,周G, Elizondo-Fraire AC,杨P,你MJ, El-Naggar AK, Navin NE, Lozano G。体细胞Trp53突变差异驱动乳腺癌和转移的演变。Nat Commun 9(1):3953, 2018。e-Pub 2018。PMID: 30262850。
- Kim C & Gao R, Sei E, Brandt R, Hartman J, Hatshek T, Crosetto N, Foukakis T和Navin N。。三阴性乳腺癌的化疗抵抗研究细胞173(4):879 - 893年,2018年。PMID: 29681456。
- A,我,高R, Sei E, Long A, Pangburn W, T, Meric-Bernstam F, Edgerton ME, Navin NE。乳腺肿瘤的多克隆侵袭由地形单细胞测序鉴定。细胞172(2):205 - 217年,2018年。PMID: 29307488。
- 梁明,戴维斯,高,卡桑特,王,Sei E, Vilar E, Maru D, Kopetz, Navin, N。单细胞DNA测序揭示了转移性结直肠癌的晚期扩散模式。基因组Res 27(8):1287-1299, 2017。PMID: 28546418。
- 高,Davis A, McDonald TO, Sei E, Shi X, Wang Y, Tsai PC, Casasent A, Waters J, Zhang H, m - bernstam F, Michor F, Navin NE。间断拷贝数的进化与三阴性乳腺癌的克隆停滞。Nat Genet 48(10):1119-30, 2016。e-Pub 2016。PMID: 27526321。
- Mann KM, Newberg JY, Black MA, Jones DJ, Amaya-Manzanares F, Guzman-Rojas L, Kodama T, Ward JM, Rust AG, van der Weyden L, Yew CC, Waters JL, Leung ML, Rogers K, Rogers SM, McNoe LA, Selvanesan L, Navin N, Jenkins NA, Copeland NG, Mann MB。用SBCapSeq分析单髓系白血病细胞的肿瘤异质性和驱动基因。《自然生物技术》34(9):962-72,2016。PMID: 27479497。
- Zafar H, Wang Y, Nakhlem L, Navin N, Chen K。单核细胞:单核苷变异检测。自然方法,2016年。PMID: 27088313。
- 梁明,王英,金,高,江,世娥,纳文奈。高度多路复用的单核靶向DNA测序。Nat Protoc 11(2):214- 35,2016。e-Pub 2016。PMID: 26741407。
- 梁明,王勇,沃特杰,王永平。SNES:单核外显子组测序。Genome Biol 25(16): 55,2015。PMID: 25853327。
- Molhatra A, Wang Y, Waters J, Hall I, Navin N。Ploidy-Seq:通过对多倍体肿瘤亚群进行测序来推断突变年表。Genomic Med 7(1):6, 2015。PMID: 25729435。
- 王,沃斯杰,翁鲁阿,卢威,史,陈,谢普,瓦塔泰尔斯,梁H,穆尔塔尼A,张H,赵R,米何F,麦里斯-伯恩斯坦F,纳文奈。。单核基因组测序揭示乳腺癌的克隆进化。自然512(7513):155 - 2014。PMID: 25079324。
- Baslan T, Kendall J, Troge J, Stepansky A, Wigler M, Navin N, Hicks J。单细胞全基因组拷贝数分析。《自然议定书》7(6):1024- 41,2012。PMID: 22555242。
- Navin N, Kendall J, Troge J, Rodgers L, Cook K, Stepansky A, Levy D, Lee Y, Esposito D, Muthuswamy L, Hicks J, Wigler M。通过单细胞测序推断肿瘤的进化。自然7(472):90 - 2011。PMID: 21399628。
- 马里希PD, Graf RP, Rodriguez A, Ramesh N, Lee J, Sutton R, Jiles R, Ruiz Velasco C, Sei E, Kolatkar A, Logothetis C, Navin NE, Corn P, Aparicio AM, Dittamore R, Hicks J, Kuhn P, Zurita AJ。单细胞循环肿瘤细胞分析显示,基因组不稳定是侵袭性前列腺癌的一个显著特征。Clin Cancer Res. e-Pub 2020。PMID: 32341031。
邀请的文章
- 王,Navin N。单细胞测序技术的进展和应用。分子细胞58(4):598-609,2015。PMID: 26000845。
拨款及合约支持
标题: | 集成单细胞基因组核心设施 |
资金来源: | 德州癌症预防研究所188bet体育网址 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 利用单细胞测序研究TNBC乳腺癌患者化疗耐药性的变化 |
资金来源: | 莱夫科夫斯基基础 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 转移性乳腺癌和前列腺癌的基因组和多维空间图谱(OMS图谱) |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 共同 |
标题: | 使用新的测序技术描述癌症基因组不稳定性和翻译影响 |
资金来源: | 德州癌症预防研究所188bet体育网址 |
角色: | 共同 |
标题: | TNBC的突变演化和瘤内异质性研究 |
资金来源: | 美国癌症协会(ACS) |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 防止导管癌原位浸润过度治疗现在-精准 |
资金来源: | 英国癌症研究中188bet体育网址心 |
角色: | 共同 |
标题: | LC170171小细胞肺癌的肿瘤异质性和治疗耐药 |
资金来源: | 国防部(DOD) |
角色: | 共同 |
标题: | 乳腺癌登月 |
资金来源: | UTMDACC登月计划 |
角色: | 共同 |
标题: | 前列腺癌登月 |
资金来源: | UTMDACC登月计划 |
角色: | 共同 |
标题: | AML / MDS登月计划 |
资金来源: | UTMDACC登月计划 |
角色: | 共同 |
标题: | 通过EGLN抑制小肠放射保护改善不能切除的胰腺癌的临床结果 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 共同 |
标题: | 描述利用单细胞基因组学在乳腺癌中对her2靶向治疗的耐药性的进化 |
资金来源: | 姐妹机构网络基金,UTMDACC |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 转移性乳腺癌患者治疗耐药的空间组学分析 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 共同 |
标题: | 人类乳腺细胞图谱种子网络 |
资金来源: | 陈扎克伯格倡议 |
角色: | 协调π |
标题: | 用单细胞基因组学描述乳腺癌多器官转移的进化过程 |
资金来源: | 埃默森集体基金,UTMDACC |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 用单细胞基因组学描述乳腺癌化疗耐药性的进化和生态学 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 空间单细胞基因组学研究恶性前乳腺癌的肿瘤起始和侵袭 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |