来认识一下尼古拉斯·纳文博士。
尼古拉斯·纳文博士。
遗传学系,基础科学部
关于纳文博士
他是MD安德森癌症中心(MD Anderson Cancer Center)的教授,在生物信息学部门担任联合职务。他是The University of Texas MD Anderson Cancer Center UTHealth Graduate School of Biomedical Sciences的教员。他还是CPRIT单细胞基因组中心(Single Core)的主任,MD Anderson的先进技术基因组中心(ATGC)的联合主任。
他在Michael Wigler博士的指导下在冷泉港实验室进行了研究生和博士后培训。在此期间,他发明了第一种用于哺乳动物细胞基因组测序的单细胞DNA测序方法(single - nucleus - sequencing) (Navin et al. 2011, Nature.)。这项工作在建立单细胞基因组学领域中发挥了关键作用。Navin实验室继续处于单细胞癌症基因组学领域的前沿,他们在三阴性乳腺癌中发现了复制数进化的标点模型(Gao et al. 2016,并阐明了突变体表型和亚克隆突变在乳腺癌进化中的作用(Wang et al. 2014, Nature)。
Navin博士的团队继续致力于开发单细胞DNA和RNA测序的新技术,以及用于分析产生的大规模数据集的创新计算和统计方法。这些方法正被应用于肿瘤侵袭、转移和治疗耐药性的研究。他的实验室与MD安德森的领先肿瘤学家和病理学家密切合作,将这些技术转化为临床,在那里他们准备对降低人类患者的发病率产生重大影响。
Navin博士获得了许多著名的奖项,以表彰他的工作,包括Damon-Runyon创新者奖、AAAS Wachtel奖、ACS研究学者奖、Wilson Stone奖、Randall创新者奖和MD Anderson总裁卓越研究奖。188bet体育网址
访问纳文博士实验室的网站.查看的完整列表纳文博士的出版物.纳文博士,谷歌学者
目前职务及所属单位
主要的约会
德克萨斯大学安德森癌症中心遗传学基础科学研究部教授188bet体育网址
格雷迪·F·桑德斯博士。德克萨斯大学分子遗传学系教授,休斯敦医学博士,安德森癌症中心
休斯敦德克萨斯大学MD安德森癌症中心基础科学研究部遗传学研究室CPRIT单细胞基因组学中心主任188bet体育网址
休斯敦德克萨斯大学MD安德森癌症中心基础科学研究部遗传学系高级技术基因组学研究中心副主任188bet体育网址
双/共同/兼职的约会
德克萨斯大学安德森癌症中心生物医学科学研究生院教授
188bet体育网址研究兴趣
单细胞基因组学;癌症演变;液体活检基因组学;计算生物学
我们的团队率先开发了单细胞基因组测序技术,我们应用该技术来理解人类癌症的复杂生物学过程,包括肿瘤的起始、侵袭、转移和治疗耐药性。我们把癌症作为一个进化过程来研究,在这个过程中,克隆体在选择压力下进行选择和扩展。我们认为肿瘤是一个复杂的生态系统,它是由肿瘤细胞和基质细胞类型之间复杂的相互作用维持的。我们的使命是获得癌症进化的新知识,可以用来提高生活质量和降低癌症患者的发病率。在MD安德森,我们在将基因组技术应用于临床方面处于独特的地位,这些技术将对癌症患者的早期检测、诊断和治疗策略产生重大影响。
教育和培训
学位授予教育
2010 | 冷泉港实验室,美国纽约石溪大学,分子遗传学博士 |
2003 | 斯基德莫尔学院,萨拉托加斯普林斯,纽约,美国,细胞生物学学士 |
研究生培训
2010 - 2011 | 纽约冷泉港实验室癌症遗传学博士后 |
荣誉和奖励
2021 | 2021年美国癌症研究协会基础癌症研究杰出成就AACR奖188bet体育网址 |
2019 | 德克萨斯大学安德森癌症中心总统卓越研究奖188bet体育网址 |
2019 | 布拉瓦尼克生命科学奖,国家决赛选手 |
2018 | 教师教育家奖,德克萨斯大学安德森癌症中心 |
2018 | 达拉斯/沃斯堡活着的传奇教师成就奖在基础研究,德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心188bet体育网址 |
2017 | 杰克和贝弗利兰达尔癌症治疗卓越奖,兰达尔家庭基金会 |
2017 | 挑战奖,前列腺癌基金会 |
2017 | 斯托尼布鲁克大学40岁以下青年奖学金 |
2016 | 总统学者奖,德克萨斯大学安德森癌症中心 |
2016 | 萨宾奖学金,安德鲁·萨宾家庭基金会 |
2016 | 美国癌症188bet体育网址学会(ACS)研究学者 |
2016 | 校长对卓越教师的认可,德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心 |
2016 | 德克萨斯大学安德森癌症中心教授学者奖 |
2015 | 美国科学促进会马丁·罗斯·瓦赫特尔奖 |
2014 | 教师教育家奖,德克萨斯大学安德森癌症中心 |
2013 | 徐天成奖、青年研究员奖 |
2013 | 威尔逊·斯通纪念奖 |
2013 | 达蒙-鲁尼恩创新者奖,达蒙-鲁尼恩·拉克莱夫基金会 |
2010 | 青年研究者奖,基因组技术杂志 |
2009 | T32国家癌症研究所NCI奖学金 |
2009 | 亚伯拉罕奖,石溪大学 |
2008 | 石溪大学金和米勒奖学金 |
2005 | 林赛·戈德伯格奖学金,冷泉港实验室 |
选定的出版物
同行评议的文章
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- 王飞,王澳,莫汉提V,梁松,窦杰,韩杰,敏努斯,高锐,丁磊,纳文宁,陈轲.MEDALT:单细胞拷贝数谱系追踪,使基因发现成为可能。基因组生物学70(22(1)):doi: 10.1186/s13059-021-02291-5, 2021。PMID: 33622385。
- Naffar-Abu Amara S, Kuiken HJ, Selfors LM, Butler T, Leung ML, Leung CT, Kuhn EP, Kolarova T, Hage C, Ganesh K, Panayiotou R, Foster R, Rueda BR, Aktipis A, Spellman P, Ince TA, Xiu J, Oberley M, Gatalica Z, Navin N, Mills GB, Bronson RT, Brugge JS.短暂的共生克隆相互作用可驱动肿瘤转移。中国科学(d辑):地球科学(d辑),2019。PMID: 33199705。
- 胡王盛田K, F,扬K, T,田中T,佐佐木Y, Kuipers J, Loghavi年代,王SA,燕Y, Furudate K,马修斯J, L, Gumbs C,张J,歌X,汤普森E, Patel KP, Bueso-Ramos CE、DiNardo CD, Ravandi F, Jabbour E, Andreeff M,科尔特斯J,巴拉K, Garcia-Manero G, Kantarjian H, Konopleva M,中田宏D, Navin N Beerenwinkel N, Futreal PA,高桥K.高通量单细胞基因组学揭示的急性髓系白血病的克隆进化。中国科学(d辑):地球科学(d辑),2019。PMID: 33087716。
- Manzo T,普伦蒂斯BM,安德森公斤,拉曼,Schalck, Codreanu GS,纳瓦劳逊CB, Tiberti年代,Raimondi,琼斯,Reyzer M,贝茨BM, Spraggins JM,帕特森NH,麦克莱恩是的,Rai K, Tacchetti C, Tucci年代,沃戈是的,Rodighiero年代,Clise-Dwyer K,谢罗德SD,金米,Navin NE Caprioli RM,格林伯格PD, Draetta G, Nezi L. 肿瘤微环境中长链脂肪酸的积累导致胰腺内CD8+T细胞功能障碍。J Exp Med 217(8):E201919202020。PMID:32491160。
- 马洛里XF,艾德里西M,纳文N,纳克勒L. 从单细胞DNA测序数据检测拷贝数畸变的方法。基因组生物学17(21(1)):2082020。采购经理人指数:32807205。
- Malihi PD、Graf RP、Rodriguez A、Ramesh N、Lee J、Sutton R、Jiles R、Velasco CR、Sei E、Kolatkar A、Logothetis C、Navin NE、Corn P、Aparicio AM、Dittamore R、Hicks J、Kuhn P、Zurita AJ.单细胞循环肿瘤细胞分析显示基因组不稳定性是侵袭性前列腺癌的一个显著特征。临床肿瘤研究进展(1):1 -4。PMID: 32341031。
- Ramesh N, Sei E, Tsai PC, Bai S, Zhao Y, Troncoso P, Corn PG, Logothetis C, Zurita AJ, Navin NE.通过血浆基因组测序解码前列腺癌治疗的进化反应。中国生物医学工程学报21(1):162,2020。e-Pub 2020。PMID: 32631448。
- 马洛里XF,艾德里西M,纳文N,纳克勒L.从单细胞DNA测序数据评估拷贝数畸变检测方法的性能。PLoS computing biology 16(7):e1008012, 2020。PMID: 32658894。
- 林斌,林颖,纳文N.用单细胞基因组学推进癌症研究和医学188bet体育网址。中国生物医学工程学报,2017,37(4):456- 470,2020。PMID: 32289270。
- Mitra,安德鲁斯MC,卢武铉W·德·马赛MP,哈金斯连续波,Carapeto F,辛格年代,鲁本,王F,毛泽东X, X,万尼K, Tippen年代,Ng KS, Schalck, Sakellariou-Thompson哒,陈E, Reddy SM,斯宾塞CN, Wiesnoski D, LD, Gumbs C,库珀咱,伯顿EM,胡P,戴维斯,张J, Bernatchez C, Navin N Sharma P, Allison JP,沃戈是的,绮C,作者:Tetzlaff MT, huwu WJ, Lazar AJ, Futreal PA.空间解析分析连接了基因组和免疫多样性,揭示了黑色素瘤中不利的中性粒细胞激活。中国科学(d辑):地球科学(d辑),2012。PMID: 32296058。
- Rozenblatt-Rosen O, Regev Oberdoerffer P Nawy T, Hupalowska,十字架我,Ashenberg O,斯拉米E,科菲RJ, Demir E,丁L, Esplin ED,福特JM Goecks J, Ghosh年代,灰色JW, Guinney J, Hanlon SE,休斯SK,黄,Iacobuzio-Donahue CA, Jane-Valbuena J,约翰逊,刘KS,活泼T, Mazzilli SA Pe怎样D, Santagata年代,Shalek AK,夏皮罗D,Snyder MP, Sorger PK, Spira AE, Srivastava S, Tan K, West RB, Williams EH. 人类肿瘤图谱网络:以单细胞分辨率绘制跨越时空的肿瘤转移图。第181(2)单元:236-2492020。PMID:32302568。
- Davis A, Gao R, Navin N. SCOPIT:单细胞测序实验的样本量计算。BMC生物信息学20(1):5662019。PMID:31718533。
- Zafar H, Navin N, Chen K, Nakhleh L.SiCloneFit:从单细胞基因组测序数据对肿瘤克隆群体结构、基因型和系统发育的贝叶斯推断。基因组Res(11): 1847 - 1859年,2019年。PMID: 31628257。
- 王菲,梁S,库马尔T,纳文,陈K. SCMarker:用于单细胞转录组分析的从头算标记选择。PLoS计算机生物学15(10):E10074452019年。PMID:31658262。
- Corn PG, Heath EI, Zurita A, Ramesh N, Xiao L, Sei E, li - ning tapia E, Tu SM, Subudhi SK, Wang J, Wang X, Efstathiou E, Thompson TC, Troncoso P, Navin N, Logothetis CJ, Aparicio AM.卡巴他赛联合卡铂治疗转移性去雄耐药前列腺癌:一项随机、开放标签、1-2期试验Lancet Oncol 20(10):1432-1443, 2019。PMID: 31515154。
- 张勇,熊S,刘B,潘特V,塞利F,周G,埃利桑多·弗雷尔AC,杨P,尤美赞臣,埃尔纳加尔AK,纳文·内,洛扎诺G.体细胞Trp53突变差异驱动乳腺癌和转移的进化。土木工程学报9(1):3953,2018。e-Pub 2018。PMID: 30262850。
- Kim C&Gao R、Sei E、Brandt R、Hartman J、Hatshek T、Crosetto N、Foukakis T和Navin N。.用单细胞测序描述三阴性乳腺癌的耐药进化。细胞173(4):879 - 893年,2018年。PMID: 29681456。
- Casasent AK, Schalck A, Gao R, Sei E, Long A, Pangburn W, Casasent T, Meric-Bernstam F, Edgerton ME, Navin NE. 通过局部单细胞测序确定乳腺肿瘤的多克隆侵袭。细胞172(1-2):205-2172018。PMID:29307488。
- 梁曼丽,Davis A, Gao R, Casasent A, Wang Y, Sei E, Vilar E, Maru D, Kopetz, Navin, N.单细胞DNA测序揭示了转移性结直肠癌的晚期传播模型。中国生物医学工程学报,2017,37(8):1287-1299。PMID: 28546418。
- 高R,Davis A,McDonald TO,Sei E,Shi X,Wang Y,Tsai PC,Casasent A,Waters J,Zhang H,Meric Bernstam F,Michor F,Navin N.三阴性乳腺癌的标点拷贝数进化和克隆停滞。中国生物医学工程学报48(10):1119- 30,2016。e-Pub 2016。PMID: 27526321。
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- Zafar H,Wang Y,Nakhlem L,Navin N,Chen K.单卵:单个细胞中单核苷酸变异的检测。自然方法,2016年。PMID: 27088313。
- 梁曼丽,王勇,金灿,高锐,姜杰,世娥,纳文东北. 来自单核的高度多重靶向DNA测序。Nat协议11(2):214-352016。2016年电子酒吧。PMID:26741407。
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授权与合同支持
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资金来源: | 莱夫科夫斯基基础 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 研究TNBC的突变进化和肿瘤内异质性 |
资金来源: | 美国癌症协会 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 集成单细胞基因组学核心设施 |
资金来源: | 德州癌症预防与研究所188bet体育网址 |
角色: | 首席研究员 |
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资金来源: | 德州癌症预防与研究所188bet体育网址 |
角色: | 共同 |
标题: | 转移性乳腺癌和前列腺癌的组学和多维空间图谱(OMS图谱) |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 共同 |
标题: | 应用空间单细胞基因组学研究癌前乳腺癌的发生和侵袭 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 用单细胞基因组学描述乳腺癌化疗耐药的进化和生态 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 人类乳腺细胞图谱种子网络 |
资金来源: | 陈扎克伯格倡议 |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 转移性乳腺癌患者治疗耐药性的空间组学分析 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 共同 |
标题: | 利用单细胞基因组学描述乳腺癌her2靶向治疗的耐药进化 |
资金来源: | 姐妹机构网络基金,UTMDACC |
角色: | 首席研究员 |
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资金来源: | NIH / NCI |
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资金来源: | UTMDACC登月计划 |
角色: | 共同 |
标题: | 前列腺癌登月疫苗 |
资金来源: | UTMDACC登月计划 |
角色: | 共同 |
标题: | 乳腺癌登月 |
资金来源: | UTMDACC登月计划 |
角色: | 共同 |
标题: | 小细胞肺癌(SCLC)的肿瘤异质性和治疗耐药 |
资金来源: | 国防部 |
角色: | 共同 |
标题: | 预防导管原位癌侵袭性过度治疗-精确 |
资金来源: | 英国癌症研究中188bet体育网址心 |
角色: | 共同 |