肯Chen博士。
生物信息学和计算生物学、基础科学分工
关于陈竺
陈竺收到清华大学(北京),他B.E.从伊利诺伊大学香槟分校博士,博士后训练从加州大学圣地亚哥。从2005年到2011年,他曾在圣路易斯华盛顿大学医学院的资深科学家和研究能力。188bet体育网址背景在机器学习、统计信号处理、和癌症基因组学,他的主要目标是开发计算工具来分析和解释人类基因组学和临床数据对基因组医学的实现。陈竺设计、开发和联合开发的一套计算工具,如跳霹雳舞,系波峰,BreakTrans, BreakFusion, PolyScan SomaticSniper, VarScan,已被广泛应用于描述个人和人口基因组学等各种大型下一代测序项目的癌症基因组图谱(TCGA)和1000人基因工程。他特别感兴趣的是全面、准确地构建各种癌细胞的基因组和转录组人群对理解异质性和癌症的发展由于遗传和环境。他也有兴趣开发综合识别方法用于诊断和预后的生物标志物。更多的信息关于他的研究小组是可用的188bet体育网址在这里。
现在的标题和归属
主要的约会
副教授,生物信息学和计算生物学,定量科学分工,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,德克萨斯州
生物信息学主任哈里发·本·扎耶德·阿勒纳哈扬采取行动研究所个性化的癌症治疗,休斯顿,德克萨斯州
双/共同/兼职的约会
普通成员,生物医学科学研究生院,德克萨斯大学健康科学中心,休斯顿,德克萨斯州
兼职教员,计算机科学系,莱斯大学,休斯顿,德克萨斯州
教育和培训
授予学位教育
2004年 | 美国伊利诺斯大学厄本那-香槟分校,博士,电气和计算机工程 |
1996年 | 清华大学,北京、中文、精密仪器 |
研究生培训
2004 - 2005 | 188bet体育网址研究奖学金、生物化学和生物物理学、加州大学圣地亚哥分校CA |
体验和服务
学术任命
助理教授,定量科学分工,德克萨斯大学MD安德森癌症中心,休斯顿,TX, 2011 - 2016
188bet体育网址的遗传学研究导师、部门,华盛顿大学,圣路易斯,密苏里州,2009 - 2011
其他的约会/责任
基因组研究所的高级科学家,华盛顿大学医学院的圣路易斯,密苏里州,2005 - 2011
微软亚洲研究院的实习生,北京,200188bet体育网址1 - 2001
荣誉和奖励
2016年 | 安德鲁萨宾家庭的 |
2016年 | 候选人罗伯特·m·张伯伦卓越导师奖 |
2014年 | 最好的表演者ICGC-TCGA梦8.5体细胞突变叫挑战,dreamchallenge.org |
2003年 | φKappaφ,伊利诺伊大学香槟分校 |
专业的会员
美国癌症研究协会188bet体育网址
活跃成员,2012年至今
国际社会计算生物学
成员,2011年至今
电气和电子工程师学会
高级成员,2009年至今
选定的出版物
同行评议的文章
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- 李JJ, Kopetz年代,Vilar E,沈JP,陈K,Maitra一。相对丰富的SARS-CoV-2条目下胃肠道肠上皮细胞的基因。基因(巴塞尔)11(6),2020年。e-Pub 2020。PMID: 32545271。
- 陈梁,梁Q, R,陈K。分层测试减轻单细胞数据批处理的影响。2020年计算机科学,课堂讲稿。
- 梁,王F,汉族,陈K。潜在的周期性过程推理从单细胞RNA-seq数据。Nat Commun 11 (1): 1441、2020。e-Pub 2020。PMID: 32188848。
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- 黄KL, Mashl RJ,吴Y, Ritter DI,王J,哦,C, Paczkowska M,雷诺兹年代,Wyczalkowski妈,橡树N,斯科特•广告Krassowski M, Cherniack广告,Houlahan KE, Jayasinghe R,王磅,周,刘D,曹年代,金正日YW, Koire, McMichael摩根富林明,Hucthagowder V,金正日结核病,哈恩,王C, McLellan医学博士Al-Mulla F,约翰逊KJ,癌症基因组图谱的研究网络,Lichtarge O,布特罗斯·PC,拉斐尔B, Lazar AJ,张W, Wendl MC, Govindan R,耆那教的年代,惠勒D, Kulkarni年代,188bet体育网址Dipersio摩根富林明,Reimand J, Meric-Bernstam F,陈K陈Shmulevich我Plon SE, F,丁L。致病性遗传变异在10389年成人癌症。细胞173 (2):355 - 370。e14灯头,2018年。PMID: 29625052。
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- 金王F,张年代,结核病,林YY,伊克巴尔R,王Z,莫汉蒂V, Sircar K,卡拉姆反对是的,Wendl MC, Meric-Bernstam F,温斯坦约,丁L,米尔斯GB,陈K。集成Transcriptomic-Genomic Texomer概要癌症组织的工具。Nat方法。e-Pub 2019。PMID: 30988467。
- 金王Z,结核病,彭B,卡拉姆反对是的,Creighton CJ,俊啊,川上F, Trevisan P, Jonasch E, Chow CW, Rodriguez-Canales J, Tamboli P, Tannir NM,木CG,蒙松FA Baggerly KA, Varella-Garcia M, Czerniak B, Wistuba II,米尔斯GB,肖K,陈KSircar K。肉瘤样肾细胞癌具有明显的分子发病机制,司机突变概要和转录景观。癌症研究杂志e-Pub 2017。PMID: 28710314。
- 风扇X, Chaisson M, L等,陈K。HySA:混合结构变体组装方法使用下一代和单分子测序技术。基因组研究》e-Pub 2017。PMID: 28104618。
邀请的文章
- 征服者H,纳维N, L等陈K。从单细胞进化计算方法推断肿瘤基因组数据。目前对系统生物学7:16-25,2018年。
- Navin不陈K。基因分型的肿瘤克隆从单细胞的数据。Nat方法13 (7):555 - 2016。PMID: 27355792。
格兰特&合同支持
标题: | 在癌症基因组描述异构结构的复杂性 |
资金来源: | NIH / NCI |
角色: | 首席研究员 |
标题: | 综合分析1000人基因工程的结构变化(U41) |
资金来源: | NIH / NCI (Subaward杰克逊实验室) |
角色: | 校长Investigator-MDACC |
标题: | Pan-omics单细胞联合程控识别的数据集成 |
资金来源: | 陈扎克伯格倡议 |
角色: | 首席研究员 |