反相蛋白阵列(RPPA)核心设备
概观
反相蛋白阵列(RPPA)核心为研究人员提供了一种强大、高通量、定量、低成本的功能蛋白组学研究技术。此外,我们不仅为MD Anderson的调查人员提供集中的、标准化的和质量控制的服务,而且还为包括TCGA、CCLE和ICBP在内的世界各地的调查人员提供服务。
重要的提醒
RPPA核心将在6月22日开始有限的时间内接受样品。
您必须联系核心人员(ccsgrppa@mdanderson.org),以确认您的样品提交时间表,并确保适当的收据。
谢谢您的理解!
RPPA和蛋白质组学的优点
RPPA
核心定义了一套标准裂解物的每个阵列进行数据生成和分析的质量控制(QC)中使用。一组算法和定制的应用软件已经发展到提高量化和质量控制。
- 成本效益:高吞吐量方法在一个信号幻灯片上同时测试和量化超过1000个样本。
- 敏感性:适用于非常小的样本量(蛋白质裂解物的ng,检测特异性蛋白质的attomoles),小于10个细胞当量。在40 ug的细胞裂解物中检测和定量表达水平和修饰状态的数百种不同的蛋白质。
- 定量:重组蛋白/磷酸使蛋白质表达和修饰水平的绝对定量。
- 简单:不需要直接标注裂解液样品。
功能蛋白质组学
对癌症等复杂疾病的研究表明,基因改变并不是导致这种疾病的所有原因。蛋白质水平和结构的变化也被证明在肿瘤的发展和进展中扮演着重要的角色,这并不能通过基因的变化来反映。在癌症中,一些遗传和表观遗传的变化往往是发展疾病所必需的。研究大规模的表观遗传变化,如蛋白质磷酸化或裂解,将极大地帮助理解原因和确定有效的治疗癌症和其他复杂疾病。
我们独特的平台
MD安德森的RPPA核心是科学界的宝贵资源,由于其RPPA管道的各个方面,包括低于其独特的和持续的验证和质量控制:
- 连续稀释每个样本以捕获线性抗体/抗原反应,以便进行准确的数据分析
- 一个持续和高度严格抗体验证过程中选择和维持仅用于RPPA分析最优质的抗体
- 充当对照培养复制基于正规化用于进行数据生成和分析和RPPA数据跨越不同的幻灯片合并的质量控制的印刷在每一个滑块48独特的细胞裂解物的“锚”
- 我们为RPPA数据分析制定、实施和优化了一系列严格的质量控制流程,为客户提供可靠的数据:空间校正算法、抗体探测质量控制、蛋白质装载校正、基于复制的归一化和抗体批次质量
- 对于RPPA管道的自动程序处理来实现的,以减少人工劳动,人为错误,和客户的周转
- 一组算法和定制软件应用开发,以提高量化和质量控制
方法
RPPA表示用于两个肿瘤组织和培养的细胞的基于抗体的功能性蛋白质组分析。RPPA表征基础蛋白表达和修饰水平,生长因子或配体诱导的效应,和时间分辨的响应适当系统生物学分析。它提供的信息在癌症基因畸变的结果整合,以验证治疗靶点,来证明在线和毒品脱靶活性,并评价药物的药效。
核心格兰特引用
该RPPA核心是由NCI格兰特#CA16672与夷陵路博士的NIH R50格兰特#R50CA221675支持:在癌症反相蛋白质阵列功能蛋白质组学。如果您的出版物使用由RPPA核心产生的数据引用请在确认部分这些补助。出版承认这些补助的两个副本也应在1058单位提交给RPPA核心谢谢!