超级诊断

Supercurve是一套R包装，可用作基因表达微阵列数据的曲线拟合分析的工具。其中一个包执行核心功能，而另外两个提供图形用户界面。主要用户界面SuperCurveGui允许用户能够直接与可用的各种设置进行交互，以便运行分析，并接收幻灯片和相关图的可视输出。

包

超级诊断
R包用于分析RPPAS

Supercurvegui.
TCL / TK GUI前端为SUPERCURVE R包装

sliddingsignergui.
SliddingSignergui是一种图形工具，可以允许研究人员描述反相蛋白阵列上不同正面188bet体育网址和阴性对照的位置和浓度

系统要求

Supercurve R包需要r 2.15.0或更高版本跑步。

我们还建议拥有ImageMagick.安装以获得最佳功能。这是因为超级套餐需要兑换从ImageMagick软件套件中的二进制文件，以生产其合并的图形/幻灯片图像JPEG输出。没有ImageMagick，仍将生成单个绘图，但它们不会被合并为单个图像。

下载并安装imagemagick，如有必要。确保可以从路径环境变量中调用二进制文件。从终端发出以下命令后，输出应匹配，如果正确配置。

$转换 - 转换|grep -o imagemagick |Uniq ImageMagick $

安装

从r会话中，键入以下内容：

＃加载实用程序库。图书馆（Utils）＃向默认r存储库列表添加多个存储库。选择（repos.=C（getOpti（“回购”），本地（{{RFERGE.< -“http://r-forge.r-project.org”名称（RForge）< -“r-forge”R erge}），本地（{rvers.< -getRversion.（）repos.hostname.< -“bioinformatics.mdanderson.org”OMPA.< -Sprintf.（“http：//％s / Oompa /％s”，repos.hostname，糊（rvers.$rm，rvers.$闵，9月=“。”）））名称（Oompa）< -“Oompa”Oompadevel.< -Sprintf.（“http：//％s / oompa-devel”，repos.hostname）名称（Oompadevel）< -“Oompa-devel”C（Oompadevel，OMOMA）}）））））））））））））＃在安装More之前更新现有软件包。update.packages（询问=假）＃安装先决条件包。prereq.pkgs.< -C（“靴子”那“COBS”那“mgcv”那“Quantreg”那“robustbase”那“样条曲线”那“timedate”）install.packages（prereq.pkgs，依赖项=真正）＃安装supercurve包。supercurve.pkgs.< -C（“tclish”那“sliddingsignergui”那“supercurve”那“supercurvegui”）install.packages（supercurve.pkgs，依赖关系=真正）

假设一切顺利，现在应该安装超级速度相关的包及其依赖项。

发布历史

于2011年4月3日，以下套餐促进了生产现状。生产发布可以从OMPA R存储库获得。

• Supercurve 1.4.0.
• SuperCurvegui 2.0.0.
• SliddingSignergui 1.4.0.

支持

对于一般问题，请联系詹姆斯莫罗特。

学分

• Kevin Coombes，Ph.D.
• 温斌刘，博士。
• Zhenlin Ju，Ph.D.
• 保罗罗卡克
• 詹姆斯莫罗特

参考资料

胡，J.，He，X.，Baggerly，K。，Coombes，K.，Hennessy，B.，＆Mills，G.（2007）。
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DOI：10.1093 / Bioinformatics / BTM283

Neeley，S.，Kornblau，S.，Coombes，K。，＆Baggerly，K。（2009）。
“反相蛋白阵列的可变斜率归一化”
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DOI：10.1093 / Bioinformatics / BTP174

Neeley，S.，Baggerly，K.，＆Kornblau，S。（2010）。
“使用阳性对照点的反相蛋白阵列的表面调整”
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DOI：10.4137 / CIN.S9055

Ju，Z.，Liu，W.，Roebuck，P.，Siwak，D.，张，N.，Lu，Y.，Davies，M.，Akbani，R.，Weinstein，J.，Mills，G.，G.，＆Coombes，K。（2015）。
“逆相蛋白阵列质量控制的强大分类器的开发”
生物信息学31.（6），912-918。
DOI：10.1093 / Bioinformatics / BTU736