亚克条重建：剪辑和CSR

剪辑：克隆结构通过惩罚成对差异来识别

剪辑是一种专为散装肿瘤样品的下一代螯合而设计的亚基识别工具。它是整个基因组（PCAWG）工作组，异质性和演化的泛癌分析中的11种参与方法之一，国际癌症基因组联盟（ICGC）。该方法在稿件中描述（参见引文）。

剪辑：先决条件

需要r（> 3.3.1）和python（> 3.5.1），脚本不支持Python2。

剪辑：安装

没有必要安装剪辑。

输入数据格式：夹需要3个输入文件（请参阅输入数据的可视化多例样本数据）：

SNV文件：制表符分隔含4列文件中，第一列表示染色体，第二个是SNV的位置，第三列的记录ALT读取，并且最后一列表示Ref读取。

CNV的文件：含有5个或4列的制表符分隔的文件中，第一列表示染色体，第二个是CNV区段的开始位置，第三列记录了CNV区段的结束位置。对于每个段的实际副本编号，剪辑可接受仅限总值或等位基因特定的副本编号。

纯度文件：包含纯度的纯度的文件或者通过剪辑校正将校正的估计。有关纯度问题的详细信息，请查看我们的稿件。

CSR：基本间结构重建的共识聚类

在异质性项目期间，最初为整个基因组（PCAWG）工作组，异质性和演化的泛癌分析，异质性和演化，异质性项目中的国际癌症基因组联盟（ICGC）创建。它被用来与11个参与方法的结果进行共识亚克间架构。有关详细信息，请参阅（异质性引用）。

CSR：先决条件

部分计算取决于垃圾邮件http://spams-devel.gforge.inria.fr/downloads.html.。请按照他们网站上的说明安装垃圾邮件Python3版本（喜欢anaconda发行版）。

预处理脚本需要R包“假人”来工作。您可以简单地在R中键入以下内容以安装包。

install.packages（'dummies'）

CSR：安装

无需安装CSR，它就像您的常规Python脚本一样运行。