示例视图

的示例视图用于研究不同的剪接模式及其在单个样本中的潜在功能影响。要使用此视图，示例必须已经加载到数据库中。(见数据加载有关装载新样品的资料)

要获得此视图，首先选择视图组合框在数据选择栏．接下来，选择您希望使用数据组合框还在数据选择栏．

当样本加载时，结果面板将与给定示例中标识的所有拼接事件一起加载。对于单个样本，当样本中表达了多个转录物时，就会发生剪接事件(例如，一些转录物包括第10外显子，其他的则剪接出来)。

查看结果面板示例

基因汇总选项卡在结果面板将包含一行为每个基因表达的样本。

单击一个基因行将填充详细信息面板用剪接图表示样品中存在的外显子和剪接。当一个基因被选择时基因信息框将显示UniProt和/或NCBI基因中所选基因的功能注释。

需要进一步解释的列有:

• 基因RPKM-读取每千碱基每百万读取。RPKM是唯一与该基因对齐的reads的总数。对样本中的基因长度和对齐reads总数进行归一化处理。RPKM基因提供了覆盖度和表达水平的指示。
• 次要异构体%-不属于主要亚型的预测mRNA表达的百分比。这可以用来发现替代异构体在基因表达中所占的比例大于微不足道的基因。
• 剪接事件—检测到的拼接事件分类列表。例如，ES(4)表示第4号外显子跳过。使用Splice Event Filter下拉列表查看每种事件类型的描述和代码。
• UniProt事件- UniProt注释区域的分类列表，受替代拼接的影响。例如，B(9)表示9号外显子上的结合位点，它被排除在某些亚型之外。UniProt注释类别的完整列表，请参阅基因面板的蛋白质序列标签中的图例

表格内的项目结果面板可以通过过滤找到感兴趣的结果类型。若要访问表的筛选函数，请使用改变过滤器按钮。以下过滤器可用:

拼接事件选项卡在结果面板将为检测到的每个拼接事件包含一行。

需要额外解释的列:

• 包括计数:包含路径上的读取总数(取决于[Splice Event]https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/spliceseq/methods/#splice-event-detection)
• 排除计数:排除路径上的读取总数(取决于[Splice Event]https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/spliceseq/methods/#splice-event-detection)
• ψ——Percent-Spliced-In。表达给定拼接事件的所有异构中包含路径的异构的百分比
• 级-拼接事件影响的异构体比例

若要访问表的筛选函数，请使用改变过滤器按钮。以下过滤器可用:

Uniprot事件选项卡在结果面板将包含一行用于每个受可选拼接影响的UniProt注释特性。

若要访问表的筛选函数，请使用改变过滤器按钮。以下过滤器可用:

的显示值左边的单选按钮切换每个外显子和剪接数值的显示。有3种选择:

• 没有一个—无数值显示
• 读取-包含外显子/剪接的总reads
• OPKM-每千碱基每百万读观察。OPKM读取的总外显子或剪接归一化长度和总数目的对齐读取样本。所用的长度是读可能与外显子/剪接重叠的窗口大小。这种归一化允许交叉外显子或交叉样本比较。

蛋白质序列标签的详细信息面板显示了蛋白质序列，功能注释和相对表达水平的亚型推断剪接模式的基因从样本。有关此选项卡的基本信息，请参阅蛋白质序列标签．

下面的例子表明外显子1和2的差异表达导致UniProt特征区CAP的表达不同。

外显子信息选项卡的详细信息面板显示基因模型中每个外显子的位置、性质和核苷酸序列。更多的信息可以在GUI概述部分找到。