脾脏eSQ.

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概述
描述	用于研究下一代mRNA序列数据中替代mRNA剪接的工具
发展信息
语	java.
当前版本	2.1
平台	平台独立
执照	免费提供学术和商业用途
地位	积极的
最近更新时间	2014年2月21日
参考文献
引文	Ryan，M. C.，克兰，J.，Kim，R.G.，Wong，W.C.，Weinstein，J. N.，脾脏eSQ：用于替代剪接的RNA-SEQ数据的分析和可视化资源及其功能影响，生物信息学28.（18）第2385（2012）。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts452
帮助和支持
联系	binf@insilico.us.com.

安装概述

脾脏eSQ.包括三个组件，普适eSPESQ查看器那脾脏eSQ dB.， 和脾脏eAnalzer.。普适eSPESQ查看器是一个基于Java的应用程序，可以通过WebStart或在本地计算机上安装并运行并运行。脾脏eSQ dB.是一个MySQL数据库，包含基因结构和样本读取统计数据。这普适eSPESQ查看器访问脾脏eSQ dB.检索剪接分析结果。脾脏eAnalzer.执行RNASEQ数据的对齐和分析，并将结果加载到脾脏eSQ dB.。什么时候普适eSPESQ查看器单独安装并没有自己安装并启动脾脏eSQ dB.安装了，您仍然可以从我们的服务器或来自您所访问的同事数据库中浏览数据。

安装和运行SpliceSeq查看器

Java Web Start

普适eSPESQ查看器是一个java.^TM值在Windows，Linux或Mac OS X上运行的应用程序，如果计划执行大型RNASEQ文件的分析，则可能需要64位Java。一个Java Web Start版本普适eSPESQ查看器只需单击下面的图标即可运行。Web Start版本配置为使用预加载的脾脏eSQ dB.允许用户尝试应用程序。您可以更改配置设置以打开其他脾偶尔或者使用你自己的脾脏eSQ dB.在您的本地机器上。

发射

单击“启动”按钮运行！

如果您的浏览器提示您有权使用Java Web Start启动应用程序，请单击“确定”。此外，如果提示有关信任应用程序，请确认您信任该应用程序。

普适eSPESQ查看器然后开始。默认情况下，它将连接到我们的脾脏eSQ dB.并允许您探索此数据。

如果您愿意不使用Java Web Start，请参阅下面的本地安装，以便有关安装说明普适eSPESQ查看器在您的本地机器中。

本地安装和运行

如果您更喜欢下载普适eSPESQ查看器并在本地安装它，从此处下载splicemeq.zip文件：

spliceSq.zip.

将此文件的内容解压缩到您希望软件的目录（例如C：\ SpliceSQ）。注意：如果您有先前的版本普适eSPESQ查看器如果安装到同一目录，请将新版本安装到新目录中或删除旧版本。跑步普适eSPESQ查看器那双击spliceSq.jar或打开DOS / UNIX窗口，CD到您解压缩应用程序的目录并运行：

Java -Jar SpliceSq.jar.jar.

配置SPLICESQ查看器以访问SPLICEMEQ DB

默认情况下，普适eSPESQ查看器应用程序将连接到我们的预装脾脏eSQ dB.。连接到不同脾脏eSQ dB.，打开菜单栏中的配置面板文件标题。您可以通过双击您要更改的值，在新值中键入的值进行编辑此面板上的项目，然后拨打进入。有4项您可能需要在DB选项卡上编辑：

达尔德尔- 这是DB Connect String，并包含到达数据库服务器的URL（例如，JDBC：MySQL：// Localhost在机器上的数据库普适eSPESQ查看器已安装或JDBC：mysql：//projects.insilico.us：3306通过特定端口连接到另一台服务器）。我们运行Web服务以提供对我们预装的访问权限脾脏eSQ dB.以一种没有防火墙存在问题的方式。此连接将具有JDBC的DBurl：ratway：//projects.insilico.us.com/ratway/rw。

sgdatabase.- 这是姓名脾脏eSQ dB.在服务器上。默认为剪辑。注意：Windows有时会强制数据库名称在较低的情况下，因此如果'剪辑'不起作用，请尝试“剪辑”。

dbuser.- 用于连接到的MySQL用户ID脾脏eSQ dB.。

dbpassword.- 连接到的MySQL密码脾脏eSQ dB.。

注意：更改DB设置后，您必须单击“应用”。

创建和加载自己的脾脏eSQ dB.，见说明安装和加载SpliceSQ DB以下。

创建和初始化SPLICESQ DB

如果打算分析自己的RNASEQ样本，则需要一个拼接数据库。如果它是相当强大的（64位OS，8个RAM）或计算服务器上的用户工作站可以在用户工作站上完成数据库和样本分析。If you are going to use a computation server (e.g LINUX rack mounted server) for the database and computation, you can set up the SpliceSeq Viewer on user workstation(s) and configure it to connect to the data on the compute server using the steps outlined in the previous section. One SpliceSeq database can be shared by multiple researchers.

创造脾脏eSQ dB.， 你需要MySQL数据库服务器5.5.x。MySQL通常在Linux服务器上默认安装，也可以使用'yum安装mysqld'或'apt-get安装mysql-server'轻松安装。此处提供用于其他平台的安装说明MySQL安装。

使用具有权限的数据库登录以创建数据库，将一个空数据库添加到MySQL实例中，该数据库将成为SplicEmeq DB，并创建一个或多个MySQL ID，并在新的SPLICEMEQ DB上创建一个或多个MySQL ID。要使用Latin1字符集创建数据库非常重要。

$ mysql -u root -p

输入密码： ******

欢迎到MySQL监视器。命令结束和;或\G。服务器版本：5.。0.。51.B.-社区-nt mysql社区版（GPL）MySQL>创建数据库剪辑特点放拉丁语整理latin1_general_ci;查询确定，1排做作的（0.。05.秒）

对于将与“只读”允许分析数据的权限的用户，使用密码（例如，sgpass）创建MySQL用户（例如，SGUSER），然后在新的读取权限授予读取权限脾脏eSQ dB.到新创建的用户：

mysql.>授予选择在剪辑。*到'sguser'@'localhost'确定经过'sgpass';mysql.>授予选择在剪辑。*到'sguser'@'％'确定经过'sgpass';

您还需要一个数据库用户在数据库中以订单分析/加载RNASEQ数据提供完全权限。使用密码（例如，SG4LD！）创建另一个MySQL用户（例如，SGLOAD），然后在新的新许可脾脏eSQ dB.到新用户。

mysql.>授予全部在剪辑。*到'sgload'@'localhost'确定经过'sg4ld！';mysql.>授予全部在剪辑。*到'sgload'@'％'确定经过'sg4ld！';mysql.>出口;

最后，必须将某些初始表和数据加载到空白处脾脏eSQ dB.你刚刚创造了。下载，解压缩并加载当前剪辑在托管新的机器上脾脏eSQ dB.。使用MySQL用户ID与上面定义的完整数据库权限将初始数据加载到数据库中。

$解压SpliceGraphDB.zip $的mysql -u sgload -p SpliceGraph 

修改D B选项卡普适eSPESQ查看器配置面板，如图所示配置SPLICESQ查看器以访问SPLICEMEQ DB，具有适当的服务器，数据库，用户标识和密码。如果您计划从SpliceSQ查看器加载数据，请使用具有完整数据库权限的MySQL用户ID。如果没有，请使用仅具有选择权限的用户标识配置SPLiceSQ查看器。

安装和配置SPLCICEQ分析仪

安装拼接SPLICESQ分析仪

如果您计划分析自己的RNASEQ样本，您还需要脾脏eAnalzer.。

脾脏eAnalzer.包含在本地安装包中，不需要单独的安装步骤。然而，脾脏eAnalzer.依赖于外部对齐程序领结，应该按照下一节中的描述安装和配置。

安装和配置领结

这脾脏eAnalzer.需要A.领结（版本1），用于将读取数据与拼接图对齐。笔记，脾脏eSQ.使用原件领结对齐器没有Bowtie 2.。此外，如果要在64位计算机上运行样本对齐，如果安装64位版本，它将运行得更快领结。

安装后领结那脾脏eAnalzer.必须配置，以便知道它在哪里领结安装，它可能会创建对齐相关文件。在这一点新兴策策标签脾脏eSP浏览器配置面板（文件-配置）， 这Bowtieexe.和BowtiedBbuildexe.参数需要设置为您安装的位置领结。这BowtieDBPath只需要设置为现有的目录脾脏eAnalzer.可以放下领结它生成的数据库。这结果需要设置到机器上的目录，其中可以在加载新样本时放置临时文件。

注意：如果您计划在Linux Compute Server上运行SpliceMEQ分析，则可以通过解压缩安装分析器spliceSq.zip.进入您选择的目录。而不是使用GUI配置Bowtie位置，而是可以直接编辑Sygaralyzer.properties文件。如果Bowtie位于用户运行分析的路径中，您可以为BowtieXe和BowtieBbuildexe参数指定'Bowtie'Andbowtie-Build'。如果分析将始终从同一目录启动，BowTiedBath和结果Dir可以是完全限定的路径或相对路径。必须存在BowtiedBPath和结果Dir指定的目录。

高级配置

本节简要描述您可能在配置面板中看到的一些附加配置选项卡。这些配置一般不会由普通用户进行调整。如果您有任何问题，请随时与我们联系。

脾脏eSQ.

此面板包含SpliceSQ查看器程序使用的一些内部参数。可能感兴趣的参数是：

• appwindow.size和appwindow.coplation，它分别控制默认窗口大小和位置
• Export.Directory，它设置导出表内容文件对话框中打开的默认目录
• jvm_args，它控制用于运行程序的Java虚拟机参数。如果发生Java堆溢出错误，则可以调整JVM_ARGS变量以增加堆大小。（请参阅下一节用于内存相关的JVM参数的简短列表）

有新兴的解放器

这个面板包含Java程序列表以及用于运行数据加载过程中的每个步骤的Java虚拟机(JVM)命令行参数。如果在数据加载过程中遇到内存问题，可以尝试改变JVM参数，以增加堆大小和线程堆栈大小。

JVM内存相关参数：

-xms 设置初始Java堆大小
-xmx 设置最大Java堆大小
-xss 设置Java线程堆栈大小

此外，如果要关闭新颖的剪接检测功能，您可以从示例中的列表中删除“novelsplice”。

SpliceSeq.stat

spliceSq.state选项卡实际上不是配置文件，而且是存储程序内部状态的cookie。它仅用于调试目的，无法在配置面板中进行编辑。