图形用户界面概述

SPLiceSQ的图形用户界面可分为3个区域。

• 数据选择栏在哪视图类型和数据集被选中。
• 结果面板所有的名单都是在哪里检测到的拼接事件显示。
• 细节面板包含用于学习特定的可视化工具拼接事件以及它们对蛋白质表达的影响。

数据选择栏

数据选择栏是在加载数据的位置，选择视图类型和数据集，以及设置程序配置的位置，并包括菜单那视图组合框那DataSet ComboBox.和基因发现者．

菜单包含与界面的其他部分不同的杂项项目，由3个根级别项目组成：

• 文件是可以访问配置面板的位置
• 数据是否可以加载新数据，并查看每个示例的注释
• 帮助包含关于对话框以及在线文档的链接

视图组合框允许您选择五种不同的视图模式，具体取决于您希望探索的分析类型：

• 样本视图显示单个示例数据
• 样本比较的观点显示了两个样本之间的拼接差异
• 小组视图为一组样本提供聚合拼接模式信息
• 组比较视图显示两组样本之间的拼接差异。
• 图形视图是参考视图，其显示当前脾脏αDB中的每个基因的接头图。它不显示RNASEQ样本数据。

DataSet ComboBox.在选择视图模式时，使用相关数据集填充。选择这里的物品将填充结果面板使用所选数据集的检测到的剪接事件列表。SPLICESEQ数据由学习组织，因此您需要点击相应的研究文件夹，以查看研究中的样本/组/比较。

基因发现者允许人们跳到感兴趣的基因结果面板．当您在文本框中键入至少2个字母时，它的自动完成功能将建议可能匹配。单击基因符号旁边的箭头将转到列表中的下一次出现符号。（基因可能有多个拼接事件）

结果面板

结果面板是显示所选样本或组的拼接事件列表的位置。

有3个选项卡可供选择：

• 基因概要Tab中每个基因有一行，并提供了每个基因上发现的事件的摘要。
• 拼接的事件选项卡每个拼接事件有一行，具有关于每个拼接事件的详细统计信息。
• UniProt事件选项卡显示每个UNIPROT事件的一行，详细介绍了剪接事件产生的蛋白质影响的性质。

细节面板

细节面板在结果面板中选择一个项目时，使用各自的拼接图和蛋白质表达信息填充。在Detail Panel中有三个选项卡。

• 图形图像选项卡显示所选基因/剪接事件/ Uniprot事件的相关接头图，其中每个拼接和外显子表达数据。
• 蛋白质序列Tab显示了观察到的外显子/剪接表达的预测异构体，并注释了具有UniProt蛋白质特征的异构体。
• 外显子信息标签显示基因模型中每个外显子的核苷酸序列，染色体位置和属性。

图形图像选项卡

图形图像标签显示基因的接头图，以外的外显子作为盒子和电弧线作为接头。

• 外显子按其核苷酸长度按比例绘制，较厚部分表示编码区，较薄部分表示非编码区。
• 如果外显子具有交替的5'受体位点，则交替的3'供体部位或保留内含子，外显子被分成将用十进制位置（例如3.1,3.2,3.3）编号的子外显子。
• 有一些病例，其中外显子可以在一个同种型中编码，但在另一个同种型中。例如，当非构成型外显子引入终止密码子时。在这种情况下，如果外显子在任何同种型路径中编码，则它被绘制为编码。
• 信使rna拼接连接用弧表示。金刚石标记标记的剪接连接是新的(在原始转录本数据库中没有见过)。
• 当一个外显子被拼接成亚外显子时，短的垂直线将相邻的亚外显子分开。这些线代表一个'内部拼接’，这不是真正的剪接，但给出了两个亚外显子之间的reads总数。

导航拼接图使用鼠标完成。

• 单击拼接图形切换放大倍数。当放大时，整个剪接图是可见的，而每个外显子/剪接连接的详细信息是可见的。
• 缩小时，拖动将导致图表侧向滚动。
• 缩小后，单击图表的任何部分以缩放到该部件
• 当显示较大的基因时，剪接图最初总是会缩小。
• 当鼠标悬停在外显子和剪接上时，附加信息会以工具提示的形式出现。

蛋白质序列标签

蛋白质序列标签提供有关基于剪接图表表达的预测蛋白质同种型的信息，并由三个不同的部分组成。

• 复合表达部分通过共享相同阅读框架的所有表达同种型的组合显示外显子表达百分比。UniProt的功能注释也显示在每个复合材料的蛋白质序列下方。
• 引用Uniprot序列部分显示了所选基因的规范UniProt序列及其注释特征。
• 单个同种型部分单独列出预测的同种型，并基于接头图遍历的每个同种型的百分比表达。如果外显子被剪接从给定的同种型中，则序列将在外显子中坯料。每个异构型左侧的百分比值表明基于相关接头结的读数来预测每个同种型的相对丰度。如果拼接图中存在损坏的路径（从开始停止外显子的读数没有读取的路径），则同种型百分比可能不会总计100％。在某些情况下，特别是当基因上的读取覆盖率低时，可能无法将图形遍历以预测蛋白质序列。

标签的详细说明如下所示。

要获得更全面的UniProt功能代码描述，请选择功能传奇/过滤器……左上方的按钮蛋白质序列标签．这将显示一个带有特性代码的弹出窗口。图例中的复选框还可以用于有选择地打开/关闭各种类型特性的显示。同时,蛋白质序列标签通过单击可以通过单击进出图像放大/缩小按钮的权利功能传奇/过滤器……按钮。保存图像蛋白质序列标签点击是可能的保存图像……按钮。

外显子信息选项卡

外显子信息选项卡列出基因剪接图中每个外显子的详细信息。