生物信息学与计算生物学系

>公共软件>脾脏eSQ.>图形视图

脾脏eSQ.

隐藏的行 对于表布局
概述
描述 用于研究下一代mRNA序列数据中替代mRNA剪接的工具
发展信息
java.
当前版本 2.1
平台 平台独立
执照 免费提供学术和商业用途
地位 积极的
最近更新时间 2014年2月21日
参考
引文 Ryan,M. C.,克兰,J.,Kim,R.G.,Wong,W.C.,Weinstein,J. N.,脾脏eSQ:用于替代剪接的RNA-SEQ数据的分析和可视化资源及其功能影响,生物信息学28.(18)第2385(2012)。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts452
帮助和支持
接触 binf@insilico.us.com.

图形视图

图形视图提供探索复合拼接图数据库的方法。即使没有样本已加载到数据库中,始终可用此视图。该视图对于确定拼接图已经用于给定物种中的给定基因,如果组装,则是有用的,以查看它看起来像什么。

要到达这个视图,请先选择图形视图在里面查看ComboBox.在里面数据选择栏。接下来,选择您希望使用该物种进行调查DataSet ComboBox.同样在这一点数据选择栏

图形视图结果面板

基因摘要标签在里面结果面板列出已组装拼接图的所有基因。该表可以通过单击标题来排序所有列。查找符号框可用于跳转到特定的基因符号(类型符号并按Enter键)。单击表中的行以查看相关的拼接图。

图形视图细节面板

图形图像选项卡在里面细节面板显示所选基因的接头图。每个曲线图显示了基因的外显子结构,UTR区域和替代接头路径。

要获取每个基因中外显子的细节,请单击外显子信息标签。