脾脏eSQ.
| 概述 | |
| 描述 | 用于研究下一代mRNA序列数据中替代mRNA剪接的工具 |
| 发展信息 | |
| 语 | java. |
| 当前版本 | 2.1 |
| 平台 | 平台独立 |
| 执照 | 免费提供学术和商业用途 |
| 地位 | 积极的 |
| 最近更新时间 | 2014年2月21日 |
| 参考 | |
| 引文 | Ryan，M. C.，克兰，J.，Kim，R.G.，Wong，W.C.，Weinstein，J. N.，脾脏eSQ：用于替代剪接的RNA-SEQ数据的分析和可视化资源及其功能影响，生物信息学28.（18）第2385（2012）。https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts452 |
| 帮助和支持 | |
| 接触 | binf@insilico.us.com. |
脾脏eSQ.
2/21/2014 - 修补程序释放，SpliceSQ 2.1已被释放。该修补程序包括次要错误修复，以及剪辑数据库的更新，并关闭组/组比较分析中的组件，导致过多的负载。
SpliceViewer是一个Java应用程序，允许研究人员在高通量mRNA测序研究中调查数据188bet体育网址中的替代mRNA剪接模式。序列读数被映射到拼接图，即明确地量化每个外显子和接头结的夹杂物水平。然后遍历图表以预测可能由观察到的外显子和接头结读取的蛋白质同种型。Uniprot注释被映射到每种蛋白质同种型以识别替代剪接的潜在功能影响。
该工具可以在单个RNA族样品上使用，以在一对样品上识别具有多个剪接的基因，以识别两者或一组样品之间的差异拼接，以识别拼接模式中的统计显着的群体水平差异。
脾脏eSQ可以从中运行安装页面作为Java Web Start应用程序，用于探索我们服务器上的排序数据，也可以在本地安装以分析您自己的MRNA-SEQ数据。
发射现在尝试脾脏eSQ.
教程
已经开发了几个YouTube教程用于拼接符号。请最大限度地提高并切换到1080p分辨率以获取最佳视图。
文件
单击下面的图像以获取安装，用法和方法的基本帮助。
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如果您有其他问题，请发送电子邮件给我们binf@insilico.us.com.。
发布历史
2/21/2014 - 拼接2.1
2.1版本2.1包括对Sygaralyzeprograms.Properties文件的修改，以在数据分析/加载期间删除比较点，组匹配和CompareGroupPatch模块的运行。这些组件在大型研究中造成了很长的负载时间。这些组分对差分剪接分析具有很小的影响。新版本正在开发中。该版本还包括更新的剪辑数据库和对备用启动子/备用终止者事件检测的微小调整，以减少被识别为AP /处的内部外显子。2.1版本的SpliceMEQ可以在没有数据库升级的情况下使用。
8/13/2013 - 拼接2.0
2.0版使用（PSI）中的百分比拼接进行差异拼接分析。它具有拼接事件列表，可以由用户过滤/排序的p值。它还包括新颖的拼接检测和改进的拼接事件检测算法。用户界面具有新的外观和感觉，并包括许多可用性改进和复合蛋白质影响视图。
1/31/2013 - SpliceSQ 1.2.1
修复了以灰色输出负载研究数据菜单项，类路径问题，ARFF文件语法检查，日志/统计信息的显示和灰色输出按钮的修复。没有数据从1.2版本更改。可以在不重新加载样本数据的情况下应用补丁。
1/7/2013 - SpliceSQ 1.2
版本1.2包括更简单的研究数据处理流程，增强的拼接检测，错误修复和基因信息显示窗口。
5/1/2012 - SpliceSQ 1.1
版本1.1包括示例注释，样本组和组比较。
12/21/2011 - SpliceSQ 1.0发布验证/测试。