生物信息学与计算生物学系

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Sammi.

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概述
描述 Sammi是一种基于Web的工具,用于可视化代谢网络和相关数据。网络可以直接从Kegg注释路径上载或使用基于约束的代谢重建。
发展信息
GitHub. MD-Anderson-Bioinformatics / Sammi
URL. https://bioinformatics.mdanderson.org/software/sammi/
文件 https://sammi.readthedocs.io/en/latest/
R.
当前版本 0.0.1.
平台 Chrome,Firefox和Edge
执照 GPL(> = 3)
地位 积极的
最近更新时间 01/25/2018
参考
引文 提交稿件
帮助和支持
接触 安德烈舒尔茨

半自动代谢地图插画家

启动Sammi.

SAMMI是一种用于绘制代谢网络和可视化与此类网络相关数据的工具。网络可以直接导入ke使用SAMMI接口,或通过上传代谢重建。代谢重建可通过许多数据库获得,包括巨型metoxplore.人类代谢地图集, 和虚拟代谢人类,并通过文献中的许多出版物。

代谢网络可以作为单个网络上传,或者在加载时被解析为子图。Sammi Maps是交互式的,不断更新的力定向图形,允许有效的自动化节点定位。Sammi还提供了各种节点编辑功能,如节点修复,节点重复,边缘弯曲,搁架,安排到多种不同的形状,文本和形状注释,以及节点着色和根据数据调整大小。有关所有SAMMI功能的完整描述,您可以阅读SAMMI文档这里

COBRA兼容性

Cobra工具箱已成为分析基于约束的代谢网络的主要工具箱之一,并开发了马铃薯Python, 和朱莉娅。为易于用户,我们开发了开发插件,以允许用户直接从Matlab和Python使用Sammi。要查看如何安装和使用这些插件,请参阅其各自的文档:

MATLAB插件:https://sammim.readthedocs.io/en/latest/index.html.

Python插件:https://sampy.readthedocs.io/en/latest/index.html.