MD安德森细胞系项目

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肿瘤细胞系是肿瘤机制研究和药物开发的主要模型系统。然而，与高质量DNA、RNA和药物筛选数据相关的蛋白表达数据尚未在大量癌症细胞株中获得。利用反相蛋白阵列，我们测量了>650独立细胞系中约230种关键癌症相关蛋白的表达水平，其中许多与其他公共细胞系资源共享。我们的数据集概述了在患者样本中观察到的突变途径对蛋白表达的影响，并证明了蛋白质标记物，特别是磷蛋白提供了相应mrna无法提供的预测药物敏感性的信息内容。我们开发了一个交互式的、用户友好的生物信息学资源，命名为MCLP，用于在丰富的背景下分析数据，为更广泛的生物医学研究社区提供有价值的资源。188bet体育网址

浏览器的需求

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常见问题

什么是功能蛋白质组学?

功能蛋白质组学是对蛋白质在功能活性水平上的大规模研究，如表达和修饰。对癌症等复杂疾病的研究表明，基因改变并不能解释这种疾病的全部原因。蛋白质水平和结构的变化也被证明在肿瘤的发展和进展中发挥了关键作用，而这不是由遗传变化所反映的。在癌症中，疾病的发展往往需要一些遗传和表观遗传改变。研究大规模的表观遗传变化，如蛋白质磷酸化或卵裂，将极大地有助于理解癌症和其他复杂疾病的原因，并确定有效的治疗方法。

RPPA是什么?

反向相蛋白阵列(Reverse phase protein array, RPPA)是一种基于高通量抗体的技术，其操作步骤与Western blot类似。从肿瘤组织或培养细胞中提取蛋白质，经SDS变性后，打印在硝化纤维素涂层的载玻片上，然后用抗体探针检测。我们的RPPA平台目前允许使用至少130种不同的抗体分析>1000样本。

RPPA的优点是什么?

• 廉价，高吞吐量的方法，利用自动化提高质量和可靠性
• 样品制备要求与Western blot相似
• 完整的分析只需要40微升的每个样本的150个抗体
• 由于样品的连续稀释，稳健的定量

我们如何收集细胞系?

我们通过ccsg支持的cell line Characterization Core facility (Houston, TX)和许多外部合作机构收集了癌细胞样本。根据机构政策，所有在MD Anderson癌症中心制备的细胞系均通过短串联重复(STR)分析在核心中得到确认。通过与公共数据库(如“交叉污染或错误识别的细胞株数据库”)进行比较，常规地清洗细胞株和STR。我们的外部合作者也通过STR分析例行确认细胞系。要了解详细信息，您可以使用“数据集”模块来检查每个细胞系的总样本和独立样本的数量。在MCLP中，我们只使用独立细胞系进行分析模块。

我们如何验证我们的抗体?

在应用于RPPA分析之前，我们广泛验证了我们的抗体:(i)在western blotting上需要一个单一或主导条带，并使用多肽、磷酸肽、生长因子、抑制剂、RNAi、广泛表达的细胞确定动态范围和特异性;(ii)我们使用Pearson相关系数来量化RPPA数据与western blotting的相关性。

我们如何定义抗体验证状态?

• 验证作为ELISA
  RPPA与western blotting皮尔逊相关系数R >= 0.7。
• 小心使用
  RPPA与western blotting的Pearson相关系数R在0.6 ~ 0.7之间。
• 用于质量控制
  这些抗体用于组织样本质量控制(QC)。

如何处理RPPA数据?

• 1级数据

细胞蛋白首先用1% SDS(含-巯基乙醇)变性，然后用稀释缓冲液(含1% SDS的裂解缓冲液)稀释5倍。连续稀释的裂解物排列在硝酸纤维素涂层载玻片(Grace Biolabs)2470年Aushon数组用验证过的抗体进行探测。信号通过TSA放大，通过DAB比色反应捕获。然后扫描，分析和量化幻灯片ArrayPro分析仪产生点强度。

• 2级数据

在一级数据基础上，采用单调递增b样条模型拟合各光斑强度稀释曲线SuperCurveR包。这是用一张幻灯片上的所有样本拟合的一条曲线，信号强度作为响应变量，稀释步骤作为自变量。拟合曲线以y轴为信号强度，x轴为蛋白质的log2浓度，用于诊断目的。

• 3级数据

基于Level 2数据，数据归一化处理如下:

1.计算所有样本中每种蛋白质的中位数。
2.从每个蛋白质的值中减去中位数(从步骤1中)。
3.计算所有蛋白质中每个样本的中位数。
4.从每个样本的值中减去中值(从步骤3中)。

• 4级数据

与任何其他生物分析一样，每个RPPA分析之间有批次差异。不可能直接结合原始或标准化(3级)蛋白质值。我们开发了一个基于复制的方法，结合RPPA数据从不同的幻灯片，我们称之为第4级数据。

支持

有关使用MCLP web应用程序的问题或支持，请联系小君博士李．
有关RPPA数据如何产生或抗体使用的问题，请联系夷陵路博士．
如有其他查询，请联系梁博士汉．

免责声明

这个web应用程序仅用于教育和研究目的。188bet体育网址