mbatch.
概述 | |
描述 | R包帮助评估和纠正批量效果。 |
发展信息 | |
GitHub. | MD-Anderson-BioInformatics / Mbatch |
语 | R. |
执照 | GPL(> = 2) |
地位 | 积极的 |
帮助和支持 | |
接触 | rehan akbani. |
讨论 | GitHub上的问题 |
MBATCH是一种统计工具,用于分析数据中批处理效果的存在。此工具用于生成TCGA批处理网站中可视化的数据。
要下载R包:
要查看应用于TCGA数据的MBATCH:
来自r命令行
帮助(包装=“mbatch”)
将列出此包的描述和公开的函数和类。
使用包加载,?MethodName将获得方法和类的帮助?ClassName将获得类的帮助。
R包开罗(http://www.reforge.net/cairo/)取决于开罗图形库。
请检查http://www.cairouraphics.org/适用于Windows和Linux先决条件。
我们为Linux 64位R1.13.x和R1.12.x和Windows 32 r1.13.x编译
install.packages(“开罗”)install.packages(“蒙语”)install.packages(“gtools”)install.packages(“壁球”)
rversion.< -当地的({rvers.< -getRversion.()粘贴(rvers.$rm,rvers.$闵, 九月=“。”)})Oomparepo< -当地的({Repohostname.< -“bioinformatics.mdanderson.org”OMPA.< -Sprintf.(“http://%s / Oompa /%s”,repohostname,rversion)名称(Oompa)< -“Oompa”OOMPA})install.packages(C(“Oompabase”那“classdiscovery”那“预处理”),回购=C(getOpti(“回购”),Oomparepo))
#<使用包文件更改为目录>#删除旧包(可选)r cmd删除mbatch#添加当前包r cmd安装mbatch_*。压缩
#<使用包文件更改为目录>#删除旧包(可选)r cmd删除mbatch#添加当前包r cmd安装mbatch_*。tar.gz.
请参阅mbatchsample.r文件。更改已在计算机上运行的Lasianir变量的值。