生物信息学与计算生物学系

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mbatch.

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概述
描述 R包帮助评估和纠正批量效果。
发展信息
GitHub. MD-Anderson-BioInformatics / Mbatch
R.
执照 GPL(> = 2)
地位 积极的
帮助和支持
接触 rehan akbani.
讨论 GitHub上的问题

mbatch.

MBATCH是一种统计工具,用于分析数据中批处理效果的存在。此工具用于生成TCGA批处理网站中可视化的数据。

要下载R包:

下载mbatch.

要查看应用于TCGA数据的MBATCH:

启动TCGA批处理网站

帮助

来自r命令行

帮助(包装=“mbatch”

将列出此包的描述和公开的函数和类。

使用包加载,?MethodName将获得方法和类的帮助?ClassName将获得类的帮助。

开罗先决条件

R包开罗(http://www.reforge.net/cairo/)取决于开罗图形库。

请检查http://www.cairouraphics.org/适用于Windows和Linux先决条件。

r版本

我们为Linux 64位R1.13.x和R1.12.x和Windows 32 r1.13.x编译

安装所需的包(R命令行)

install.packages(“开罗”)install.packages(“蒙语”)install.packages(“gtools”)install.packages(“壁球”
rversion.< -当地的({rvers.< -getRversion.()粘贴(rvers.$rm,rvers.$, 九月=“。”)})Oomparepo< -当地的({Repohostname.< -“bioinformatics.mdanderson.org”OMPA.< -Sprintf.“http://%s / Oompa /%s”,repohostname,rversion)名称(Oompa)< -“Oompa”OOMPA})install.packages(C“Oompabase”“classdiscovery”“预处理”),回购=CgetOpti“回购”),Oomparepo))

安装Mbatch Windows.

#<使用包文件更改为目录>#删除旧包(可选)r cmd删除mbatch#添加当前包r cmd安装mbatch_*压缩

安装Mbatch Linux.

#<使用包文件更改为目录>#删除旧包(可选)r cmd删除mbatch#添加当前包r cmd安装mbatch_*tar.gz.

示例代码

请参阅mbatchsample.r文件。更改已在计算机上运行的Lasianir变量的值。

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