lfspro.
| 概述 | |
| 描述 | TP53种系突变载体估计和癌症风险预测 |
| 发展信息 | |
| GitHub. | wwylab / lfspro. |
| 语言 | r，c ++ |
| 当前版本 | 2.0.0 |
| 平台 | 平台独立 |
| 执照 | gpl v3 |
| 地位 | 积极的 |
| 最近更新时间 | 2.0.0的新功能：LFSPRO.Mode被添加以替换LFSPRO以考虑癌症特异性和多发性癌症风险预测的额外公用事业。只需指定参数“mode”以调用所需的函数。 |
| 参考文献 | |
| 引用 | 彭，G.，Bojadzieva，J.，Ballinger，M. L.，Li，J.，Blackford，A.L.，Mai，P.L，萨维奇，S. A.，Thomas，D. M.，Strong，L. C.，...王，W。（2017）。利用LFSPRO估算锂呋树氏综合征的TP53突变载体概率。癌症流行病学，生物标志物和预防那26（6）837-844。https://doi.org/10.1158/1055-9965.epi-16-0695 Shin，S. J.，Ning，J.，Bojadzieva，J.，Sprent，L. C.和Wang，W.（2018）。李富植物综合征多发性癌症PENETRANCE估计的贝叶斯估计半运动复发事件模型。生物统计学那00, 1 - 16．https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxy066 Shin，S. J.，Yuan，Y.，Strong，L. C.，Bojadzieva，J.，Wang，W.（2018）。贝叶斯半甲酰均估计癌症特异性年龄 - 发病术治疗锂呋喃烯综合征。美国统计协会杂志那1-12．https://doi.org/10.1080 / 01621459.2018.1482749. |
| 帮助和支持 | |
| 联系 | 文义王 |
lfspro.
TP53种系突变是主要原因Li-Fraumeni综合征．这个方案是用来估计以下概率的:1)被咨询者是TP53种系突变携带者，2)被咨询者将来患任何癌症，3)被咨询者将来患乳腺癌、肉瘤或任何其他癌症，4)被咨询者根据他/她的家族癌症史将来患第一或第二原发癌症。该包还提供了使用LFS经典版本的函数1和chompret标准2那3.．
下载
苹果系统：lfspro_2.0.0.tgz.
注意:如果您在安装或下载软件包时遇到任何问题或问题，请让我们知道。
安装
下载R包后，对于Unix相似的系统在命令行中键入以下命令以安装包：
r cmd安装lfspro_2.0.0.tar.gz对于麦克斯：
r cmd安装lfspro_2.0.0.tgz适用于Windows，
r cmd安装lfspro_2.0.0.zip查看这里有关R包安装的详细信息。
有关如何安装R和LFSPRO包的详细信息，请检查文件在下面。
输入数据图
LFSPRO需要两个数据集作为输入。一个数据集存储谱系信息，另一个存储癌症信息。
家庭信息数据
家庭信息数据结构如下:
- FAM.ID：家庭ID
- ID：个人ID
- FID：父亲的身份证。如果个人是血统的创始人，请将他/她的父亲的身份证着为na。
- MID：母亲的身份证。如果个人是血统的创始人，请将他/她的母亲的身份证着为na。
- 性别：0：女;1：男性
- 年龄：如果个人活着，那是他/她目前的年龄。否则，这是死亡的年龄。
示例：对于如下所示的谱图，它可以存储在其右侧的家庭信息数据文件中：
血统
家庭信息数据示例
癌症信息数据
癌症信息数据存储有关癌症的以下信息：
- FAM.ID：家庭ID
- ID：个人ID
- CANDER.TYPE：根据NCCN指南1.2012 Li-Fraumeni综合征标准，我们将癌症分为11组，如下面。
- diag.age：当个人被诊断出癌症时的年龄。
例子：
癌症信息数据示例
包装说明
下面的代码简要说明了如何使用这个包。详细信息请查阅手册。
fam.id< -C（“FAM1”那“FAM2”那“FAM2”那“FAM2”那“FAM2”） ID< -C（1那1那2那One hundred.那200.）律师< -data.frame.(fam)。id, id)＃lfs经典标准lfsClassic (fam)。数据,癌症。数据、counselee.id)#Chompret标准LFSCHOMPRET2015（FAM.DATA，CAMMIS.DATA，CALSELEE.ID）＃“1st.all”预测携带TP53突变的可能性lfspro.mode（fam.data，cancer.data，辅导员，“1st.all”）＃“MPC”预测未来开发多个主要癌症的风险lfspro.mode（fam.data，cancer.data，辅导员，“MPC”）# " first .cs"预测未来患乳腺癌、肉瘤、其他癌症和死亡的风险lfspro.mode（fam.data，cancer.data，辅导员，“1st.cs”）输出
LFSPRO将输出每个咨询者的TP53突变携带者概率和/或未来癌症风险。
当模式为“1ST.All”时，它会为每个咨询者进行TP53突变概率。它是具有3个变量的数据帧：FAM.ID（家庭ID），ID（个人ID）和PP（辅导员是TP53突变载体的后概率）。
当模式为“1st.cs”时，它输出一个列表，其中包含TP53突变载体概率的数据框架，以及每个咨询人员患乳腺癌、肉瘤、其他癌症和死亡的未来风险列表。
当模式为“MPC”时，它输出TP53突变竞争概率的数据帧，以及对每个咨询者发育多发性癌症的未来癌症风险预测的数据帧。
'1st.cs'的输出
'MPC'的输出
文件
在这里，您可以为LFSPRO下载标准R文档。
参考
- 李FP，Fraumeni JF，Jr.，Mulvihill JJ，等。二十四所喜来的癌症家族综合症。癌症研究。188bet体育网址1988年9月15日; 48（18）：5358-5362。(返回)
- Chompret A，Abel A，Stoppa-Lyonnet D，等。P53种系突变筛选标准的敏感性和预测值。医学遗传学杂志。2001年1月; 38（1）：43-47。https://dx.doi.org/10.1136%2FJMG.38.1.43(返回)
- Tinat J，Bougeard G，Baert-Desurmont S，等。2009年版李Fraumeni综合征的Chompret标准。临床肿瘤学杂志：美国临床肿瘤学会官方杂志。2009年9月10日; 27（26）：E108-109;作者回复e110。https://doi.org/10.1200/jco.2009.22.7967(返回)