意识形图

介绍

IDE图提供了染色体的示意图。它们用于显示染色体的相对大小及其特征条形图。

我们开发了一个交互式观众，以显示人体染色体上所要求的基因和微稻草的位置。我们从不同的资源中收集了一组人癌癌和肿瘤抑制基因，可以选择在染色体上显示。

查看器特色

• 在Web浏览器中显示染色体IDEGOW
• 显示基因和/或MicroRNA标记和注释，了解基因符号列表和MicroRNA ID列表
• 显示染色体的子集
• 水平缩放和平移
• 链接基因符号和MicroRNA IDS注释对不同的资源：NCBI Entrez，Genecards，UCSC基因组浏览器和GeesMash
• 在单个染色体上选择基因组区域，并将符号记录到新窗口
• 在单个染色体上选择基因组区域，并在UCSC基因组浏览器中打开该区域
• 显示一组癌基因和抑制基因
• 拖动幻灯片控件以查看查看器的水平部分

特征描述

• 可以通过所有染色体和细胞瘤表意文字

• 要查看特定基因和/或MicroRNA，用户可以指定查询参数“GenElist1”，“GenElist2”（逗号分离的HGNC基因符号列表），“Mirlist1”和“Mirlist2”（逗号分离的MicroRNA IDS列表）到例如，将它们标记为染色体和显示注释Genelist1 = TP53＆GeneList2 = Erbb4和Mirlist1 = HSA-Let-7A-2和Mirlist2 = HSA-Let-7C。基因符号和标签的规范定义在传奇配色方案以下。

• User can define a color scheme for genes and microRNA IDs by specifying query parameters “genelist1color”, “genelist2color”, “mirlist1color”, “mirlist2color”, “genelistmcolor”, “mirlistmcolor” (Both a color name such as ‘Blue’ or a HEX value ‘#FF0000’ (URL-encoding %23 for a ‘#’ sign are fine.) For exampleMirlist2Color = Black＆GeneList1color =％23FFFF00。

• 查询参数“suppressLabel”可用于可选地打开/关闭标签。例如suppresslabel = true'真'，'false'，'是'，'否'，'1'，'0'是有效的值。

• 在Cytoband上嘲笑将显示其注释。左鼠标单击基因符号或MicroRNA ID以弹出一个菜单以查看不同的注释资源。

• 通过包括“染色体”查询参数，可以限制显示到染色体的子集。染色体= 2,17,10.允许染色体1至22和性别染色体x和y是允许的值。

• 用户可以使用鼠标滚轮或双击来缩放图表。用户可以通过使用鼠标滚轮或移位双击来缩小图表。或者，使用页面顶部的按钮，或者在识别表顶部的缩放指示器末尾的控制项。

• 使用重置按钮恢复原始缩放级别。

• 用户可以通过单击并拖动超代示域来平移图表。或者，将上下文矩形拖动在IFEGOW顶部的缩放指示器上。

• 要在染色体上选择一个区域：将鼠标光标移动到染色体上的位置，按Shift键，光标转向交叉发型，鼠标左下，移动光标选择您的兴趣区域，释放鼠标。如果所选区域内有符号，则菜单允许用户将符号复制到新窗口或打开UCSC基因组浏览器中的区域。

• 用户可以单击“托管”和/或“抑制器”传奇项目，以显示当前缩放电平的观众上的那些癌症基因。

• 观看者顶部的滑块表示屏幕上显示的观众部分。用户可以拖动滑块控件以查看查看器的水平部分。

显示基因标记和注释的一个例子：

在染色体上选择基因组区域的一个例子：

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数据源

• Cytoband信息从UCSC基因组浏览器中提取下载页面用于绘制IDEGOOW模板。该数据是指2009年2月的人类基因组组合（HG19，GRCH 37基因组参考联盟人权人参考37）。

• 从GenesMash Web服务中检索基因注释genesmash.

• 从这些资源中收集了人癌癌和肿瘤抑制基因的列表：细胞信号传导那维基百科oncogene.那维基百科抑制基因和癌症研究的出版物188bet体育网址Walker等人。。（见它补充表）。我们在房屋中策划和编译这些癌症基因名单。

Cytoband配色方案

每种细胞虫都具有染色颜色和带状图案。细胞遗传学条带还提供染色体结构特征的潜在预测。Idefograph Viewer使用与Biocumons的R包一致的Cytoband颜色，Biovizbase：Biovizbase.。

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传奇配色方案

基因和MicroRNA由观察者中的着色固体或虚线表示。

网站URL中查询参数的基因或MicroRNA ID：

• 来自基因主义者的基因显示为固体红线。
• 来自GenElist1的基因显示为固体红线。
• 来自GenElist2的基因显示为固体紫红色线。
• Mirlist1的MicroRNA ID显示为纯度深蓝线。
• Mirlist2的Mircrorna ID显示为稳固的天空蓝线。
• 来自GenEList1和GenElist2的基因显示为虚线红线。
• 来自Mirlist1和Mirlist2的基因显示为虚线蓝线。

来自数据文件的癌肠和抑制基因：

• 诱发剂显示为固体橙色线。
• 抑制基因显示为固体石灰绿线。

默认情况下，基因符号或MicroRNA ID的所有标签都在黑色文本中。如果基因来自参数列表并且是癌基因或抑制器，则标记为橙色（对于癌烯）或石灰绿色（用于抑制器）。

浏览器兼容性

此应用程序将不适用于所有互联网浏览器。我们在以下浏览器上测试了它：

• Firefox 25.0.
• Safari 6.0.
• Chrome 37.0.

如何捕获高质​​量的图像进行出版物

请参阅此页面如何捕获高质​​量的图像进行出版物

学分

荣耀，克里斯沃菲尔德，布拉德利扫帚。我们感谢Kevin Coombes为基因注释创建GenesMash Web服务。我们感谢UCSC Genome浏览器项目团队为提供Web资源下载Cytoband数据。

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