GeneClust S-Plus用户指南

基因剃须是一种将行为相似的基因群聚类的方法，这些基因的表达变化与观察到的生物学变化联系最紧密。其基本方法类似于观测到的主成分(奇异值分解、最大特征值等)，采用顺序扭转的方法:根据特征向量识别一个典型的“基因向量”，并根据与该向量的一致性对基因进行排序。然后剔除最坏拟合，确定并拟合一个新的正则向量。

GeneClust分布由Java前端和S-plus后端组成，后者调用各种C函数来实现统计方法。作为代理的伪终端应用程序接受来自Java前端的命令并返回来自S-plus的输出。

用户界面

Java应用程序可以处理原始数据或生成自己的数据。检查用户输入的信息的有效性。无效输入将导致违规字段在反向视频中显示。提供带有数字范围信息的工具提示。

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菜单

文件下拉菜单

File下拉菜单包含所有通用文件处理选项。

• 打开……:读取配置文件中的设置。
• 保存……:将当前设置写入配置文件。
• 辞职:退出应用程序。

帮助下拉菜单

Help下拉菜单包含所有提供使用应用程序基本帮助的选项。

• 概述:提供应用程序目的的高层次描述。
• 用户指南:通过浏览器显示该文档。
• 关于:提供关于应用程序本身的信息。

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输入/输出

• 环境变量：
  • GCHOME:安装的根目录。强制性的。
  • GCDATA:数据文件的默认目录。如果未设置，默认为$GCHOME/data directory。
  • GCOUTPUT:存放仿真输出文件的目录。如果未设置，默认为$GCHOME/output directory。
• 文件：
  • <设置> .cf:用于存储仿真设置的配置文件。
  • < >监督.clf:用于执行监督剃须的分类文件。
  • <功能> . tsv:包含tab分隔值的ASCII文件。
• 命令行激活：
  java
  • Dgeneclust.home=pathname指定与$GCHOME相同的东西
  • Dgeneclust.data=pathname指定与$GCDATA相同的东西
  • Dgeneclust.output=pathname指定与$GCOUTPUT相同的东西
  • Dsplus.home=pathname指定与$SHOME相同的东西
  • Dsplus.exec=splus_filename S-plus可执行文件的名称
  • java /政策/ GeneClust.policy Djava.security.policy =指定Java安全策略文件
  • jar的java /罐/ GeneClust.jar指定GUI应用程序存档
    [config_filename]指定在启动时打开的现有GeneClust配置文件

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