Geneclust R用户指南

描述

基因剃须是一种用于聚类基团的组，其表达变化最紧密地与观察到的生物学变化。基本方法类似于观察到具有顺序扭转的主成分（奇异值分解，最大特征值等）：基于特征向量鉴定规范的“基因载体”，并且基因根据它们与该载体的一致进行排名。然后“剃光”最贴塞，并鉴定新的规范载体。

Geneclust分布是基因剃须方法的denovo实现。Geneclust由三个组件组成：

• 一个接受和验证用户输入的Java前端。
• 用于执行统计方法的R或S-PLUS后端和用于生成图形输出。
• 一个伪终端应用程序，将Java前端链接到后端，从Java Frontend接受R命令并从后端进程返回状态输出。

用户界面

在调用应用程序之前，用户必须创建数据和输出目录，并将数据文件放在数据目录中进行分析。（这些目录名称可能被环境变量覆盖：请参阅下面的环境变量。）

数据必须存储在标签分隔的（TSV）文件中。它可以可选地包含包含列名称的初始标题线。第一列（所有行中）可以可选地包含行名称。

申请GUI由四个面板组成：

• 数据输入面板
• 剃须参数面板
• 显示选择面板，和
• 命令面板。

检查用户输入的信息是否有效性。无效的输入将导致突出显示的违规字段（黑色）。提供了数字范围信息的工具提示。

选择要处理的数据

要处理存储在标签分隔（TSV）文件中的数据，请选择文件数据在数据输入面板中的选项卡并完成文档名称该面板的字段。按下选择…按钮将弹出一个文件选择对话框，以简化选择正确的文件名。

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创建基因剃须集群

使用该字段指定所需的基因剃须参数剃须参数面板。如果百分率监督为零，将执行无人监督的剃须。否则，这是文档名称此面板中的字段必须包含正在分析的数据的有效分类文件。如果百分率监督是100，将完成全面监督，否则部分监督。

设置了适当的参数后，按下刮胡子按钮导入（或创建）要分析的数据并获得指定的群集数。

前端将创建一个后端R进程，发送IT命令以执行所请求的剃须，并显示将显示关于分析进度的信息监视器。当过程监视器显示时S解释器处理完成， 按结束模拟按钮销毁后端过程。如果后端过程未成功完成，请按结束模拟按钮随时打断分析并销毁后端过程。

显示和/或印刷基因剃须簇

后端过程成功完成后，可以显示或打印Geneshaving结果。可选地，还可以显示或打印原始数据矩阵和该矩阵（通过基因或样本）的分层群集。

注意：在此版本中，无法生成这些可选显示，直到后端过程已成功完成。

要显示所需的图形，请检查Geneshaving Clusters.复选框和显示选择中的任何其他复选框面板，然后按显示按钮。前端将调用后端R进程以生成所需的显示。查看显示屏后，按下结束模拟按钮销毁图形和后端过程。通过重复按下，图形可以根据需要显示多次显示按钮。

要打印所需的图形，请选中相应的复选框并按打印按钮。图形将作为封装的PostScript数字输出到具有.eps扩展的文件中的文件输出目录。

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菜单

文件下拉菜单

“文件挂例”菜单包含所有通用文件处理选项。

• 打开…：从配置文件中读取设置。
• 保存…：将当前设置写入配置文件。
• 放弃：退出应用程序。

帮助下拉菜单

帮助下拉菜单包含在使用该应用程序时提供基本帮助的所有选项。

• 概要：提供应用程序目的的高级描述。
• 用户指南：通过Web浏览器显示此文档。
• 关于：提供有关应用程序本身的信息。

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输入输出

默认情况下，Geneclust预计其输入将驻留在数据子目录中，并将存储所有结果输出子目录。

• 环境变量：
  • gcdata.：存在数据文件的替代目录。默认为。/数据目录如果未设置。
  • GcOutput.：应存储仿真输出文件的替代目录。默认为./output.目录如果未设置。
• 文件：
  • $ home / .geneclustrc：用户配置文件用于覆盖系统环境变量。
  • ./.geneclustrc.：用于覆盖系统和用户环境变量的配置文件。
  • <设置> .cf：配置文件用于存储模拟设置。
  • <设置> .clf：用于执行监督剃须的分类文件。
  • .tsv：ASCII文件，包含标签分隔值。

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