估计
| 概述 | |
| 描述 | 利用基因表达数据预测肿瘤纯度和肿瘤组织中浸润性间质/免疫细胞的存在的工具。 |
| 发展信息 | |
| URL | https://bioinformatics.mdanderson.org/estimate/ |
| 语言 | R(软件包)，DHTML(网站) |
| 当前版本 | 1.0.13 |
| 许可证 | GPL-2(包) |
| 状态 | 活跃的 |
| 最后一次更新 | 2016-09-26 |
| 新闻 | 截至2016年7月/ 8月，该高被引论文的被引量足以使其进入临床医学领域和出版年度学术领域的前1%。 |
| 参考文献 | |
| 引用 | Yoshihara K, Shahmoradgoli M, Martínez E, Vegesna R, Kim H, Torres-Garcia W, Treviño V, Shen H, Laird PW, Levine DA, Carter SL, Getz G, Stemke-Hale K, Mills GB, Verhaak R.(2013)。从表达数据推断肿瘤纯度、基质细胞和免疫细胞混合物。自然通讯，42612http://dx.doi.org/10.1038/ncomms3612 |
| 帮助和支持 | |
| 联系 | MDACC-Bioinfo-IT-Admin@mdanderson.org |
估计
ESTIMATE(使用表达数据估计恶性肿瘤组织中的间质和免疫细胞)是一种工具，用于预测肿瘤纯度，以及使用基因表达数据预测肿瘤组织中浸润性间质/免疫细胞的存在。估计算法基于单样本基因集富集分析，生成三个分数:
1)间质评分(捕捉肿瘤组织中间质的存在);
2)免疫评分(代表肿瘤组织中免疫细胞的浸润情况)
3)估计评分(推断肿瘤纯度)。
的网站显示所有TCGA肿瘤类型的评分。
浏览器的需求
预估网站兼容所有主要浏览器的最新版本，包括Chrome, Safari和Firefox。Javascript必须由浏览器启用。
使用
登录不Required -任何人都可以免费使用。
网站发布历史
- 版本2.0.0发表于2016-01-22，共25种疾病类型。
- 版本1.0.0于2013-05-23发布，包含10种疾病类型。
R包
2016年10月初，ESTIMATE R包被迁移到R- forge，可用在这里．
安装
R脚本:
库rforge <- "http://r-forge.r-project.org"安装。包(“估计”,回购= rforge,依赖关系= TRUE)免责声明
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