夹
| 概要 | |
| 描述 | 克隆结构通过惩罚成对差异 |
| 发展信息 | |
| GitHub. | wwylab / clip. |
| 语言 | Python（> 3.5.1） |
| 当前版本 | 0.1 |
| 执照 | 艺术（包） |
| 状态 | 活性 |
| 最近更新时间 | 2018/05/01 |
| 参考资料 | |
| 引文 | Kaixian Yu，Seng Jung Shin，Hongtu Zhu，Wenyi Wang，代表PCAWG演化与异质性工作组和整个基因组网络ICGC / TCGA泛癌分析。剪辑：来自全基因组测序数据的快速亚间架构重建。（2018） |
| 帮助和支持 | |
| 联系 | 文义王 |
| 讨论 | GitHub上的问题 |
剪辑是一种专为散装肿瘤样品的下一代螯合而设计的亚基识别工具。它是整个基因组（PCAWG）工作组，异质性和演化的泛癌分析中的11种参与方法之一，国际癌症基因组联盟（ICGC）。该方法在稿件中描述（参见引文）。
需要r（> 3.3.1）和python（> 3.5.1），脚本不支持Python2。
没有必要安装剪辑。
剪辑需要3个输入文件（请参阅示例数据以获取更多可视化的输入数据示例）：
SNV文件：包含4列的标签分隔文件，第一列表示染色体，第二个是SNV的位置，第三列记录ALT读取，最后一列表示REF读取。
CNV文件：包含5或4列的标签分隔文件，第一列表示染色体，第二个是CNV段的开始位置，第三列记录CNV段的结束位置。对于每个段的实际副本编号，剪辑可接受仅限总值或等位基因特定的副本编号。
纯度文件：包含纯度的纯度的文件或者通过剪辑校正将校正的估计。有关纯度问题的详细信息，请查看我们的稿件。