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虎鲸
| 概述 | |
| 说明 | TIGRA：一种针对断点组装的迭代图路由汇编程序 |
| 发展信息 | |
| 语言 | C++ |
| 当前版本 | 0.3.7 |
| 许可证 | GPL第3版 |
| 状态 | 已存档 |
| 上次更新 | 2013/06/29 |
| 工具书类 | |
| 引用 | 陈克、陈L、范克斯、沃利斯J、丁L、魏斯托克G。TIGRA：一种针对断点程序集的目标迭代图路由汇编程序。基因组研究e-Pub 12/4/2013.PMID:24307552。https://doi.org/10.1101/gr.162883.113 |
| 帮助和支持 | |
| 联系人 | 陈肯 |
Tigra是一种利用目标迭代图路由装配（Tigra）算法对结构变量进行目标局部装配的计算机程序。它作为输入，包含一组假定的SV调用和一组bam文件，其中包含映射到参考基因组的读取，例如NCBIBuild36。对于每个SV调用，它都会将映射或部分映射到相应bam文件中感兴趣区域（ROI）的读取集进行组合。tigra\uSV不输出单个一致序列，而是尝试在ROI中构造所有替代等位基因，只要它们获得足够的序列覆盖（通常>=2x）。它还利用输入文件中的变量类型信息来选择程序集的读取。Tigra在短读分析中能有效提高SV预测的准确性和分辨率，并能产生准确的断点序列，有助于了解SVs的起源、机制和病理学。
从TIGRA contig解码SV断点。使用TIGRA ext管道https://bitbucket.org/xianfan/tigra-ext
在unix shell上，使用tar-zxf来解除以下包的绑定。
最新版本：可在桶
源代码（39 Kb）
试验数据