TAD:组织阵列数据库

组织微阵列越来越重要的工具，将高通量技术带到传统的病理学实验室。在许多情况下，由熟练的病理学家评分组织微阵列的每个斑点并手动记录。组织阵列数据库项目是一个Web界面，自动录制分数并将其与临床数据联系起来以备将来的解释。

该项目包括一个基于web的前端应用程序和一个后端关系型数据库。基于网络的应用程序为调查人员、技术人员和护士提供了通过内部网访问数据库的集成权限。他们可以通过web浏览器轻松地输入、编辑、检索和可视化数组和幻灯片数据。并计划与第三方图像软件对接，将组织阵列信息与载玻片实际图像进行集成。关系数据库提供了一种机制来促进数据共享，同时维护数据完整性和安全性。它还合并和组织数据，以便数据可以很容易地检索、分析和用于支持研究。

该数据库将成为组织阵列研究的中央数据存储库。它将包含病人id，以便这个数据库上的信息可以连接到其他数据库。它包含由每个组织阵列组成的块和核心信息。它根据组织类型和项目对块和数组进行分类。它存储从数组中截取的幻灯片信息，以及调查人员对每张幻灯片的评分。计划使用第三方提供的API (Application Programming Interface，应用程序接口)将幻灯片的每个点链接到第三方软件生成的图像文件。易于访问的基于web的应用程序将为用户提供友好的用户界面和输入验证功能。它包括这些功能，如:输入/编辑新的组织类型，项目，块，数组，幻灯片。一旦创建了一个数组，用户可以可视化数组，并编辑每个复制或剪切数组到幻灯片和评分可视化幻灯片。

系统需求

数据库将安装在专用Windows 2000服务器上的Microsoft SQL Server 2000 (BiostatSQL, Pentium III, 512 MB RAM和33 GB硬盘空间，位于学院中心2楼的生物统计系)。基于web的前端应用程序将在Active Server Pages中开发，并将在位于Biostatistics (ACCG, Pentium III, 1gb RAM和17gb硬盘空间)的一台不同但类似的计算机上运行互联网信息服务(IIS)。它将支持主流浏览器(推荐使用微软的Internet Explorer 5.5及以上版本)。

下载

TAD可作为zipfile

安装

要开始使用TAD，请下载zip文件，解压缩它，并遵循安装说明。

TAD由SQL后端和ASP前端两部分组成。如果您能够读取这个文件，那么您可能已经成功地解压缩了源代码。要安装该软件，您需要一个SQL服务器来创建数据库，以及一个运行ASP的web服务器(如IIS)来创建界面。

1.创建SQL数据库:

(a)以系统管理员的身份连接到SQL服务器(因为你要创建一个数据库和用户)。您可能需要使用SQL客户端工具，如SQL查询分析器。

(b)连接到SQL服务器后，打开SQL_Script目录下的“TissueArray_Database.txt”文件，并执行(点击“run”)。该脚本应该创建数据库和所有表。它将向表中插入少量数据，包括名为“ta_user”的单个用户和“mark_def”表中的一些标记数据。

2.创建ODBC数据源:

(a)打开ODBC数据源控制，定义一个名为“TissueArray”的数据源，选择SQL驱动进行连接。

3.在你的web服务器可以找到的地方安装ASP页面。

这些说明假定您已经将源代码解压缩到该位置

C: \ TestAppl \ TissueArray

在Internet服务管理器中，定义一个名为“TissueArray”的虚拟目录，该目录指向此位置。界面首页的URL是:

http: \ \主机名\ TissueArray \ \用户名

其中，“hostname”是localhost或运行IIS的机器的名称。

4.打开您的web浏览器，指向正确的位置，并以“ta_use\”登录到应用程序，以测试应用程序。

文档

为了让您更好地了解TAD是如何工作的，我们准备了一个PowerPoint演示文稿包含一系列计划的屏幕截图。