生物信息学与计算生物学系

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概述
描述 报告和分析模板构建器（RATB）使用XML和R为高吞吐量'OMIC'数据集进行统计和生物信息分析来创建可重用的，结构化次要文件。
发展信息
URL. http://bioinformatics.mdanderson.org/ratb/templateBuilder/StartTemplate.cgi.
当前版本 2.1
最近更新时间 2009-03-12
帮助和支持
接触 mdacc-bioinfo-it-admin@mdanderson.org.

RATB：报告和分析模板建设者

报告和分析模板构建器（RATB）使用XML和R为高吞吐量'OMIC'数据集进行统计和生物信息分析来创建可重用的，结构化次要文件。

文件

使用renb.

使用ratb：http://bioinformatics.mdanderson.org/ratb/templateBuilder/StartTemplate.cgi.。

模板XML文档类型描述（DTD）文件

<？XML版本=“1.0”？><！元素模板（模板+）>><！元素模板（文件名，描述，参数）><！attlist模板类型（标题|拖车| qc |分析）#required><！元素文件名（#pcdata）><！元素描述（#pcdata）><！元素参数（项目*）><！元素项（#pcdata）><！attlist项目名称cdata #required><！attlist项目默认CDATA“”><！attlist项目长（是的|否）“否”>

示例XML模板文件

<？XML版本=“1.0”？><模板类型=“标题”>模板/ minimalhead.rnw.<描述>此RNW文件包含最小的乳胶标头。这包括\ documentclass和\ begin {document}命令，几乎没有别的。你真的不想使用这个标题;它只存在测试报表模板构建器的一些功能。<参数><项目名称=“标题”>报告的标题。<项目名称=“作者”>报告的作者。<项目名称=“日期”>报告准备的日期。

示例次reave（RNW）模板组件文件

%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%％此文件的最终版本生存在颠覆性中％存储库％$ url：http：//dqsbcb03/svn/krc-perlcgi-server-software-01/trunk/ratb/ratb/minimalhead.rnw $。％最新版本由$ author：krcoombes $％在$ DATE：2009-03-05 14:28:53 -0600（星期四，2009年3月5日）$。%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%\ DocumentClass.{文章}\标题{标题}\作者{作者}\日期{日期}\开始{文档}\ maketitle.

辅助材料

一些模板是指辅助数据或信息;那些储存在。/辅助的。

笔记

XML组件用于描述模板文件中的可替换参数;这些文件中的数据驱动rugb网站的构建。XML DTD文件非常简单。

它将“模板”文档类型定义为一个或多个“模板”对象的列表。每个'模板'包括：

反过来，“参数”形成“项目”对象的列表。“项目”的“名称”是模板文件中参数的名称。“项目”的内容描述了该参数的语义/解释。Optionally, a parameter ‘Item’ can have a ‘Default’ value, and a yes/no indicator of whether it is ‘Long’ (and so needs an entire text area in a form) or not (and so can fit into a smaller text field).

实际模板文件准备好作为续订文件。Sweave是一种工具，将R统计编程环境与乳胶排版系统相结合。该组合提供了一种用于进行可重复研究的强大工具。188bet体育网址

应将模板文件分类（在XML'模板'条目的“类型”属性中）作为四种类型之一：'标题'，'拖车'，'qc'或'分析'。（在我们的模板中，预处理步骤包含在“QC”下。）这些类型用于组织网站上的布局。一个完整的填充模板文件包括一个标题，一个处理器，它是“qc”或“分析”和一个“拖车”。因此，大多数实际分析模板都是在没有乳胶前导码的情况下构建的，或者开始{文档}或\结束{document}命令。