Cromwell：为Cromwell选择门槛

Cromwell是我们用于质谱蛋白质组学数据低层次处理的算法的实现。克伦威尔使用未抽取的离散小波变换去噪光谱;一个关键参数是用于去噪的阈值。我们开发了图形工具来帮助用户做出这一决定。

包

下载包中有以下Matlab .m函数文件:

• sizerprep.m.：此功能平滑原始频谱强度，并以矩阵形式返回信息。
• sizerPlot.m：该功能产生包含从“无限平滑”光谱的光谱偏差的热图以及原始光谱的叠加以及对应于最小和最大显示的阈值的平滑。

下载

我们提供了一个自述文件和在zip文件中的两个matlab脚本。

安装

请设置MATLAB路径以包含包含脚本的目录。您可以查找有关如何执行此操作的说明这里。

文件

此文档包含在下载包的Readme文件中。

该包由两个MATLAB函数组成，用于帮助用户使用克伦威尔包选择小波去噪的阈值。

[1]函数[平滑，阈值] = sizerprep（Inten，阈值，无穷大）此功能采用三个输入Inten =原始频谱强度阈值=阈值设置的向量应用（默认= 4：100）Infinity =一个非常大阈值设置（默认= 1000）输出由两个平滑的对象组成，该对象是包含所有阈值的平滑光谱的矩阵是阈值的向量，输出可以用作相应的绘图例程，Sizerplot的输入。[2]函数Sizerplot（SPED，平滑，阈值，SML，范围）此功能的输入是SPEC = RAW强度频谱平滑=来自SizerPrep阈值的平滑光谱矩阵=来自SizerPrep SML的阈值的向量=应显示范围的阈值=显示函数的频谱时间点的向量返回输出。相反，它产生了一种曲线图，其中包含来自“无限平滑”光谱的光谱偏差的热图，以及原始光谱的叠加和对应于最小和最大显示的阈值的平滑。

用法例子

第一个脚本的输出被用作第二个输入，以及显示范围。非典型输出显示如下。横轴是频谱中的时间指数;热图的垂直轴是TE阈值。颜色表示光谱（在该阈值水平）从被覆盖的白色曲线表示的“无限”平滑光谱的偏差。原始频谱以黑色覆盖，以及对应于最小（以红色）和最大（以绿色）显示的阈值相对应的平滑曲线

执照

Cromwell受版权保护的MD Anderson癌症中心;考虑到Cromwell是来自学术机构的自由软件，许可细节很简单。

这是"克伦威尔"质谱分析包。使用条件:版权所有(c) 2003, 2004 UT MD Anderson癌症中心。保留所有权利。这个软件是分发和授权给你在一个非独占的基础上，免费的。在满足以下条件的情况下，允许以源代码和二进制形式重新发布和使用，无论是否进行修改:再发布源代码必须保留上述版权声明、本条件列表和以下免责声明。2.以二进制形式再发布必须复制上述版权声明、本条件列表和以下免责声明在文件和/或与发布一起提供的其他材料中。3.本产品包括由德克萨斯大学安德森癌症中心(休斯顿)及其贡献者开发的软件。 4. Neither the name of the University nor the names of its contributors may be used to endorse or promote products derived from this software without specific prior written permission. THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY UNIVERSITY OF TEXAS MD ANDERSON CANCER CENTER, HOUSTON, TEXAS, AND CONTRIBUTORS AS IS AND ANY EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL MD ANDERSON OR CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL, EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR PROFITS; OR BUSINESS INTERRUPTIONS) HOWEVER CAUSED AND ON ANY THEORY OF LIABILITY, WHETHER IN CONTRACT, STRICT LIABILITY, OR TORT (INCLUDING NEGLIGENCE OR OTHERWISE), PRODUCT LIABILITY, OR OTHERWISE ARISING IN ANY WAY OUT OF THE USE OF THIS SOFTWARE, EVEN IF ADVISED OF THE POSSIBILITY OF SUCH DAMAGE.