BayesMix

BayesMix是一个计算机软件,一套R函数与一个图形用户界面和C例程,它可以作为一种工具来执行基于模型的推理用于微分基因表达,用非参数贝叶斯混合概率模型的分布强度在不同条件下的基因。为了便于比较，也采用了Efron的经验贝叶斯方法(JASA, 2001)。该包可以用于任何涉及大量连续结果的多重比较的一般研究问题。188bet体育网址

该包产生大量的图和表，用户可以:

1. 估计具有完全后验不确定性的每个基因的差异基因表达的概率
2. 估计不同错误发现率水平的显著差异基因的总数，使用自动贝叶斯多样性调整
3. 可以轻松地对多个基因进行联合推断

下载

当前基于Un*x的版本是0.8.8，从2003/08/15开始可用。下面是一些下载各种二进制包的链接。源代码包目前还没有公开，因为它仍在编写中。下面是支持的平台。

• Sun Solaris 2.8
• 康柏Tru64 4.0度
• RedHat Linux 7.1 (IA32)
• SuSE Linux 8.0 (IA32)
• Mac OS X 10.2 (Jaguar)
• Windows 98, 2000, XP

系统需求

• R1.7.1上或晚
• R标准插件包:
  • modreg
  • 样条函数
• JRESE 1.3.1及以上版本

文档

贝叶斯混合用户指南

学分

• Kim-Anh做博士
• 布拉德利扫帚,博士。
• 彼得•穆勒博士。
• Sijin温
• 保罗·罗巴克
• Spyros经验

参考文献

Do Kim-Anh, Peter Müller, Feng Tang(2003)。
差异基因表达的贝叶斯混合模型。
技术报告，生物统计学系，德克萨斯大学/MD安德森癌症中心

Bradley Efron, Robert Tibshirani, John D. Storey, Virginia Tusher(2001)。
微阵列实验的经验贝叶斯分析。
美国统计协会杂志，第96卷，第456期，第1151-116页