存档的软件

以下是生物信息学系和计算生物学部提供的存档软件和服务。这些工具受到德克萨斯州长安德森大学和癌症中心的个体员工的版权，帮助发展它们。他们可以自由地用于个人使用研究项目;188bet体育网址但是，任何希望使用它们或修改商业项目中使用的人都应该联系技术商业化办公室。

• 贝叶斯混

  使用非参数贝叶斯混合概率模型对差分基因表达进行基于模型的推断的工具，用于在不同条件下分布基因强度的概率模型。

• BREPA.

  通过成对对齐的断点分辨率

• 克伦威尔

  Cromwell是一组Matlab脚本，用于质谱蛋白质组学数据的低级处理。Cromwell依赖于未定义的离散小波变换来去噪光谱。

• 微阵列Go Browser.

  Go Browser是一种用于基因表达微阵列数据的探索性分析的工具

• OMPA.

  Oompa是一种面向对象的微阵列和蛋白质组学分析库，使用S4类实现并与生物导体兼容。

• 完美的一对

  该程序分析了Affymetrix Inc.产生的寡核苷酸。它使用位置相关的最近邻（PDNN）模型从文件计算基因表达水平。

• 普拉达

  普拉达是分析配对结束RNA-SEQ数据的管道，以产生基因表达值（RPKM）和基因融合候选者。

• rat

  报告和分析模板构建器（RATB）使用XML和R创建可重用的，结构化的续订文件，用于高吞吐量OMIC数据集的统计和生物信息分析。

• 结果观众

  浏览器数据库查询用于微阵列实验的数据分析结果。

• 火箭

  火箭是一组Perl脚本和模块，用于确认在我们的核心实验室中测序的克隆与供应商提供的注释相匹配。

• 序列质量检查

  该服务提供了一种工具来预测序列是否表示具有功能性产品的真实基因或可能是序列的污染/转录噪声，或快速格式中的序列列表。

• 塔

  TAD包括一个主动服务器页面Web界面到关系SQL数据库，可自动化组织微阵列记录分数并将其与临床数据联系起来以备将来的解释。

• Tigra.

  TIGRA：用于断点组件的目标迭代图路由汇编程序

• WFMM.

  基于小波的功能混合模型。Markov Chain Monte Carlo（MCMC）基于MAKESIAN小波的功能混合模型程序