生物信息学与计算生物学系

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可用软件

以下是生物信息系和计算生物学部提供的软件和服务。这些工具受到德克萨斯州长安德森大学和癌症中心的个体员工的版权，帮助发展它们。他们可以自由地用于个人使用研究项目;188bet体育网址但是，任何希望使用它们或修改商业项目中使用的人都应该联系技术商业化办公室。

特色软件

 genesmash.是关于人类基因的各种信息来源的捣碎，包括NCBI entrez基因FTP位点，UCSC基因组浏览器，MiRBase和来自制造商网站提取的人类基因表达阵列注释。使用genesmash.
TCPA是一种全面的基于网络资源，用于访问，可视化和分析癌症功能蛋白质组学。
 下一代（聚类）热图是一种基于Web的工具，用于显示带有统计信息，数据库和其他相关分析的链接的缩放（集群）的热映射。他们现在拥有更快，更动态的接口和建立NG-CHM的工具星系生物信息学平台。
 晒黑是癌症中LNCRNA的交互式探索的开放式资源。
 脾脏eSQ.提供一种快速，易于研究下一代mRNA序列数据中的替代mRNA剪接的方法。TCGA脾脏eSQ.是一种基于网络的工具，用于探索数千个TCGA样本中的替代拼接。
 TCGA批处理工具V2提供针对TCGA数据集的图解和统计分析，用于识别和纠正系统偏差，如趋势和批量效果。
 SOS（脚本的脚本）包括这一点SOS Polyglot笔记本和SOS工作流引擎，用于交互式数据分析和批处理数据处理的多语言环境。
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所有软件

  • BM-MAP.

    一种强大的生物信息学软件工具，用于精制下一代测序（NGS）读取映射

  • 分解

    异质肿瘤样品中的击穿基因分型SVS

  • 沉降

    用于识别来自RNA-SEQ数据的基因融合的计算管道。

  • 突发事务所

    BREACTRANS将基因融合映射到癌细胞中的基因组结构

  • 坎德拉

    Candra是一种计算机程序，预测癌症型特定驾驶员畸变突变

  • 夹子

    克隆结构通过惩罚成对差异

  • 黛西

    具有来自RNASEQ或微阵列平台的表达数据的两种组分的异质肿瘤样品的细胞类型特异性去卷积

  • 毒品比例

    DrubBase为药物目标交互数据库提供了宁静的界面。

  • 达克斯

    Dyce是用于使远程用户能够访问高级计算建模和分析工具的服务器，并直接在浏览器中查看分析结果。

  • 估计

    用于预测肿瘤纯度的工具，以及使用基因表达数据在肿瘤组织中存在渗透基质​​/免疫细胞。

  • amdenovo.

    使用家族史数据估算种系突变的概率是de novo。

  • Famseq.

    Famseq是一种计算工具，用于计算基于家庭的测序数据中变体概率的计算工具。

  • 脆性

    裂变是癌症中躯体突变的实验证据职能影响的综合数据库。

  • geneclust.

    Geneclust是一种用于基因表达微阵列数据的探索性分析的工具。可用的实现包括S-Plus和R包，用于在您的计算机上安装，以及用于较小数据集的浏览器分析的JavaScript版本。

  • genesmash.

    GenesMash是关于人类基因的各种信息来源，包括NCBI Entrez基因FTP位点，UCSC基因组浏览器，MiRBase和来自制造商网站提取的人类基因表达阵列注释。使用genesmash.

  • 意识形图

    用于观察人染色体上基因的位置和注释的交互式工具。

  • lfspro.

    TP53突变是Li-Fraumeni综合征的主要原因。该套餐旨在估计顾问是在他/她的家庭癌症历史的基础上的概要态度。我们还包括包中的LFS Classic和Chompret标准。

  • mbatch.

    R包帮助评估和纠正批量效果。

  • MD安德森细胞系项目（MCLP）

    MCLP提供了用于访问，可视化和分析癌细胞系的功能蛋白质组学的综合资源。

  • 沉思

    用于下一代测序数据中的肿瘤正常配对样本的体细胞点突变呼叫者。

  • 下一代（聚类）热图（NG-CHM）

    缩放（集群）热图，具有统计信息，数据库和其他相关分析的链接。这是软件的版本2，具有更快，更动态的接口和构建NG-CHM的工具星系生物信息学平台。

  • 途径网

    途径，基因，定向基因相互作用的开放式集成API，以及具有数据传感器的基因本体。

  • rdriver.

    将多个OMIC数据相关联用于癌症中司机突变预测

  • ribo-tish.

    Ribo-SEQ数据驱动的翻译发起网站猎人

  • Sammi.

    SAMMI（半自动代谢地图Illustrator）是一种基于Web的基于Web的工具，用于可视化代谢网络和相关数据。

  • 样本尺寸

    用于计算检测微阵列实验所需的样本数量的工具。（使用样品尺寸）

  • 脚本的脚本

    SOS Polyglot笔记本和SOS工作流引擎，用于交互式数据分析和批处理数据处理的多语言环境。

  • 脾脏eSQ.

    用于研究下一代mRNA序列数据中替代mRNA剪接的工具

  • 亚克力重建

    克隆结构通过惩罚成对差异

  • 超级诊断

    Supercurve是一个独立的包装，用Oompa捆绑在一起，为反相蛋白阵列分析提供工具。

  • SURVNET.

    该服务提供了一种生物信息管理Web应用程序，用于识别与患者生存数据最相关的基于网络的生物标志物。使用survnet.。

  • swakk.

    该服务提供了一种生物信息管理Web应用程序，用于使用滑动窗口替换率分析在蛋白质中进行阳性选择。使用swakk.。

  • TCGA批量效果

    使用不同的测序中心和技术，通过从不同组织源位点获得数据集来研究不同类型的癌症的癌症基因组阿特拉斯（TCGA）。数据集有时可以根据它来自的批处理偏见。TCGA批处理工具提供了不同TCGA数据集的预先计算的图形注释，允许用户在数据集中屏幕屏幕偏置。

  • TCGA脾脏eSQ.

    TCGA脾脏eSQ对33种不同肿瘤类型的数千种TCGA癌症样品中的替代MRNA分析。可以查询，以图形显示和下载所有基因的所有可能剪接事件的值的值百分比拼接。

  • 癌症中非编码RNA的图谱（Tanric）

    癌症中LNCRNA互动探索的开放式资源。

  • 癌症线粒体地图集（TCMA）

    用于访问，可视化和分析癌症线粒体基因组数据的综合资源。

  • 癌症蛋白质组阿特拉斯（TCPA）

    用于访问，可视化和分析癌症功能蛋白质组学的综合资源。

  • 横轮

    Transvar是一种用于遗传元素和遗传变异的多途注册器。

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