补充

以下是特定的补充，其可能包括由MD安德森研究人员发布的稿件的数据，表，数据和/或分析代码：188bet体育网址

• PanCan 11
  支持本文的补充数据：癌症基因组图集的泛癌蛋白质组学观点，由Akbani R，NG PKS，Werner HMJ等。自然通信2014；5：3877。

• 潘坎12亚型
  支持本文的补充数据：12癌型癌症类型的多层形分析显示出原产地组织内部和跨越组织的分子分类， Hoadley KA, Yao C, Wolf DM等，细胞2014；158（4）：929-944。

• 化学敏感和细胞系
  支持本文的补充数据：从细胞系中衍生化学敏感性：法医生物信息系统和高通量生物学的可重复研究188bet体育网址，通过Baggerly Ka和Coombes Kr，应用统计数据2009；3（4）：1309-1334。

• 胶质母细胞瘤中的替代剪接
  补充数据集支持本文：利用外显子表达阵列的胶质母细胞瘤中异常前肌的全局分析，张HC, Baggerly KA, Tsavachidis S, Bachinski LL, Neubauer VL, Nixon TJ, Aldape KD, Cote GJ, Krahe R.这些包括CEL文件适用于24个胶质母细胞瘤样品（拉链550Mb左右）那CEL文件为12个正常脑样本（拉链大约266MB）， 和具有文件名和肿瘤/正常状态的文本文件（1K）。

• 地形标准化
  补充数据集，包含支持论文的代码和数据:逆相蛋白阵列的地形标准化，由Neeley Es，Baggerly Ka，Kornblau SM。

• 用于变斜率归一化的RPPA数据
  补充数据集，包含代码和临床和RPPA蛋白数据支持的论文：反相蛋白阵列的可变斜率标准化，由Neeley Es，Kornblau Sm，Coombes Kr，Baggerly Ka。

• AML中的RPPA数据
  补充数据集，包含256例新诊断AML患者的临床和RPPA蛋白数据，以支持本文：AML的功能蛋白质组学分析预测反应和生存，作者Kornblau SM, Tibes R, Qiu YH, CHen W, Kantarjian H, Andreeff M, Coombes KR, Mills GB。血,出现。

• 运行批量效应和卵巢癌
  完整的源代码和结果进行分析：运行批量效应可能会损害卵巢癌的基因组织的有用性，Byberly Ka，Neeley Es，Coombes Kr。中华肿瘤防治杂志。2008；26（7）：1186-1187。德国队等人。回复了我们的通信。我们自己的回复他们的回复会发布在我们的附录到我们的第一个网站。

• （IR）化学制剂的再现性
  完整的源代码和结果进行分析：微阵列：回溯步骤，由Coombes Kr，Wang J，Baggerly Ka。自然医学。2007；3（11）：1276-1277。（原名：基于NCI60细胞系的基因组特征，不能患者对化疗的反应进行患者。）Potti和Nevins回复了我们的通信。我们可以在我们的回复中找到他们的回复附录到我们的第一个网站。

• 微环境基因列表
  补充表：转移性人胰腺癌细胞的基因表达谱取决于器官微环境，通过NajamuRa T，LiDler IJ，Coombes Kr。癌症res。2007；67：139-48。

• 基于小波的功能混合模型
  补充材料，包括Metroplis-Hastings和一些MCMC跟踪图的描述，适用于基于小波的功能混合模型由莫里斯和卡罗尔。

• Unigene Affiliation.
  基因序列签名的补充材料通过开采UNIGENE联盟网络，张J，张L，Coombes KR。生物信息学。2006；22:385 - 91

• 低密度阵列的QRT-PCR验证
  补充数据和数据使用MicroFluidlow-Lifity阵列验证寡核苷酸微阵列数据：一种统计Rimert-PCR数据的新统计方法， Abruzzo LV, Lee KY, Fuller A, Silverman A, Keating MJ, Medeiros LJ, Coombes KR。生物技术。2005；38:785 - 92

• 胰腺癌中大峰列表
  补充表S1：用于诊断胰腺癌的血浆蛋白质分析显示出宿主反应蛋白的存在。作者：Komen Jm，Shih Ln，Coombes Kr，Li D，Xiao Lc，Fidler IJ，Abbruzzese JL，Kobayashi R.临床癌症res.。2005；11：1110-1118。

• 峰值检测MALDI使用平均光谱
  使用平均光谱对生物医学应用中的质谱数据进行特征提取和定量的补充材料，由Morris JS, Coombes KR, Kooman J, Baggerly KA和Kobayashi R。生物信息学2005；21:1764 - 75。

• 使用LCMS进行诊断蛋白发现蛋白水解肽靶向
  补充材料：使用蛋白水解肽靶向和鉴定的诊断蛋白发现，由John M. Komen，Haitao Zhao，Donghui Li，James L. Abbruzzese，Keith A. Baggerly，Ryuji Kobayashi。质谱中的快速通信那2005；18：2537-48。

• 再现性的SELDI-TOF
  补充材料，包括MATLAB和PERL代码以及附加数字陪伴血清中Seldi-TOF蛋白质模式的再现性：不同实验的数据集，搭乘袋鼠，莫里斯js，coombeskr。生物信息学2004；20:777 - 85

• 噪声中的信号
  补充材料，包括MATLAB脚本和加工数据，伴随噪声信号：评估卵巢癌血清蛋白质组学试验的再现性，由Baggerly Ka，Edmonson SR，Morris JS，Coombes Kr。endocr Relat癌症。2004；11：583-4

• 加工蛋白质组学谱，版本1
  补充剂：通过表面增强的激光解吸和电离，通过Coombes Kr，Fritsche HA JR，Clarke C，Chen Jn，Baggerly K，Morris JS，Xiao LC，Hung Mc，Kuerer HM。Clinchem.。2003；49：1615-23

• 在Sage中的图书馆变异之间
  补充剂：SAGE中的差异表达：在图书馆变异之间正常，通过Baggerly Ka，Deng L，Morris Js，Aldaz Cm。生物信息学。2003；19：1477-83。

• Camda 2001补充
  我们在Camda 2001演讲的补充材料

• PCANOVA.
  描述PCANOVA方法用于评估微阵列数据中存在的基团结构的数量。

• EGFR.signature.zip
  EGFR.Signature的补充材料。