公共数据集
本网站是MD安德森研究人员收集和分析的选定数据集的存储库。我们已经尽力提供了合理的解释。用于分析这些数据的某些工具也张贴在下面软件．
请注意，已发表论文的补充数据集可在补充页面。
TCGA标准化数据
我们提供标准化和版本化的快照TCGA数据站点的“开放访问HTTP目录”中的TCGA Level 3数据。TCGA数据经过了“标准化”过程，并转换为标准格式，包括以样本为列的矩阵和“基因等效物”(如基因符号、探针id和miRNA id)作为行标签。
老公共数据集
以下数据已过时。我们提供它是出于历史原因。
- 克伦威尔蛋白质组学软件包的数据(约2005)。
- 用于分析乳腺癌微阵列数据的数据和代码．
- 19种乳腺癌细胞系的CEL文件．
- 微阵列数据．
补充王杰，Coombes KR, Highsmith WE, Keating MJ, Abruzzo LV．B细胞慢性淋巴细胞白血病和正常B细胞之间的基因表达差异:三项微阵列研究的荟萃分析生物信息学。2004;20:3166 - 78。 - MDA133:临床数据和dChip MBEI值文件
补充:Hess等，乳腺癌术前紫杉醇、5-氟尿嘧啶、阿霉素和环磷酰胺化疗敏感性的药物基因组预测器，《临床肿瘤杂志》，2006年24(26)。该文件的最新版本包括82例患者的“分子类别”信息。 - 预测器训练和验证数据集的CEL文件
补充:Hess等，乳腺癌术前紫杉醇、5-氟尿嘧啶、阿霉素和环磷酰胺化疗敏感性的药物基因组预测器，《临床肿瘤杂志》，2006年24(26)。 - 39个有复制基因表达数据的样本。zip复制RNA杂交
补充数据:Anderson K, Hess KR, Kapoor M, Tirrell S, Courtemanche J, Wang B, Wu Y, Gong Y, Hortobagyi GN, Symmans WF, Pusztai L.。基于基因表达特征的预测在重复实验中的再现性。临床癌症研究2006;12:1721-7。 - MDACC-FNA-CBX-74的CEL文件
这个zip文件包含以下的CEL文件和样本匹配信息:Bianchini, G。,气,Y。,阿尔瓦雷斯,r.h.合著,Iwamoto, T, Coutant, C,易卜拉欣N.K,瓦莱罗能源,V, Cristofanilli博士,,绿色,司仪,Radvanyi, L, Hatzis, C, Hortobagyi, G.N,安德烈,F。,詹尼·,L, Symmans, W.F. Pusztai, L .分子解剖在雌激素受体阳性乳腺癌间质及其预后价值和负面的癌症,临床肿瘤学杂志，2010年8月30日之前在线发表。 - Pusztai等，2004年
该数据集由620个样本和QC SELDI光谱组成，Pusztai等人，“接受新辅助或辅助化疗的乳腺癌患者化疗前和化疗后血浆样本的药物蛋白质组学分析”，癌症2004;100:1814 - 1822。研究总结:在I - III期乳腺癌患者接受紫杉醇或FAC(5-氟尿嘧啶、阿霉素和环磷酰胺)化疗前和化疗后，测量NAF血浆中的蛋白质组学变化，以衡量化疗的反应。研究人员还采集了健康女性的样本，以帮助确定与乳腺癌相关的蛋白质标记物。完整的抽象 - 用于方法开发和比较的模拟蛋白质组学光谱，Morris等。
在我们关于用平均谱来找峰和定量，我们模拟了数百个蛋白质组学数据集。我们利用模拟数据比较了两种不同处理算法的结果。这些数据集可以在这里使用，这样其他人就可以将他们的算法与我们的算法在一个标准数据集上进行比较，在这个标准数据集上，每个频谱的真实峰值是什么。