可用的软件
以下是由生物信息学和计算生物学系提供的软件和服务。这些工具的版权归德克萨斯大学MD安德森癌症中心和癌症中心帮助开发这些工具的员工个人所有。供个人在研究项目中免费使用;188bet体育网址然而，任何希望使用或修改它们用于商业项目的人应该联系技术商业化办公室。特色的软件
所有的软件
- BM-Map
一个强大的生物信息学软件工具精炼下一代测序(NGS)读图
- 分解
异质性肿瘤样本的分解基因分型SVs
- BreakFusion
从rna seq数据识别基因融合的计算管道。
- BreakTrans
BreakTrans将基因融合映射到癌细胞的基因组结构
- CanDrA
CanDrA是一种预测癌症类型特异性驱动错义突变的计算机程序
- 剪辑
通过惩罚两两差异来鉴定克隆结构
- DeMixT
利用RNAseq或微阵列平台的表达数据对含有两或三个成分的异质性肿瘤样本进行细胞类型特异性反卷积
- drugBase
drugBase为药物靶标相互作用数据库提供RESTful接口。
- DyCE
DyCE是一个允许远程用户访问高级计算建模和分析工具并在浏览器中直接查看分析结果的服务器。
- 估计
利用基因表达数据预测肿瘤纯度和肿瘤组织中浸润性基质/免疫细胞的存在。
- Famdenovo
利用家族史数据估计一种种系发生新变异的概率。
- FamSeq
FamSeq是一个计算工具，用于计算基于家族的测序数据的变异概率。
- FASMIC
FASMIC是一个基于实验证据的癌症体细胞突变功能影响的全面数据库。
- GeneClust
GeneClust是一种用于基因表达微阵列数据探索性分析的工具。可用的实现包括用于安装在您的机器上的S-plus和R包，以及用于在浏览器中分析较小数据集的Javascript版本。
- geneSmash
geneSmash是关于人类基因的各种信息来源的混合体，包括NCBI Entrez基因FTP网站、UCSC基因组浏览器、miRBase和人类基因表达阵列注释，这些信息都是从制造商的网站上提取的。使用geneSmash
- IdeogramViewer
在人类染色体上查看基因的位置和注释的交互式工具。
- LFSPRO
TP53突变是Li-Fraumeni综合征的主要原因。该软件包旨在根据咨询师的家族癌症史来估计其携带TP53突变的可能性。我们还在包中包含了LFS classic和Chompret标准。
- MBatch
R包，以帮助评估和纠正批量效果。
- MD Anderson细胞系项目(MCLP)
MCLP为获取、可视化和分析癌细胞的功能蛋白质组学提供了一个全面的资源。
- 缪斯女神
体细胞点突变呼叫下一代测序数据肿瘤-正常配对样本。
- 下一代(集群)热图(NG-CHM)
带有统计信息、数据库和其他相关分析链接的可缩放(集群)热图。这是该软件的第2版，具有更快、更动态的界面和用于在星系生物信息学平台。
- 通路网络
一个开放使用的集成API的途径，基因，定向基因相互作用，和基因本体与数据版本的起源。
- RDriver
关联多组数据，以准确预测癌症的驱动突变
- Ribo-TISH
Ribo-seq数据驱动翻译起始站点Hunter
- 三美
SAMMI(半自动代谢地图插图)是一个基于web的可视化代谢网络和相关数据的工具。
- 样本大小
一种计算用于微阵列实验检测表达变化所需样本数量的工具。(使用样本大小)
- 脚本的脚本
SoS通晓多种语言的笔记本和SoS工作流引擎，一个用于交互数据分析和批处理数据的多语言环境。
- SpliceSeq
在下一代mRNA序列数据中研究替代mRNA剪接的工具
- Subclonal重建
通过惩罚两两差异来鉴定克隆结构
- SuperCurve
SuperCurve是一个与OOMPA捆绑的独立软件包，它提供了用于分析反相蛋白阵列的工具。
- SurvNet
这项服务提供了一个生物信息web应用程序，用于识别与患者生存数据最相关的基于网络的生物标记。使用SurvNet。
- SWAKK
这项服务提供了一个使用滑动窗口替代率分析的蛋白质阳性选择的生物信息web应用程序。使用SWAKK。
- TCGA批处理效果
癌症基因组图谱(TCGA)项目通过使用不同的测序中心和技术，从不同的组织来源获取数据集，研究不同类型的癌症。数据集有时会有偏差，这取决于它来自的批处理。TCGA批处理效果工具为不同的TCGA数据集提供了预先计算的图形注释，允许用户在数据集中筛选批处理偏差。
- TCGA SpliceSeq
TCGA SpliceSeq对33种不同肿瘤类型的数千份TCGA癌症样本的mRNA剪接进行了分析。可以查询、图形化显示和下载所有基因的所有可能拼接事件的百分比拼接值。
- 癌症中非编码RNA图谱(TANRIC)
一个开放的资源交互探索lncrna在癌症。
- 癌症线粒体图谱(TCMA)
一个全面的资源访问，可视化，和分析癌症线粒体基因组数据。
- 癌症蛋白质组图谱(TCPA)
一个全面的资源访问，可视化和分析癌症功能蛋白质组。
- 可变定向耦合器
TransVar是一个多途径注释遗传元素和遗传变异的工具。