补充微阵列数据

参考

Wang J, Coombes KR, Highsmith WE, Keating MJ, Abruzzo LV。B细胞慢性淋巴细胞白血病和正常B细胞基因表达的差异:三项微阵列研究的荟萃分析。生物信息学。2004年11月22日;20(17):3166-78。

数据集

1. 淋巴芯片玻璃阵列数据由罗森沃尔德et al。可从斯坦福大学微阵列数据库．为了找到数据，最好的办法就是限制有机体智人并按作者分类。
2. 由Affymetrix数组的数据发布克莱因等。通过与资深作者联系，里卡多。Dalla-Favera．直接。

第三组数据是几年前在L.V. Abruzzo博士的实验室里产生的。该数据集包括12个样本的微阵列数据(6个来自CLL患者，6个来自正常对照组的外周血B细胞)。实验是在Research Genetics尼龙微阵列上进行的，使用放188bet体育网址射性标记的靶样品。按照当时的标准做法，每个膜被剥离，并在多个实验中重复使用。我们的论文描述尼龙膜阵列的变异来源发现薄膜可以安全地重复使用多达四次。每个Res188bet体育网址earch Genetics尼龙微阵列包含5760个点;一套完整的6种不同的微阵列提供了全基因组覆盖，总共使用了3万多个cDNA克隆。

处理过的尼龙微阵列数据

• 归一化数组数据在一个选项卡分隔值的文本文件中，有12列和34,560行。包括一个带有示例名称的标题行和一个包含数字的ID列，这些数字是注释文件的索引。
• 基因注释在一个带有34,560行、用tab分隔的值的文本文件中。这个注释文件中的行索引与标准化数组数据相匹配。空白点有一个空的注释列表。大多数注释都很旧;只有GenBank登录号(acc)被认为是可靠的。

原始尼龙微阵列定量数据

• Zip文件包含所有6种研究遗传学阵列(G200 - GF205)的基因注释。188bet体育网址
• 6种尼龙阵列上的6个CLL样品的Zip文件，使用ArrayVision进行量化。
• 6种尼龙阵列上的6个普通B细胞(NBC)样品的Zip文件，使用ArrayVision进行量化。
• 标签分隔值信息文件，解释每个量化文件，什么样本杂交和使用了什么类型的数组。