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是药物目标相互作用的数据库。互动数据是从浪子是一个手动注释的资源描述药物和目标。

SuperTarget——斗牛士

超级标准是使用异构数据资源开发的药物目标交互数据库。有关药物的信息是从中获得的uprodrug.数据库。从中提取药物目标关系PubMed.摘要和网（医学主题标题）条款。在其他现有药物 - 目标交互数据库中发现的其他药物靶标相互作用如DrugBank那TTD.那SuperLigands和ke在验证文献后，也会添加到SuperTarget数据库中。Matador是Supertarget中的手动策划版本的药物目标关系。

G�nthers，Kuhn M，Dunkel M，Campillos M，Senger C，Petsalaki E，Ahmed J，Urdiales，例如，Gewiess A，Jensen Lj，Schneider R，Skoblo R，Russell RB，Bourne Pe，Bork P和Preisner R.
Supertarget和Matador：用于探索药物目标关系的资源

映射到Entrez基因

仓库中的蛋白质标识符是基于一个定义的旧版本的细绳，蛋白质和其他相互作用的数据库。我们将字符串（v7.1）蛋白标识符映射到相应的Entrezgene.标识符。利用HGNC基因符号和NCBI Refseq标识符将字符串中没有相应Entrez基因标识符的蛋白质映射到Entrez基因上。在，来自Matador数据库的11个蛋白质没有相应的Entrez基因标识符。

被设计为基因中心的药物 - 目标数据库。因此，不包括仅基于MESH术语（没有任何特定基因/蛋白）的药物 - 目标交互不包括在内。

执行

数据库

是用的CouchdB.。CouchDB是一个开源的、非关系的、面向文档的数据库系统。CouchDB内置在web管理控制台中，通过HTTP请求与数据库进行通信。CouchDB提供的RESTful JSON API允许从任何允许HTTP请求的环境访问数据库(看例子）。

界面

搜索界面是使用的genesmash.，一个以基因为中心的CouchDB数据库。GenesMash Web服务转换任何输入基因标识符类型到Entrez基因。Entrez基因标识符通过恢复相关的药物目标互动

复制

couchdb提供本机支持数据库复制。您可以使用此工具来制作（并维护）本地副本数据库。如果您想要相同的界面，还应该将GenesMash一起复制。如果复制数据库，我们请求您维护链接，Geesmash和德克萨斯大学M.D.安德森癌症中心。

网站

你可以搜索使用不同类型的基因标识符来检测药物与靶标的关系。你可以用

结果提供了来自药物信息的链接NCBI Pubchem.。以及与药物相关的ATC(解剖治疗化学)代码谁ATC分类系统。药物目标交互信息包含垫子和/或药物银行评分以及互动类型（直接/间接）。在某些情况下，还提供了与相关的PUBMED文献和网格术语的链接。

在其他程序中使用药物酶

  1. 以下代码示例显示了如何使用在里面Perl编程环境

    使用lwp :: simple;使用json;子gettargetstrugs {my（$ entrezgeneid，$ couchdbview，$ datalink，$ ddata，％ddata，@drugdata，@druglist）;$ entrezgeneid = $ _ [0];$ couchdbview =“hostname / drudbase / _design / basic / basic / by_entrezgene”;$ datalink = $ couchdbview。'？key =“''。$ Entrezgeneid。''';$ ddata = get $ dataLink;$ ddata = decode_json $ ddata;％ddata =％$ ddata; @drugData = @{$dData{"rows"}}; for($i = 0; $i < scalar(@drugData);$i++) { $drugList[@drugList] = $drugData[$i]->{"value"}; } return @drugList; } my @drugList = getTargetingDrugs("10"); print "@drugList\n";

    代码有一些注释：

    • 顶部两行加载Perl包LWP ::简单和JSON，用于处理HTTP请求并分别将JSON对象转换为Perl数据结构。前两行gettargetstrugs.函数声明并启动变量。接下来的两行使用Entrez Gene标识符参数来构建适当的URL来查询。下一行实际上会使HTTP请求服务器。以下三行将JSON响应转换为哈希数据结构的Perl数组。最后的行提取回应的相关部分
    • 此版本的代码不会对结果进行错误检查，因此可能不会在生产代码中使用。可能会发生故障，因为服务器不可用，或者因为作为参数传递的基因标识符不是有效的Entrez基因标识符，或者因为没有已知的药物 - 目标相互作用是基因的;应检查所有三个条件。
  2. 以下代码示例显示，如何使用在里面R统计编程环境

    getargetingdrugs <- Function (sym) {giUrl <- "HOSTNAME/genesmash/_design/basic/_view/by_symbol" glink <- paste(giUrl， "?关键= \”,信谊,“\””,9 = ")gene_data < - fromJSON(粘贴(readline (glink)崩溃= "))Drug_Info < - NA如果(长度(gene_data[["行"]])! = 0){GeneID < - gene_data[["行"]][[1]]$ id #提取药物基因数据drugBase diUrl < -“主机名/ drugBase / _design /基本/ _view / by_EntrezGene”链接< -粘贴(diUrl”?GeneID键= \”,\“&include_docs = true”,9 = ")JSON_data < -粘贴(readline(链接),崩溃= ")Drug_data < - fromJSON (JSON_data)如果(is.list (Drug_data) &(长度(Drug_data行美元)> 0)){Drug_data < - Drug_data Drug_Info < - $行矩阵(nrow =长度(Drug_data) ncol = 5) colnames (Drug_Info) < - c(“Pubchem_ID”、“Drug_Name”、“ATC_Code”,“MATADOR_Interaction”、“DrugBank_Interaction”)(我在1:长度(Drug_data)){行< - Drug_data[[我]]$ doc Drug_Info[1]我= unlist(行[' chemical_id ']) Drug_Info[2]我= unlist(行[' chemical_name ']) Drug_Info[3]我= ifelse (is.null (unlist(行[' atc '])), NA, unlist(行[' atc '])) Drug_Info[4]我= ifelse (is.null (unlist(行[' matador_annotation '])), NA,unlist(row['matador_annotation'])) Drug_Info[i,5] = ifelse(isnull (unlist(row['drugbank_annotation']))， NA, unlist(row['drugbank_annotation']))}}} Drug_Info} gettargetdrugs ("TP53"))

    代码有一些注释：

    • 第一行加载了在JSON对象和R对象之间转换的R包。前两行gettargetstrugs.函数使用symbol参数构造适当的URL。下一行实际上向geneSmash服务器发出HTTP请求，并将JSON响应转换为一个R对象。此代码片段将替代基因标识符转换为Entrez基因标识符。利用geneSmash获得的Entrez基因标识符，使用类似的HTTP请求进行药物目标数据检索。最后的行提取回应的相关部分
    • 此版本的代码不会对结果进行错误检查，因此可能不会在生产代码中使用。可能会发生故障，因为服务器不可用，或者因为作为参数传递的符号不是有效的HGNC符号，或者因为没有可知的药物 - 目标相互作用是基因的;应检查所有三个条件。